SILVI, an open-source pipeline for T-cell epitope selection
by Joana Pissarra, Franck Dorkeld, Etienne Loire, Vincent Bonhomme, Denis Sereno, Jean-Loup Lemesre, Philippe Holzmuller
High-throughput screening of available genomic data and identification of potential antigenic candidates have promoted the development of epitope-based vaccines and therapeutics. Several immunoinformatic tools are available to predict potential epitopes and other immunogenicity-related features, yet it is still challenging and time-consuming to compare and integrate results from different algorithms. We developed the R script SILVI (short for: from
in silico to
in vivo), to assist in the selection of the potentially most immunogenic T-cell epitopes from Human Leukocyte Antigen (HLA)-binding prediction data. SILVI merges and compares data from available HLA-binding prediction servers, and integrates additional relevant information of predicted epitopes, namely BLASTp alignments with host proteins and physical-chemical properties. The two default criteria applied by SILVI and additional filtering allow the fast selection of the most conserved, promiscuous, strong binding T-cell epitopes. Users may adapt the script at their discretion as it is written in open-source R language. To demonstrate the workflow and present selection options, SILVI was used to integrate HLA-binding prediction results of three example proteins, from viral, bacterial and parasitic microorganisms, containing validated epitopes included in the Immune Epitope Database (IEDB), plus the Human Papillomavirus (HPV) proteome. Applying different filters on predicted IC50, hydrophobicity and mismatches with host proteins allows to significantly reduce the epitope lists with favourable sensitivity and specificity to select immunogenic epitopes. We contemplate SILVI will assist T-cell epitope selections and can be continuously refined in a community-driven manner, helping the improvement and design of peptide-based vaccines or immunotherapies. SILVI development version is available at: github.com/JoanaPissarra/SILVI2020 and https://doi.org/10.5281/zenodo.6865909.
«Это лучшее, что я видела за последнее время». «Тату» вернулись и уже дают концерты. Почему за ними следит вся страна?
118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Модель Анастасия Решетова перенесла вирус с осложнениями
Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека
Navicon представляет комплексную систему для интегрированного управления данными
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
Директор по коммуникациям ЦСКА: «Верде в ближайшее время должен вылететь в Москву для прохождения медосмотра»
Reuters: Россия скоро ужесточит экспорт бензина
Погода продолжит преподносить неприятные сюрпризы: синоптики обновили прогноз на август-2025
Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым
Елена Рыбакина вызвала восхищение на старте турнира в Вашингтоне. Видео
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе
Медведев обыграл У Ибина и вышел в 1/4 финала турнира в Вашингтоне
Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым
Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов
Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео
Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ
Музыкальные новости
Евродепутат высказался о срыве концерта Гергиева в Италии.
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
«Много врагов»: Юрий Антонов объяснил ситуацию с блокировкой счетов
Баста, Слава и Шура снимутся в новом документальном сериале «Вирус попсы»
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности
РОСГВАРДИЯ ОБЕСПЕЧИЛА ПРАВОПОРЯДОК НА ФУТБОЛЬНОМ МАТЧЕ РПЛ В ГРОЗНОМ
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
Okko и ТНТ выпустят драмеди про трёх сестёр «Хай, систерс»
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
Директор по коммуникациям ЦСКА: «Верде в ближайшее время должен вылететь в Москву для прохождения медосмотра»
Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым
Жизнь в стиле хлебо-rock. Музыкант с необычными пристрастиями дает алтайскому селу лепешек и зрелищ
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео
Еще двух полицейских арестовали по делу о журналистах Telegram-канала Baza
Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым