Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

Comparison of species-specific qPCR and metabarcoding methods to detect small pelagic fish distribution from open ocean environmental DNA

0

by Zeshu Yu, Shin-ichi Ito, Marty Kwok-Shing Wong, Susumu Yoshizawa, Jun Inoue, Sachihiko Itoh, Ryuji Yukami, Kazuo Ishikawa, Chenying Guo, Minoru Ijichi, Susumu Hyodo

Environmental DNA (eDNA) is increasingly used to noninvasively monitor aquatic animals in freshwater and coastal areas. However, the use of eDNA in the open ocean (hereafter referred to OceanDNA) is still limited because of the sparse distribution of eDNA in the open ocean. Small pelagic fish have a large biomass and are widely distributed in the open ocean. We tested the performance of two OceanDNA analysis methods—species-specific qPCR (quantitative polymerase chain reaction) and MiFish metabarcoding using universal primers—to determine the distribution of small pelagic fish in the open ocean. We focused on six small pelagic fish species (Sardinops melanostictus, Engraulis japonicus, Scomber japonicus, Scomber australasicus, Trachurus japonicus, and Cololabis saira) and selected the Kuroshio Extension area as a testbed, because distribution of the selected species is known to be influenced by the strong frontal structure. The results from OceanDNA methods were compared to those of net sampling to test for consistency. Then, we compared the detection performance in each target fish between the using of qPCR and MiFish methods. A positive correlation was evident between the qPCR and MiFish detection results. In the ranking of the species detection rates and spatial distribution estimations, comparable similarity was observed between results derived from the qPCR and MiFish methods. In contrast, the detection rate using the qPCR method was always higher than that of the MiFish method. Amplification bias on non-target DNA and low sample DNA quantity seemed to partially result in a lower detection rate for the MiFish method; the reason is still unclear. Considering the ability of MiFish to detect large numbers of species and the quantitative nature of qPCR, the combined usage of the two methods to monitor quantitative distribution of small pelagic fish species with information of fish community structures was recommended.







В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

В России обнаружено более 100 случаев заболевания новым штаммом COVID-19

В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Madeline Brewer Marries Jack Thompson-Roylance in England!

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years


Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО

HRlink упростил контроль за сроками подписания кадровых документов


Первый трейлер Battlefield 6

Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes



«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"


Сталин ценил талантливых генералов и их критику. Ивану Попову не повезло — в России в генералах ценят другое

Сергей Собянин. Главное за день

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы


В Белоруссии призвали сохранить поездки детей из РФ по свидетельствам о рождении

А.С. ПУШКИН, В.В. ПУТИН, Д.А. МЕДВЕДЕВ; ДА, СДЕРЖИВАНИЕ НАТО ОБОСНОВАННО В ЦЕЛЯХ ВСЕОБЩЕЙ БЕЗОПАСНОСТИ. СЕНСАЦИЯ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

"Динамо" обыграло "Ростов" со счетом 1:0 во втором туре РПЛ

Росгвардия и МЧС провели совместные учения в Москве


Александр Бублик выиграл 2-й подряд турнир ATP

Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати

Соболенко — об Уимблдоне-2025: это ужасно, когда твоя жизнь зависит от результата

Теннис: Мари Боузкова — первая финалистка турнира в Праге (WTA)


"Динамо" обыграло "Ростов" со счетом 1:0 во втором туре РПЛ

Рита Дакота заявила, что ей «запретили» петь в России

Воробьев: подмосковный Королев остался без воды из-за ошибки экскаваторщика

В Белоруссии призвали сохранить поездки детей из РФ по свидетельствам о рождении


Музыкальные новости

Пир на Волге и Башмет: какие праздники ждут Ярославль в августе

Алексей Учитель снимает фильм о Дмитрии Шостаковиче

Фестиваль стыда и "эстрадной мафии" под маской молодёжного праздника: устроили на VK Fest очередной шабаш звезд

Sky News: умерший Осборн с 2019 года страдал от травмы позвоночника


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений


В Смоленской области пройдёт IT-фестиваль «Мой Бизнес. Табтабус 2025»

По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания

Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.

Патрушев: НАТО хочет военным путём нарушить целостность РФ


В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей

Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами

В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.


Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск

«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



Клиника гнатологии в Москве

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса

"Осторожен за свое здоровье": Станкович высказался о усталости после игры с "Балтикой".

Ликсутов: в Москве увеличивают объем выпуска и ассортимент продуктов для здорового питания


Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира

Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"


Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге



Сергей Собянин. Главное за день

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником

Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах


Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.


Воробьев: подмосковный Королев остался без воды из-за ошибки экскаваторщика

Росгвардия и МЧС провели совместные учения в Москве

Юрий Кара: «Даже Харви Вайнштейн хотел заполучить голую Вертинскую»

Футбольный клуб «Ростов» уступил «Динамо» в матче со счетом 1:0


Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский


Как пережить аномальную жару в Крыму без вреда для здоровья: пять правил

Прогноз погоды в Крыму на 26 июля

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму


Опытный турист хотел опровергнуть обман в Абхазии, но сам стал жертвой

Подмосковье завоевало всё золото на первом командном чемпионате России по гольфу

Юрий Кара: «Даже Харви Вайнштейн хотел заполучить голую Вертинскую»

чу не человек чтли














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *