Sparse representation learning derives biological features with explicit gene weights from the Allen Mouse Brain Atlas
by Mohammad Abbasi, Connor R. Sanderford, Narendiran Raghu, Mirjeta Pasha, Benjamin B. Bartelle
Unsupervised learning methods are commonly used to detect features within transcriptomic data and ultimately derive meaningful representations of biology. Contributions of individual genes to any feature however becomes convolved with each learning step, requiring follow up analysis and validation to understand what biology might be represented by a cluster on a low dimensional plot. We sought learning methods that could preserve the gene information of detected features, using the spatial transcriptomic data and anatomical labels of the Allen Mouse Brain Atlas as a test dataset with verifiable ground truth. We established metrics for accurate representation of molecular anatomy to find sparse learning approaches were uniquely capable of generating anatomical representations and gene weights in a single learning step. Fit to labeled anatomy was highly correlated with intrinsic properties of the data, offering a means to optimize parameters without established ground truth. Once representations were derived, complementary gene lists could be further compressed to generate a low complexity dataset, or to probe for individual features with >95% accuracy. We demonstrate the utility of sparse learning as a means to derive biologically meaningful representations from transcriptomic data and reduce the complexity of large datasets while preserving intelligible gene information throughout the analysis.
Виниры для исправления прикуса
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
На банкет – в Fish Point Family Resort
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’
Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat
Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood
UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Вечером в Орле сгорели два автомобиля
Сунул нос не в своё дело: серийного нюхателя жоп снова поймали в Калифорнии
В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Первый трейлер Battlefield 6
«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Пловец из Москвы умер во время соревнований в Нижнем Новгороде
Собянин отметил качество обслуживания в центрах госуслуг Москвы
Как начать петь. Как начать петь песни. Как начать петь с нуля
27 июля 2012 года открылись XXX летние Олимпийские игры в Лондоне
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
В Ясной Поляне прошла Летняя школа для учителей русского языка и литературы
Симоньян предложила вернуть Москве особняк Игумнова из-под контроля Франции
Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»
«Бавария» забирает Диаса, защитник «Спартака» уезжает в Португалию. Трансферы и слухи дня
Как хакеры обманывают авиацию сегодня
Под крышей эконома: цены на готовые частные дома упали на 15%
В 16 регионах России цена ОСАГО оказалась выше средней по стране — год назад таких было 13, следует из исследования НАФИ, с которым ознакомились "Известия"
Россиянка Калинская уступила канадке Фернандес в финале турнира WTA
Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе
Калинская достигла финала турнира в Вашингтоне
Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне
В Ясной Поляне прошла Летняя школа для учителей русского языка и литературы
Где тепло в сентябре: 8 направлений, где побывать на море осенью
Как хакеры обманывают авиацию сегодня
Вратарь "Ахмата" Шелия хотел бы пригласить Серхио Рамоса в команду
Музыкальные новости
Женился на богачке, стал идеальным отцом: метаморфозы рэпера Басты
«Стал таким, каким должен быть мужчина в 45»: Баста об ошибках молодости
«Он» уже в ноосфере: Шнуров назвал свой секретный хит «кодом человечества»
Джастин Бибер показал фото с вечеринки по случаю выхода нового альбома и развеял слухи о разводе с женой
Как начать петь. Как начать петь песни. Как начать петь с нуля
Потерянная библиотека, подземный город и бункер Сталина: какие секреты хранит Кремль
ИИ в Подмосковье резко снизил количество жалоб на незаконную торговлю
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
Состав тамбовского ФК "Спартак" пополнился двумя новыми игроками
"Евро-Футбол.Ру": защитник "Галатасарая" Куэста вряд ли перейдет в "Спартак"
Движение в поселке Восточный ограничили из-за пожара
Адвокаты Рублевка, Патриаршие пруды (Патрики), Барвиха, Рождественно, Шульгино, Раздоры, Рублево-Успенское шоссе, Огарево, Жуковка,Крылатское, Хамовники, Дорогомилово, Кунцево, Москва-сити, Филёвский парк, Фили-Давыдково Западного административного округа города Москвы
Канал, о котором мечтали несколько веков...
ДТП произошло на внешней стороне 26-го километра МКАД
Путин отметил смелость и героизм морских пехотинцев в бою.
СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.
«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»
Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.
Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса
Выбор клиники гнатологии в Москве
Клиника гнатологии в Москве
Выбрать клинику гнатологии в Москве
Пьяный сантехник устроил дебош в столичной студии косметологии из-за жалобы
Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи
Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС
Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Росгвардейцы обеспечили безопасность футбольных матчей в Москве
Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде
27 июля 2012 года открылись XXX летние Олимпийские игры в Лондоне
Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.
«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура
Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником
Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы
Москвичей предупредили об аномальной жаре 28–30 июля
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Сняла скальп и утопила на глазах зрителей: как и почему косатка Тиликум начала убивать
РИА: глава Минприроды Козлов летит первым авиарейсом Москва - Пхеньян
Как хакеры обманывают авиацию сегодня
Где тепло в сентябре: 8 направлений, где побывать на море осенью
Под крышей эконома: цены на готовые частные дома упали на 15%
В Ясной Поляне прошла Летняя школа для учителей русского языка и литературы
В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
Губернатор Севастополя поздравил моряков с Днем ВМФ
Крымский мост: информация об очередях на утро воскресенья
В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей
К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству
Под крышей эконома: цены на готовые частные дома упали на 15%
Филёвский парк — Услуги электромонтажников
Вратарь "Ахмата" Шелия хотел бы пригласить Серхио Рамоса в команду
Симоньян предложила вернуть Москве особняк Игумнова из-под контроля Франции