Generation of full-length circular RNA libraries for Oxford Nanopore long-read sequencing
by Steffen Fuchs, Loélia Babin, Elissa Andraos, Chloé Bessiere, Semjon Willier, Johannes H. Schulte, Christine Gaspin, Fabienne Meggetto
Circular RNA (circRNA) is a noncoding RNA class with important implications for gene expression regulation, mostly by interaction with other RNA species or RNA-binding proteins. While the commonly applied short-read Illumina RNA-sequencing techniques can be used to detect circRNAs, their full sequence is not revealed. However, the complete sequence information is needed to analyze potential interactions and thus the mechanism of action of circRNAs. Here, we present an improved protocol to enrich and sequence full-length circRNAs by using the Oxford Nanopore long-read sequencing platform. The protocol involves an enrichment of lowly abundant circRNAs by exonuclease treatment and negative selection of linear RNAs. Then, a cDNA library is created and amplified by PCR. This protocol provides enough material for several sequencing runs. The library is used as input for ligation-based sequencing together with native barcoding. Stringent quality control of the libraries is ensured by a combination of Qubit, Fragment Analyzer and qRT-PCR. Multiplexing of up to 4 libraries yields in total more than 1–2 Million reads per library, of which 1–2% are circRNA-specific reads with >99% of them full-length. The protocol works well with human cancer cell lines. We further provide suggestions for the bioinformatic analysis of the created data, as well as the limitations of our approach together with recommendations for troubleshooting and interpretation. Taken together, this protocol enables reliable full-length analysis of circRNAs, a noncoding RNA type involved in a growing number of physiologic and pathologic conditions.
Metadata
Associated content. https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.rm7vzy8r4lx1/v2.
VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии
Navicon представляет комплексную систему для интегрированного управления данными
Свято Боголюбский Женский Монастырь
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Бодрость духа, грация и пластика: памяти Владимира Высоцкого
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ
Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых
Жители Хакасии подали 80 заявок на Слёт Всемирного фестиваля молодёжи
Фриц пробился в четвертьфинал турнира в Вашингтоне.
Теннисистка Калинская вышла в четвертьфинал турнира WTA 500 в Вашингтоне
Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне
Винус Уильямс — самая возрастная победительница матча WTA с 2004 года
Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых
В Главном управлении ФССП России по Московской области состоялось заседание коллегии
Музыкальные новости
Адвокат Багатурия: Ларису Долину могут снова оставить без квартиры
Глава Ростова Александр Скрябин посетил мастерскую Сергея Олешни
Оззи Осборна убила коварная болезнь
Будь собой, а не "звездой": "Europarty" от White Queen
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
ЦСКА подписал контракт с нападающим Спронгом, выступавшим в НХЛ
Назначены судейские бригады на матчи 2-ого тура МИР РПЛ
Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»
В Смоленской области пройдёт IT-фестиваль «Мой Бизнес. Табтабус 2025»
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
Жители Хакасии подали 80 заявок на Слёт Всемирного фестиваля молодёжи
Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
Автоэксперт Олег Мосеев: автопарк России на 71,3% состоит из машин старше 10 лет
Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля
Жители Хакасии подали 80 заявок на Слёт Всемирного фестиваля молодёжи