Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

SILVI, an open-source pipeline for T-cell epitope selection

0

by Joana Pissarra, Franck Dorkeld, Etienne Loire, Vincent Bonhomme, Denis Sereno, Jean-Loup Lemesre, Philippe Holzmuller

High-throughput screening of available genomic data and identification of potential antigenic candidates have promoted the development of epitope-based vaccines and therapeutics. Several immunoinformatic tools are available to predict potential epitopes and other immunogenicity-related features, yet it is still challenging and time-consuming to compare and integrate results from different algorithms. We developed the R script SILVI (short for: from in silico to in vivo), to assist in the selection of the potentially most immunogenic T-cell epitopes from Human Leukocyte Antigen (HLA)-binding prediction data. SILVI merges and compares data from available HLA-binding prediction servers, and integrates additional relevant information of predicted epitopes, namely BLASTp alignments with host proteins and physical-chemical properties. The two default criteria applied by SILVI and additional filtering allow the fast selection of the most conserved, promiscuous, strong binding T-cell epitopes. Users may adapt the script at their discretion as it is written in open-source R language. To demonstrate the workflow and present selection options, SILVI was used to integrate HLA-binding prediction results of three example proteins, from viral, bacterial and parasitic microorganisms, containing validated epitopes included in the Immune Epitope Database (IEDB), plus the Human Papillomavirus (HPV) proteome. Applying different filters on predicted IC50, hydrophobicity and mismatches with host proteins allows to significantly reduce the epitope lists with favourable sensitivity and specificity to select immunogenic epitopes. We contemplate SILVI will assist T-cell epitope selections and can be continuously refined in a community-driven manner, helping the improvement and design of peptide-based vaccines or immunotherapies. SILVI development version is available at: github.com/JoanaPissarra/SILVI2020 and https://doi.org/10.5281/zenodo.6865909.







Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом

Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ

«А у кого нет проблем?»: Филипп Киркоров заговорил про здоровье после полученного ожога

Лео Канделаки и Анжелика Стубайло посетят Казань в новой трэвел-игре «Кто куда» на ТНТ


OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations

The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending


The sun of the North

Вечер в Кулогорах...

В МГУ создали ИИ-алгоритм для поиска скрытых форм молекул

Дивеево ..


'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game



Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

T7, T4 и T8. Стало известно, когда в России начнутся продажи кроссоверов Tenet

Лицемерная политика многовекторности. "Улыбается всем": Эрдоган в обход Москвы готов дружить с Баку

Ярко вспыхнула и быстро погасла: судьба певицы Марины Журавлевой


Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе

Юная шахматистка из Калмыкии вошла в пятерку лучших на международном турнире «Moscow Open»

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Депутат Нилов предложил разрешить мотоциклистам движение по выделенной полосе


Андреева сохранила пятое место в рейтинге WTA, Александрова вошла в Топ‑15

Кудерметова: раньше думала, что Сафина из Казани, её с Маратом все связывают с Татарстаном

Румынская теннисистка Бегу выиграла турнир в Яссах.

«Саша забрал корону». ATP отреагировал на триумф Александра Бублика


МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году


Музыкальные новости

В сказке были: Джиган на сеновале, IOWA с картины Шагала

Баста устроил гендер-пати посреди концерта

Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.

На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей


Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!


ЦСКА и "Оренбург" сыграли со счетом 0:0 в первом туре РПЛ

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

В регионах Центральной России продолжается ведомственная акция «Каникулы с Росгвардией»

Собянин: противовоздушная оборона сбила еще один беспилотник, летевший к столице


Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня

Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой


Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.

Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.

Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой

Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.




Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году

Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью

«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


В центре Киева митингуют против реформ Зеленского

«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи


Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта


Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»

Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов


Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин

Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро


Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году

Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис


МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода

Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL

Я слышу голоса: «Т-Технологии» опубликовали ИИ-модель, умеющую троллить мошенников

Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году


В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки


Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов

Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность

Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области


После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Я слышу голоса: «Т-Технологии» опубликовали ИИ-модель, умеющую троллить мошенников

Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *