Sparse representation learning derives biological features with explicit gene weights from the Allen Mouse Brain Atlas
by Mohammad Abbasi, Connor R. Sanderford, Narendiran Raghu, Mirjeta Pasha, Benjamin B. Bartelle
Unsupervised learning methods are commonly used to detect features within transcriptomic data and ultimately derive meaningful representations of biology. Contributions of individual genes to any feature however becomes convolved with each learning step, requiring follow up analysis and validation to understand what biology might be represented by a cluster on a low dimensional plot. We sought learning methods that could preserve the gene information of detected features, using the spatial transcriptomic data and anatomical labels of the Allen Mouse Brain Atlas as a test dataset with verifiable ground truth. We established metrics for accurate representation of molecular anatomy to find sparse learning approaches were uniquely capable of generating anatomical representations and gene weights in a single learning step. Fit to labeled anatomy was highly correlated with intrinsic properties of the data, offering a means to optimize parameters without established ground truth. Once representations were derived, complementary gene lists could be further compressed to generate a low complexity dataset, or to probe for individual features with >95% accuracy. We demonstrate the utility of sparse learning as a means to derive biologically meaningful representations from transcriptomic data and reduce the complexity of large datasets while preserving intelligible gene information throughout the analysis.
Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло посетят Казань в новой трэвел-игре «Кто куда» на ТНТ
Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»
Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations
The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending
The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global
OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development
Roblox запускает AI-проверку возраста: шаг к безопасности или угроза приватности?
Конференцию Infotecs Marketing Stars в Кибердоме посетили более 500 специалистов по маркетингу и рекламе в сфере ИТ и ИБ
Это провал? Как прошёл старт продаж новой Лады Искры в России
Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Школьник из Шахт стал серебряным призёром чемпионата России по функциональному многоборью
Shot: Девушка погибла после падения с 12-го этажа премиум-апартаментов в Москве
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
МИД Польши рекомендовал полякам покинуть Россию
«Желание посеять панику»: в Варшаве призвали поляков покинуть Россию
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
Московское метро парализовано: ливень блокирует движение между станциями метро
Теннисистка Мур высказалась о проблемах в антидопинговой системе.
Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.
Новак Джокович проводит 900-ю неделю в топ-10 рейтинга ATP
Шаповалов одержал победу на теннисном турнире в Лос-Кабосе.
Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»
МИД Польши рекомендовал полякам покинуть Россию
В Москве по делу о взятке арестовали министра транспорта Новгородской области
«Желание посеять панику»: в Варшаве призвали поляков покинуть Россию
Музыкальные новости
VK Fest Санкт-Петербург: Детская сцена от PICCOLO и Radio Kids FM вновь покорила сердца юных зрителей!
Таджикистан на «Интервидении» представит Фаррух Хасанов, спевший с Бастой
Певица Клава Кока стала послом конкурса "Интервидение"
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году
Собянин: в Москве работает более 2,3 тысячи шахматных кружков
VK Fest 2025 побил рекорд по числу артистов и вошёл в Книгу рекордов России
Московское «Динамо» потеряло очки в первом матче сезона с новичком РПЛ
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой
Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.
Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.
Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой
Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.
«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш
Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью
Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы
Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году
Пока вы не уснули: открытая поддержка Алиевым Киева и «подзатыльник» Зеленскому от Трампа
«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи
В центре Киева митингуют против реформ Зеленского
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов
Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»
Юрист Трампа Коул рассказал, как пил водку с Лукашенко в Минске
Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин
Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году
Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин
Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году
Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"
Высокопроизводительные электродвигатели от компании JackShaft
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска
В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции
В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность
Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Прокуратура поставила на контроль выяснение причин пожара на Мытной улице
Элита выражает глубокие соболезнования в связи с трагической гибелью 34-летнего артиста — светлая память
В Москве арестована подозреваемая в нападении на подростка.
Новый флагманский кроссовер "Москвич 8" в продаже: цена от 2,98 млн ₽