Добавить новость
smi24.net
News in English
Сентябрь
2022

Generation of full-length circular RNA libraries for Oxford Nanopore long-read sequencing

0

by Steffen Fuchs, Loélia Babin, Elissa Andraos, Chloé Bessiere, Semjon Willier, Johannes H. Schulte, Christine Gaspin, Fabienne Meggetto

Circular RNA (circRNA) is a noncoding RNA class with important implications for gene expression regulation, mostly by interaction with other RNA species or RNA-binding proteins. While the commonly applied short-read Illumina RNA-sequencing techniques can be used to detect circRNAs, their full sequence is not revealed. However, the complete sequence information is needed to analyze potential interactions and thus the mechanism of action of circRNAs. Here, we present an improved protocol to enrich and sequence full-length circRNAs by using the Oxford Nanopore long-read sequencing platform. The protocol involves an enrichment of lowly abundant circRNAs by exonuclease treatment and negative selection of linear RNAs. Then, a cDNA library is created and amplified by PCR. This protocol provides enough material for several sequencing runs. The library is used as input for ligation-based sequencing together with native barcoding. Stringent quality control of the libraries is ensured by a combination of Qubit, Fragment Analyzer and qRT-PCR. Multiplexing of up to 4 libraries yields in total more than 1–2 Million reads per library, of which 1–2% are circRNA-specific reads with >99% of them full-length. The protocol works well with human cancer cell lines. We further provide suggestions for the bioinformatic analysis of the created data, as well as the limitations of our approach together with recommendations for troubleshooting and interpretation. Taken together, this protocol enables reliable full-length analysis of circRNAs, a noncoding RNA type involved in a growing number of physiologic and pathologic conditions. Metadata Associated content. https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.rm7vzy8r4lx1/v2.







5 необычных прыжков с парашютом, от которых захватывает дух

Дети играют, родители отдыхают

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

Московские ученые нашли способ ранней диагностики рака с точностью до 95%


Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years

Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault


Свято Боголюбский Женский Монастырь

422 л.с., полный привод: этот кроссовер стоит дешевле 3 млн рублей

Юный мотоциклист попал в больницу в результате аварии в центре Орла

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды


Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Первый трейлер Battlefield 6

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes



Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками


Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

Этого не должно было произойти: кто погиб при крушении Ан-24 в Амурской области

«Балтика» разгромила «Спартак» в Москве: два удаления и ледяной душ для красно-белых


Сотрудники МЧС спасли мужчину, застрявшего в диване в Татарстане

чу не человек чтли

В сети появился альтернативный план благоустройства Крылатских холмов

Синоптики пообещали москвичам теплую погоду без осадков 27 июля


Александр Бублик выиграл 2-й подряд турнир ATP

Калинская пробилась в полуфинал турнира в Вашингтоне.

Чемпион Универсиады по настольному теннису Сидоренко будет выступать за японский клуб

«Краснодар» — «Локо», UFC и матч Калинской: что посмотреть сегодня


Виды алопеции и как ее лечить: от паники к плану действий

А.С. ПУШКИН, В.В. ПУТИН, Д.А. МЕДВЕДЕВ; ДА, СДЕРЖИВАНИЕ НАТО ОБОСНОВАННО В ЦЕЛЯХ ВСЕОБЩЕЙ БЕЗОПАСНОСТИ. СЕНСАЦИЯ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

ИИ в Подмосковье резко снизил количество жалоб на незаконную торговлю

В сети появился альтернативный план благоустройства Крылатских холмов


Музыкальные новости

Ильназ Бах представил песню, посвященную памяти своего отца

Где похоронен Владимир Высоцкий

ГУАП в топ-20 рейтинга технических вузов России

Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине


«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде


Нижегородская область входит в число лидеров по размеру маткапитала в России

Михаил Ефремов разъехался с женой на фоне новостей о разводе

Ростовский-на-Дону ЭРЗ ввёл в эксплуатацию новый прошивной станок

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей

На Московской столкнулись электровелосипед и легковушка

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.


Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск

«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



Выбор клиники гнатологии в Москве

Клиника гнатологии в Москве

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса

Выбрать клинику гнатологии в Москве


Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ



Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником


Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

Катар предупредил Европу о возможности прекращения поставок газа.

В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.


Виды алопеции и как ее лечить: от паники к плану действий

А.С. ПУШКИН, В.В. ПУТИН, Д.А. МЕДВЕДЕВ; ДА, СДЕРЖИВАНИЕ НАТО ОБОСНОВАННО В ЦЕЛЯХ ВСЕОБЩЕЙ БЕЗОПАСНОСТИ. СЕНСАЦИЯ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

Сотрудники МЧС спасли мужчину, застрявшего в диване в Татарстане

ба юрики прогулке


Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»


К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Как пережить аномальную жару в Крыму без вреда для здоровья: пять правил

Прогноз погоды в Крыму на субботу


да хрен ли им я должен чтоли

Синоптики пообещали москвичам теплую погоду без осадков 27 июля

Сотрудники МЧС спасли мужчину, застрявшего в диване в Татарстане

ба юрики прогулке














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *