Supporting data for "Genomic data imputation with variational autoencoders"
As missing values are frequently present in genomic data, practical methods to handle missing data are necessary for downstream analyses that require complete datasets. State-of-the-art imputation techniques including Singular Value Decomposition (SVD) and K-Nearest Neighbors (KNN) based methods can be computationally expensive for large datasets and it is difficult to modify these algorithms to handle certain missing-not-at-random cases. In this work, we use a deep learning framework based on the variational autoencoder (VAE) for genomic missing value imputation and demonstrate its effectiveness in transcriptome and methylome data analysis. We show that in the vast majority of our testing scenarios, VAE achieves similar or better performances than the most widely used imputation standards, while having a computational advantage at evaluation time. When dealing with missing-not-at-random, e.g. low values are missing, we develop simple yet effective methodologies to leverage the prior knowledge about missing data. Furthermore, we investigate the effect of varying latent space regularization strength in VAE on the imputation performances, and in this context show why VAE has a better imputation capacity compared to a regular deterministic autoencoder (AE).
118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов
Paul Oakenfold возвращается в Россию: легенда электронной музыки даст концерты в Москве и Петербурге спустя 7 лет
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Екатеринбург масштабно отметит свой день рождения
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Axenix и RightStep стали партнерами в области комплексной цифровизации промышленных предприятий
Предрассветная Нёнокса...
Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом
Месяц в открытом море: студенты ДВФУ отправятся в экспедицию на Камчатку
Οфициaльнο: Ποcлeдний aвиaнοceц Ροccии xοтят οтпpaвить нa мeтaллοлοм
В Ростовской области обломки БПЛА привели к задержке 10 пассажирских поездов
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Сразу до +35 градусов: синоптики рассказали, когда снова вернется жара. Ждать осталось недолго
Медведев пробился в четвертьфинал турнира в Вашингтоне
Болбой раздавил спасенного теннисисткой Cаккари жука на турнире WTA-500 в США
Винус Уильямс: Если Серена вернется, она даст вам знать
Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне
Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности
В Главном управлении ФССП России по Московской области состоялось заседание коллегии
Автоэксперт Олег Мосеев: автопарк России на 71,3% состоит из машин старше 10 лет
Синоптик Тишковец: череда тропических ливней в Москве завершена
Музыкальные новости
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Путин прибыл на прощание с председателем Верховного суда Подносовой
Назначены судейские бригады на матчи 2-ого тура МИР РПЛ
Группа Аквилон передала государству первые квартиры
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Поезда не будут ходить на участке Сокольнической линии метро с 26 по 28 июля
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
Сигналы становятся всё громче. Переговоры - только ширма. Главное решится не в Стамбуле
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Компания КИТ МЕД представляет революционный аппарат SONOQUEEN — первую в мире анатомическую HIFU-технологию для anti-age терапии в России
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
"Атлетико" заключил соглашение с игроком национальной команды Словакии
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин поддержал проведение конкурса «Лучший книжный магазин Москвы»
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
Автоэксперт Олег Мосеев: автопарк России на 71,3% состоит из машин старше 10 лет
Вертолет Robinson, рухнувший в Телецкое озеро, совершал свой первый полет
Οфициaльнο: Ποcлeдний aвиaнοceц Ροccии xοтят οтпpaвить нa мeтaллοлοм
После ареста иномарки в Подмосковье должник погасил задолженность по алиментным платежам