Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

SILVI, an open-source pipeline for T-cell epitope selection

0

by Joana Pissarra, Franck Dorkeld, Etienne Loire, Vincent Bonhomme, Denis Sereno, Jean-Loup Lemesre, Philippe Holzmuller

High-throughput screening of available genomic data and identification of potential antigenic candidates have promoted the development of epitope-based vaccines and therapeutics. Several immunoinformatic tools are available to predict potential epitopes and other immunogenicity-related features, yet it is still challenging and time-consuming to compare and integrate results from different algorithms. We developed the R script SILVI (short for: from in silico to in vivo), to assist in the selection of the potentially most immunogenic T-cell epitopes from Human Leukocyte Antigen (HLA)-binding prediction data. SILVI merges and compares data from available HLA-binding prediction servers, and integrates additional relevant information of predicted epitopes, namely BLASTp alignments with host proteins and physical-chemical properties. The two default criteria applied by SILVI and additional filtering allow the fast selection of the most conserved, promiscuous, strong binding T-cell epitopes. Users may adapt the script at their discretion as it is written in open-source R language. To demonstrate the workflow and present selection options, SILVI was used to integrate HLA-binding prediction results of three example proteins, from viral, bacterial and parasitic microorganisms, containing validated epitopes included in the Immune Epitope Database (IEDB), plus the Human Papillomavirus (HPV) proteome. Applying different filters on predicted IC50, hydrophobicity and mismatches with host proteins allows to significantly reduce the epitope lists with favourable sensitivity and specificity to select immunogenic epitopes. We contemplate SILVI will assist T-cell epitope selections and can be continuously refined in a community-driven manner, helping the improvement and design of peptide-based vaccines or immunotherapies. SILVI development version is available at: github.com/JoanaPissarra/SILVI2020 and https://doi.org/10.5281/zenodo.6865909.







118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов

Мичков внесен в Книгу знаменитых людей Кунгура, сообщил директор кунгурского музея: «Никаких его трофеев в музее пока нет, к сожалению»

Екатеринбург масштабно отметит свой день рождения

Почему новостройки на Северном Кипре — это лучшее решение для жизни и инвестиций


Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."

La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur


Monochamus scutellatus

Первый маршрут теплохода-ресторана открылся из Петербурга в Кронштадт

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России


'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game



Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности

ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей


Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном

Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея

ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки

«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой


Теннисистка Саккари спасла жука во время матча на турнире в США

Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати

Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.

Винус Уильямс: Если Серена вернется, она даст вам знать


Дом с аркой отремонтируют в Отрадном

Прогноз погоды на сегодня, 25 июля

Члены семьи Евгения Гинера могли потерять более 1 млрд в финансовой пирамиде

Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном


Музыкальные новости

Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.

Баста, Слава и Шура снимутся в новом документальном сериале «Вирус попсы»

Наталья Фриске показала дочь в костюме врача и поведала о своем самочувствии

Где похоронен Владимир Высоцкий


В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал


Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии

Назначены судейские бригады на матчи 2-ого тура МИР РПЛ

ЦСКА подписал контракт с нападающим Спронгом, выступавшим в НХЛ

«Спартак» - «Балтика»: прогноз + статистика встреч


Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы


"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"

В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры


Обнаружен новый штамм коронавируса: он очень заразный и забирает голос

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая



Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это

Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах

"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России


Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.


Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова

Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом


Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала

Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин


Члены семьи Евгения Гинера могли потерять более 1 млрд в финансовой пирамиде

Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой


Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Прогноз погоды в Крыму на 25 июля


«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой

ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки

Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни

Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *