Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

Comparison of species-specific qPCR and metabarcoding methods to detect small pelagic fish distribution from open ocean environmental DNA

0

by Zeshu Yu, Shin-ichi Ito, Marty Kwok-Shing Wong, Susumu Yoshizawa, Jun Inoue, Sachihiko Itoh, Ryuji Yukami, Kazuo Ishikawa, Chenying Guo, Minoru Ijichi, Susumu Hyodo

Environmental DNA (eDNA) is increasingly used to noninvasively monitor aquatic animals in freshwater and coastal areas. However, the use of eDNA in the open ocean (hereafter referred to OceanDNA) is still limited because of the sparse distribution of eDNA in the open ocean. Small pelagic fish have a large biomass and are widely distributed in the open ocean. We tested the performance of two OceanDNA analysis methods—species-specific qPCR (quantitative polymerase chain reaction) and MiFish metabarcoding using universal primers—to determine the distribution of small pelagic fish in the open ocean. We focused on six small pelagic fish species (Sardinops melanostictus, Engraulis japonicus, Scomber japonicus, Scomber australasicus, Trachurus japonicus, and Cololabis saira) and selected the Kuroshio Extension area as a testbed, because distribution of the selected species is known to be influenced by the strong frontal structure. The results from OceanDNA methods were compared to those of net sampling to test for consistency. Then, we compared the detection performance in each target fish between the using of qPCR and MiFish methods. A positive correlation was evident between the qPCR and MiFish detection results. In the ranking of the species detection rates and spatial distribution estimations, comparable similarity was observed between results derived from the qPCR and MiFish methods. In contrast, the detection rate using the qPCR method was always higher than that of the MiFish method. Amplification bias on non-target DNA and low sample DNA quantity seemed to partially result in a lower detection rate for the MiFish method; the reason is still unclear. Considering the ability of MiFish to detect large numbers of species and the quantitative nature of qPCR, the combined usage of the two methods to monitor quantitative distribution of small pelagic fish species with information of fish community structures was recommended.







Аделина Панина: как силой мысли заставить человека написать или позвонить

«Анька Михалкова – лучшая, у нее самые нежные поцелуи»: Гоша Куценко рассказал в «Шоу Воли» на ТНТ, с кем из актрис ему понравилось целоваться

В парке больницы цветут молодые липы

Проазербайджанский агент Сергей Марков в оккупированном Шуши восхищается Алиевым, пока тот унижает Россию: намечается новый «иноагент»?


Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations

The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending

OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development

The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global


Roblox запускает AI-проверку возраста: шаг к безопасности или угроза приватности?

Это провал? Как прошёл старт продаж новой Лады Искры в России

Спрос на авиаперевозки в Китай вырос почти на четверть с начала 2025 года – «Деловые Линии»

В Курске потушили пожар в квартире на проспекте Дериглазова


Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors



Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Аделина Панина: как силой мысли заставить человека написать или позвонить

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной


Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной

Осквернение мемориала и кража продуктов. Литовский националист получил 23 года.

Протест против закона о поиске экстремистских материалов: в Москве прошли задержания активистов у Госдумы

В регионах Центральной России продолжается ведомственная акция «Каникулы с Росгвардией»


Обыски в "Базе" прошли по делу о сливе информации полицейскими

Итоги экологической акции подведут в Мещанском районе

Госдума одобрила законоформу о психолого-психиатрической помощи для заключённых.

Госдума одобрила закон, направленный на обеспечение компенсаций шахтёрам.


Вероника Кудерметова оценила экстрим-парк «Урам» в Казани

Штаты и расписание: что ждет наших ведущих теннисистов в США

Архангельская теннисистка завершила выступление на турнире WTA 250 в Яссах

Соболенко сохраняет первое место в чемпионской гонке WTA.


Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Высокопроизводительные электродвигатели от компании JackShaft

МИД Польши рекомендовал полякам покинуть Россию


Музыкальные новости

Гергиев отреагировал на отмену его концерта в Италии

Флигель усадьбы Шаляпина внесли в реестр объектов культурного наследия столицы

Ответы на вопросы. РУВИКИ устроила встречу со знаниями на VK Fest

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Аделина Панина: как силой мысли заставить человека написать или позвонить

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной


Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Новая модель Hyundai Elantra уже доступна в России: какие изменения произошли

Собянин: еще один беспилотник, летевший к Москве, ликвидирован силами ПВО

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной


Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы

25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой

Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня


Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой

Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.

Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной




Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы

Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью

«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


Пока вы не уснули: открытая поддержка Алиевым Киева и «подзатыльник» Зеленскому от Трампа

«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи


Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну

В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Вячеслав Федорищев и Александр Лукашенко наметили направления развития сотрудничества Самарской области и Беларуси

Юрист Трампа Коул рассказал, как пил водку с Лукашенко в Минске

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»

Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных


Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Сергей Собянин открыл школу на 1100 мест в стремительно растущей Коммунарке

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин


Собянин рассказал, как Москва заботится о природе при строительстве метро

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году


Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"

Бесплатный курс и бесплатное обучение дизайну с личным наставником. Веб дизайн, UX дизайн, графический дизайн, дизайн для маркетплейсов

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»

Новое оборудование Dekree: грохоты с высокой пропускной способностью


Собянин: Первый участок Рублево-Архангельской линии метро полностью пройден

Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска

Архангельская область - не самое перспективное место для трудоустройства

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки


Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность


Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL

МИД Польши рекомендовал полякам покинуть Россию

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *