Comparison of species-specific qPCR and metabarcoding methods to detect small pelagic fish distribution from open ocean environmental DNA
by Zeshu Yu, Shin-ichi Ito, Marty Kwok-Shing Wong, Susumu Yoshizawa, Jun Inoue, Sachihiko Itoh, Ryuji Yukami, Kazuo Ishikawa, Chenying Guo, Minoru Ijichi, Susumu Hyodo
Environmental DNA (eDNA) is increasingly used to noninvasively monitor aquatic animals in freshwater and coastal areas. However, the use of eDNA in the open ocean (hereafter referred to OceanDNA) is still limited because of the sparse distribution of eDNA in the open ocean. Small pelagic fish have a large biomass and are widely distributed in the open ocean. We tested the performance of two OceanDNA analysis methods—species-specific qPCR (quantitative polymerase chain reaction) and MiFish metabarcoding using universal primers—to determine the distribution of small pelagic fish in the open ocean. We focused on six small pelagic fish species (
Sardinops melanostictus,
Engraulis japonicus,
Scomber japonicus,
Scomber australasicus,
Trachurus japonicus, and
Cololabis saira) and selected the Kuroshio Extension area as a testbed, because distribution of the selected species is known to be influenced by the strong frontal structure. The results from OceanDNA methods were compared to those of net sampling to test for consistency. Then, we compared the detection performance in each target fish between the using of qPCR and MiFish methods. A positive correlation was evident between the qPCR and MiFish detection results. In the ranking of the species detection rates and spatial distribution estimations, comparable similarity was observed between results derived from the qPCR and MiFish methods. In contrast, the detection rate using the qPCR method was always higher than that of the MiFish method. Amplification bias on non-target DNA and low sample DNA quantity seemed to partially result in a lower detection rate for the MiFish method; the reason is still unclear. Considering the ability of MiFish to detect large numbers of species and the quantitative nature of qPCR, the combined usage of the two methods to monitor quantitative distribution of small pelagic fish species with information of fish community structures was recommended.
Гордости Angsana Velavaru
Состоялось открытие фотовыставки «Особенная красота»
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Отдых в отеле, джип и частный дом: какие взятки мог получить экс-губернатор Тамбовской области
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
История СССР в объективе легендарного Дмитрия Бальтерманца
Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
МЧС предупредило москвичей о жаре до +30℃
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.
Алекс де Минор вышел в 1/8 финала турнира ATP-500 в Вашингтоне
Елена Рыбакина вызвала восхищение на старте турнира в Вашингтоне. Видео
Теннисистка Калинская вышла в четвертьфинал турнира WTA 500 в Вашингтоне
В МЧС Москвы предупредили о сильной жаре в столице
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Врач Соловьева: прокрастинация может быть симптомом депрессии
Музыкальные новости
Аукцион за часть дачи Пугачевой опровергли
Кабинет Артиста. Яндекс кабинет артиста.
Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея
Адвокат Багатурия: Ларису Долину могут снова оставить без квартиры
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал территорией мастеров экстремального спорта на фестивале The BOWL
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
Клуб Медиалиги «Амкал» предлагал Овечкину сыграть в Кубке России по футболу
В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Сергей Собянин. Главное за день
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом
Врач Соловьева: прокрастинация может быть симптомом депрессии
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Платонов и Мальцев завоевали серебряные медали на чемпионате мира в Сингапуре.
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
Врач Галлямова: сухие шампуни могут навредить коже головы
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Путин призвал жёстко пресекать вмешательство извне: «Суверенитет и ценности — под защитой»