Supporting data for "Genomic data imputation with variational autoencoders"
As missing values are frequently present in genomic data, practical methods to handle missing data are necessary for downstream analyses that require complete datasets. State-of-the-art imputation techniques including Singular Value Decomposition (SVD) and K-Nearest Neighbors (KNN) based methods can be computationally expensive for large datasets and it is difficult to modify these algorithms to handle certain missing-not-at-random cases. In this work, we use a deep learning framework based on the variational autoencoder (VAE) for genomic missing value imputation and demonstrate its effectiveness in transcriptome and methylome data analysis. We show that in the vast majority of our testing scenarios, VAE achieves similar or better performances than the most widely used imputation standards, while having a computational advantage at evaluation time. When dealing with missing-not-at-random, e.g. low values are missing, we develop simple yet effective methodologies to leverage the prior knowledge about missing data. Furthermore, we investigate the effect of varying latent space regularization strength in VAE on the imputation performances, and in this context show why VAE has a better imputation capacity compared to a regular deterministic autoencoder (AE).
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Ваше душевное благополучие важно: когда и как лечение в стационаре становится шагом к себе
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Свято Боголюбский Женский Монастырь
В Челябинске арестован председатель правления банка "Снежинский"
Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов
Математика Савватеева возмутило заявление о "лишних" учителях
«Провокация азербайджанской диаспоры»: в Москве уроженец Азербайджана угрожал насилием соседям и кичился своими связями
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Медведев обыграл У Ибина и вышел в 1/4 финала турнира в Вашингтоне
Винус Уильямс — самая возрастная победительница матча WTA с 2004 года
Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати
Теннисистка Калинская вышла в четвертьфинал турнира WTA 500 в Вашингтоне
Прогноз погоды на сегодня, 25 июля
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
В Ростовской области обломки БПЛА привели к задержке 10 пассажирских поездов
Музыкальные новости
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Алексей Учитель снимает фильм о композиторе Дмитрии Шостаковиче
Оззи Осборна убила коварная болезнь
Полина Гагарина открыла официальную часть VK Fest в Москве
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения
«Плюнули в лицо сотням тысяч молдаван»: как Санду готовит тотальный захват власти в Молдове
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
Поезда не будут ходить на участке Сокольнической линии метро с 26 по 28 июля
На международном ралли «Шелковый путь – 2025» представили новое моторное масло для мотоциклистов
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"
Сигналы становятся всё громче. Переговоры - только ширма. Главное решится не в Стамбуле
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Компания КИТ МЕД представляет революционный аппарат SONOQUEEN — первую в мире анатомическую HIFU-технологию для anti-age терапии в России
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
"Атлетико" заключил соглашение с игроком национальной команды Словакии
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Собянин поддержал проведение конкурса «Лучший книжный магазин Москвы»
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала
Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
Синоптики спрогнозировали ясную погоду на выходных в Москве
Павлюченко сделал прогноз на матч «Динамо» - «Ростов»
В Москве стартует Гидрофлайфест-2025
Сергей Карякин: **23 июля открыл свой Шахматный клуб на базе московского Единого центра поддержки участников специальной военной операции и членов их семей!