Добавить новость
smi24.net
News in English
Март
2023

CustOmics: A versatile deep-learning based strategy for multi-omics integration

0

by Hakim Benkirane, Yoann Pradat, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède

The availability of patient cohorts with several types of omics data opens new perspectives for exploring the disease’s underlying biological processes and developing predictive models. It also comes with new challenges in computational biology in terms of integrating high-dimensional and heterogeneous data in a fashion that captures the interrelationships between multiple genes and their functions. Deep learning methods offer promising perspectives for integrating multi-omics data. In this paper, we review the existing integration strategies based on autoencoders and propose a new customizable one whose principle relies on a two-phase approach. In the first phase, we adapt the training to each data source independently before learning cross-modality interactions in the second phase. By taking into account each source’s singularity, we show that this approach succeeds at taking advantage of all the sources more efficiently than other strategies. Moreover, by adapting our architecture to the computation of Shapley Additive explanations, our model can provide interpretable results in a multi-source setting. Using multiple omics sources from different TCGA cohorts, we demonstrate the performance of the proposed method for cancer on test cases for several tasks, such as the classification of tumor types and breast cancer subtypes, as well as survival outcome prediction. We show through our experiments the great performances of our architecture on seven different datasets with various sizes and provide some interpretations of the results obtained. Our code is available on (https://github.com/HakimBenkirane/CustOmics).







Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ

Кризис спроса: как выбрать надёжного застройщика в 2025 году

Ваше душевное благополучие важно: когда и как лечение в стационаре становится шагом к себе

Московский фестиваль моды и роста «Зеленый подиум» состоится в четвёртый раз


The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global

Félix Auger-Aliassime

Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player


Вечер в Кулогорах...

Дивеево ..

Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)

Предрассветная Нёнокса...


Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android

Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'



Paul Oakenfold возвращается в Россию: легенда электронной музыки даст концерты в Москве и Петербурге спустя 7 лет

Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова

Медлить — не время. «Выберу.ру» подготовил рейтинг лучших пенсионных вкладов в июле 2025 года

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике


Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)

СК: в Москве задержали главреда Telegram-канала Baza Глеба Трифонова

Госдума ввела штрафы до 100 тысяч рублей за разглашение гостайны в СМИ

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Российские таможенники рассказали о незаконном перемещении валюты

В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике

В Москве задержан ФСБ бывший вице-губернатор Челябинской области Богашов


Кудерметова: раньше думала, что Сафина из Казани, её с Маратом все связывают с Татарстаном

Андреева сохранила пятое место в рейтинге WTA, Александрова вошла в Топ‑15

Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.

Шаповалов одержал победу на теннисном турнире в Лос-Кабосе.


Защита главреда Baza назвала готовых за него поручиться, включая Собчак

Прокуратура поставила на контроль выяснение причин пожара на Мытной улице

2 августа Россия поздравит своих десантников с их Днем уже в 95-й раз Не забывайте, Ильин день - это день десантника

Следствие ходатайствует об аресте журналистов Baza Трифонова и Лукьяновой


Музыкальные новости

Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.

«А у кого нет проблем?»: Филипп Киркоров заговорил про здоровье после полученного ожога

Скандальный Сергей Шнуров неожиданно снял стильный путеводитель по Костроме

На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей


Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова

В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей

Paul Oakenfold возвращается в Россию: легенда электронной музыки даст концерты в Москве и Петербурге спустя 7 лет

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике


ЦСКА и "Оренбург" сыграли со счетом 0:0 в первом туре РПЛ

Аэропорт Пулково сообщил о приеме перенаправленных из Москвы рейсов

Воспитанник московского "Динамо" будет играть за томский "КДВ"

Лео Канделаки и Анжелика Стубайло посетят Казань в новой трэвел-игре «Кто куда» на ТНТ


Столичные росгвардейцы оказали помощь мотоциклистке, пострадавшей в ДТП

Движение на участке Филевской линии метро остановили из-за ливней

Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня

Столичные росгвардейцы оказали помощь мотоциклистке, пострадавшей в ДТП


Путин провел встречу с министром юстиции.

Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой

В Москве скончалась подруга Путина, которая рассказывала о его молодости: «Нам он как мужчина не нравился»

"Путин имеет свои границы: Британия оценила слова Трампа"




Врач-гигиенист клиники «Мегастом» Инна Гришина: сколько нужно чистить зубы

Трихолог Мадина Осман: типы алопеции и методы борьбы с ними

По России распространяется новый вариант коронавируса

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


В центре Киева митингуют против реформ Зеленского

Axios: закон о НАБУ может спровоцировать Трампа на новую волну критики Киева


ЦСКА подписал контракт с нападающим Спронгом, выступавшим в НХЛ

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Росгвардия обеспечила безопасность финиша международного ралли «Шелковый путь»

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»


Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин


Мишустин поучаствует в Международной экологической конференции на Алтае

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году


Захарова осудила попытки «отмены культуры» со стороны Италии

Следствие ходатайствует об аресте журналистов Baza Трифонова и Лукьяновой

Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"

В городском округе Пушкинский появится новая школа на 1050 мест: объект поставлен на кадастровый учет


В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки


Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность


Студенты МАИ разработают дрон для диагностики опасных объектов

Защита главреда Baza назвала готовых за него поручиться, включая Собчак

Бастрыкин поставил на контроль дело об избиении мужчиной ребенка в Подмосковье

«Это вопрос национальной безопасности России»: что делается для сохранения исторической памяти в наше время














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *