Identifying enhancer properties associated with genetic risk for complex traits using regulome-wide association studies
by Alex M. Casella, Carlo Colantuoni, Seth A. Ament
Genetic risk for complex traits is strongly enriched in non-coding genomic regions involved in gene regulation, especially enhancers. However, we lack adequate tools to connect the characteristics of these disruptions to genetic risk. Here, we propose RWAS (Regulome Wide Association Study), a new application of the MAGMA software package to identify the characteristics of enhancers that contribute to genetic risk for disease. RWAS involves three steps: (i) assign genotyped SNPs to cell type- or tissue-specific regulatory features (e.g., enhancers); (ii) test associations of each regulatory feature with a trait of interest for which genome-wide association study (GWAS) summary statistics are available; (iii) perform enhancer-set enrichment analyses to identify quantitative or categorical features of regulatory elements that are associated with the trait. These steps are implemented as a novel application of MAGMA, a tool originally developed for gene-based GWAS analyses. Applying RWAS to interrogate genetic risk for schizophrenia, we discovered a class of risk-associated AT-rich enhancers that are active in the developing brain and harbor binding sites for multiple transcription factors with neurodevelopmental functions. RWAS utilizes open-source software, and we provide a comprehensive collection of annotations for tissue-specific enhancer locations and features, including their evolutionary conservation, AT content, and co-localization with binding sites for hundreds of TFs. RWAS will enable researchers to characterize properties of regulatory elements associated with any trait of interest for which GWAS summary statistics are available.
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Московский фестиваль моды и роста «Зеленый подиум» состоится в четвёртый раз
В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending
Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations
The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global
Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.
В Курске потушили пожар в квартире на проспекте Дериглазова
Методы стеганографии становятся популярнее: когда картинка может стать угрозой ИБ
Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors
Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ
Школьник из Шахт стал серебряным призёром чемпионата России по функциональному многоборью
В регионах Центральной России продолжается ведомственная акция «Каникулы с Росгвардией»
Синоптик Тишковец: пик ливней в Московской области пройден
Семёнычевы представят Нижегородскую область на "Семейной Зарнице"
Юбилейный фестиваль «Традиция» собрал тысячи гостей в усадьбе Захарово
Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения
Штаты и расписание: что ждет наших ведущих теннисистов в США
Рублев прокомментировал вылет с турнира в Лос-Кабосе
Рублев вместе с чешской теннисисткой заявился в микст на US Open
Бублик стал победителем турнира в Гштаде.
Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения
Полицейских в 3 регионах заподозрили в передаче данных новостному Telegram-каналу
Синоптик Тишковец: пик ливней в Московской области пройден
Михаил и София стали самыми популярными именами у новорожденных в Подмосковье
Музыкальные новости
Финальный поклон короля рока: о прощальном концерте Оззи Осборна снимут кино
Баста помог парню сделать предложение девушке на концерте в Екатеринбурге
Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.
Матвиенко: Шамана заменили в опере «Князь Владимир» из-за графика
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
«Режиссер не должен быть безразличным — и он давал нам такой пример»
В сервисном локомотивном депо «Югра» успешно реорганизован цех по ремонту автотормозного и пневматического оборудования по системе 5S
Компрессор по подписке – новая услуга на рынке оборудования
ЦСКА и "Оренбург" сыграли со счетом 0:0 в первом туре РПЛ
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы
Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.
Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью
«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш
Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году
В центре Киева митингуют против реформ Зеленского
Пока вы не уснули: открытая поддержка Алиевым Киева и «подзатыльник» Зеленскому от Трампа
«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну
Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов
Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных
Юрист Трампа Коул рассказал, как пил водку с Лукашенко в Минске
Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин
Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро
Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте
Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году
Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис
Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Синоптик Тишковец: пик ливней в Московской области пройден
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Новое оборудование Dekree: грохоты с высокой пропускной способностью
«Желание посеять панику»: в Варшаве призвали поляков покинуть Россию
Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность
Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
Протест против закона о поиске экстремистских материалов: в Москве прошли задержания активистов у Госдумы
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Эксперт ждет снижения ставки на 200 пунктов в пятницу
Полицейских в 3 регионах заподозрили в передаче данных новостному Telegram-каналу