Добавить новость
smi24.net
News in English
Март
2023

CustOmics: A versatile deep-learning based strategy for multi-omics integration

0

by Hakim Benkirane, Yoann Pradat, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède

The availability of patient cohorts with several types of omics data opens new perspectives for exploring the disease’s underlying biological processes and developing predictive models. It also comes with new challenges in computational biology in terms of integrating high-dimensional and heterogeneous data in a fashion that captures the interrelationships between multiple genes and their functions. Deep learning methods offer promising perspectives for integrating multi-omics data. In this paper, we review the existing integration strategies based on autoencoders and propose a new customizable one whose principle relies on a two-phase approach. In the first phase, we adapt the training to each data source independently before learning cross-modality interactions in the second phase. By taking into account each source’s singularity, we show that this approach succeeds at taking advantage of all the sources more efficiently than other strategies. Moreover, by adapting our architecture to the computation of Shapley Additive explanations, our model can provide interpretable results in a multi-source setting. Using multiple omics sources from different TCGA cohorts, we demonstrate the performance of the proposed method for cancer on test cases for several tasks, such as the classification of tumor types and breast cancer subtypes, as well as survival outcome prediction. We show through our experiments the great performances of our architecture on seven different datasets with various sizes and provide some interpretations of the results obtained. Our code is available on (https://github.com/HakimBenkirane/CustOmics).







Аукцион за часть дачи Пугачевой опровергли

Два дня инноваций: семинар для молодых сотрудников здравоохранения в Астрахани

Жена Дмитрия Диброва Полина опубликовала первое фото с похудевшим на 20 кг мужем

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива


Weah’s agent: One Juventus director ‘is creating problems’

The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood


HRlink упростил контроль за сроками подписания кадровых документов

Экс-руководителей Ростовского облсуда обвинили в получении взяток

Летний внчер в Кимже...

Как хакеры обманывают авиацию сегодня


Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

Первый трейлер Battlefield 6



Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»

Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян

Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти

Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает


Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»

Прокуратура: инцидент со сбоем систем "Аэрофлота" в Шереметьево на контроле

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


УК просят разрешить продавать долги граждан за ЖКУ

Тяжело ходить по лестнице и мыть голову: врач рассказала о неочевидных симптомах саркопении

Прошла испытания система дистанционной передачи данных для корректировки навигационных карт

Ядерный шантаж


Александр Бублик выиграл 2-й подряд турнир ATP

Чемпион Универсиады по настольному теннису Сидоренко будет выступать за японский клуб

Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе

«Краснодар» — «Локо», UFC и матч Калинской: что посмотреть сегодня


День российско-словенской дружбы отметили у Русской часовни на перевале Вршич

В Екатеринбурге на видео сняли драку 30 мужчин на парковке

И впрямь — зачем России Шпицберген?

Температура морской воды на крымских пляжах: 28 июля


Музыкальные новости

Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»

Цискаридзе-Николаев откроет сезон МХТ. Какие еще премьеры обещают театры?

Будь собой, а не "звездой": "Europarty" от White Queen

Старшей дочери Джигана и Оксаны Самойловой Ариеле исполнилось 14 лет


Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает

Семь воздушных судов 28 июля прилетают во Владивосток вне расписания

Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»

Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян


"Евро-Футбол.Ру": защитник "Галатасарая" Куэста вряд ли перейдет в "Спартак"

Цена ОСАГО оказалась выше средней по стране в 16 регионах России

Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»

Вучич рассказал о предложении Си Цзиньпина на встрече в Москве


Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»

В Кот-д'Ивуаре в результате аварии с участием автобуса и самосвала погибли 16 человек.

НПС построит два велопешеходных моста через Москву-реку

Канал, о котором мечтали несколько веков...


Путин в День ВМФ прибыл на территорию Главного Адмиралтейства в Санкт-Петербурге

СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.

Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.

«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»


Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.



Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным

Ночные перекусы в отпуске: доктор Садыков о том, как они влияют на микрофлору и вес

Экс-директору института вакцин Маковскому смягчили приговор по делу о взятке

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб


Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС

Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем

Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи

Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы


Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту

В САРАТОВЕ ПРОДОЛЖАЕТСЯ МАСШТАБНАЯ ВСЕРОССИЙСКАЯ ВЕДОМСТВЕННАЯ АКЦИЯ «КАНИКУЛЫ С РОСГВАРДИЕЙ»

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался


Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.


Сергей Собянин. Главное за день

Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве

Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником

Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы


Почему технологии ПВВК безопасны и эффективны, химия и экология воды по мнению Алексея Горшкова

Зачем Минприроды Свердловской области планирует организовать полигон отходов на участке, где идёт поиск питьевой воды?

Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян

РИА: глава Минприроды Козлов летит первым авиарейсом Москва - Пхеньян


Память Максима Горького увековечили в Сербии

И впрямь — зачем России Шпицберген?

Температура морской воды на крымских пляжах: 28 июля

Тяжело ходить по лестнице и мыть голову: врач рассказала о неочевидных симптомах саркопении


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский


Прогноз погоды в Крыму на 27 июля

Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей


Ядерный шантаж

Температура морской воды на крымских пляжах: 28 июля

УК просят разрешить продавать долги граждан за ЖКУ

«Кремль и лично президент Путин никак не смогут изменить это»: Индия разрывает отношения с Россией














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *