Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

SILVI, an open-source pipeline for T-cell epitope selection

0

by Joana Pissarra, Franck Dorkeld, Etienne Loire, Vincent Bonhomme, Denis Sereno, Jean-Loup Lemesre, Philippe Holzmuller

High-throughput screening of available genomic data and identification of potential antigenic candidates have promoted the development of epitope-based vaccines and therapeutics. Several immunoinformatic tools are available to predict potential epitopes and other immunogenicity-related features, yet it is still challenging and time-consuming to compare and integrate results from different algorithms. We developed the R script SILVI (short for: from in silico to in vivo), to assist in the selection of the potentially most immunogenic T-cell epitopes from Human Leukocyte Antigen (HLA)-binding prediction data. SILVI merges and compares data from available HLA-binding prediction servers, and integrates additional relevant information of predicted epitopes, namely BLASTp alignments with host proteins and physical-chemical properties. The two default criteria applied by SILVI and additional filtering allow the fast selection of the most conserved, promiscuous, strong binding T-cell epitopes. Users may adapt the script at their discretion as it is written in open-source R language. To demonstrate the workflow and present selection options, SILVI was used to integrate HLA-binding prediction results of three example proteins, from viral, bacterial and parasitic microorganisms, containing validated epitopes included in the Immune Epitope Database (IEDB), plus the Human Papillomavirus (HPV) proteome. Applying different filters on predicted IC50, hydrophobicity and mismatches with host proteins allows to significantly reduce the epitope lists with favourable sensitivity and specificity to select immunogenic epitopes. We contemplate SILVI will assist T-cell epitope selections and can be continuously refined in a community-driven manner, helping the improvement and design of peptide-based vaccines or immunotherapies. SILVI development version is available at: github.com/JoanaPissarra/SILVI2020 and https://doi.org/10.5281/zenodo.6865909.







Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО

Мичков внесен в Книгу знаменитых людей Кунгура, сообщил директор кунгурского музея: «Никаких его трофеев в музее пока нет, к сожалению»

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона


Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years

Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

Madeline Brewer Marries Jack Thompson-Roylance in England!


Сунул нос не в своё дело: серийного нюхателя жоп снова поймали в Калифорнии

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды


Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Первый трейлер Battlefield 6



Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений


Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

Сталин ценил талантливых генералов и их критику. Ивану Попову не повезло — в России в генералах ценят другое

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры

Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»


Российские фигуристы-новаторы: спор на 10 тысяч, жуткое падение, путаница из-за Щербаковой, вау-медаль

На фестивале «Поле брани» гости знакомятся с историей Старой Рязани

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

"Это разбило мне сердце": Рита Дакота объявила о завершении концертной деятельности в России


Соболенко — об Уимблдоне-2025: это ужасно, когда твоя жизнь зависит от результата

Боузкова одержала победу на теннисном турнире в Праге

«Краснодар» — «Локо», UFC и матч Калинской: что посмотреть сегодня

Калинская пробилась в полуфинал турнира в Вашингтоне.


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

На фестивале «Поле брани» прошли показательные бои дружин

Путин вмазал по НАТО кувалдой. Угрозы Калининграду встали альянсу поперек горла

Феномен Кадышевой: ностальгия по ламповому детству или желание позубоскалить


Музыкальные новости

Пир на Волге и Башмет: какие праздники ждут Ярославль в августе

Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Врач Шуров: Оззи Осборн мог умереть от паркинсонизма

Владимир Высоцкий в виде цифрового аватара «выступит» в Москве


Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу


Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ

В Смоленской области пройдёт IT-фестиваль «Мой Бизнес. Табтабус 2025»

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Встреча Михаила Мишустина с губернатором Алтайского края Виктором Томенко


"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.

На Московской столкнулись электровелосипед и легковушка

Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами

В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.


«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»

Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



"Осторожен за свое здоровье": Станкович высказался о усталости после игры с "Балтикой".

Максим Ликсутов: Тренд на здоровье: московские ...

Клиника гнатологии в Москве

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса


Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира

Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"


«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге



Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Собянин: Строительство детского сада в Очаково-Матвеевском завершится в 2026

Сергей Собянин. Главное за день

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником


В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.

Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

Катар предупредил Европу о возможности прекращения поставок газа.


Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

"Это разбило мне сердце": Рита Дакота объявила о завершении концертной деятельности в России

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Российские фигуристы-новаторы: спор на 10 тысяч, жуткое падение, путаница из-за Щербаковой, вау-медаль


70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Как пережить аномальную жару в Крыму без вреда для здоровья: пять правил

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

Прогноз погоды в Крыму на 26 июля


Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Феномен Кадышевой: ностальгия по ламповому детству или желание позубоскалить














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *