Sparse representation learning derives biological features with explicit gene weights from the Allen Mouse Brain Atlas
by Mohammad Abbasi, Connor R. Sanderford, Narendiran Raghu, Mirjeta Pasha, Benjamin B. Bartelle
Unsupervised learning methods are commonly used to detect features within transcriptomic data and ultimately derive meaningful representations of biology. Contributions of individual genes to any feature however becomes convolved with each learning step, requiring follow up analysis and validation to understand what biology might be represented by a cluster on a low dimensional plot. We sought learning methods that could preserve the gene information of detected features, using the spatial transcriptomic data and anatomical labels of the Allen Mouse Brain Atlas as a test dataset with verifiable ground truth. We established metrics for accurate representation of molecular anatomy to find sparse learning approaches were uniquely capable of generating anatomical representations and gene weights in a single learning step. Fit to labeled anatomy was highly correlated with intrinsic properties of the data, offering a means to optimize parameters without established ground truth. Once representations were derived, complementary gene lists could be further compressed to generate a low complexity dataset, or to probe for individual features with >95% accuracy. We demonstrate the utility of sparse learning as a means to derive biologically meaningful representations from transcriptomic data and reduce the complexity of large datasets while preserving intelligible gene information throughout the analysis.
Читайте также:
Вчера 23:58
00:22
Вчера 23:58
Вчера 23:57
Аукцион за часть дачи Пугачевой опровергли
Мичков внесен в Книгу знаменитых людей Кунгура, сообщил директор кунгурского музея: «Никаких его трофеев в музее пока нет, к сожалению»
Модель Анастасия Решетова перенесла вирус с осложнениями
Дети играют, родители отдыхают
UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap
Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years
В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека
В Курской области прокурор требует компенсацию для рабочего, придавленного погрузчиком
Свято Боголюбский Женский Монастырь
Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Первый трейлер Battlefield 6
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками
Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге
"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"
«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений
Неадекватный мужчина в нижнем белье вышел на дорогу на северо-западе Москвы
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Сталин ценил талантливых генералов и их критику. Ивану Попову не повезло — в России в генералах ценят другое
Опытный турист хотел опровергнуть обман в Абхазии, но сам стал жертвой
Тело мужчины извлекли из-под завалов дома в Саратове после взрыва газа
На фестивале «Поле брани» гости знакомятся с историей Старой Рязани
Водитель грузовика насмерть сбил велосипедиста в Татарстане
Чемпион Универсиады по настольному теннису Сидоренко будет выступать за японский клуб
Александр Бублик выиграл 2-й подряд турнир ATP
Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Пассажир, скончавшийся на международном рейсе, пропал без вести.
"Динамо" обыграло "Ростов" со счетом 1:0 во втором туре РПЛ
«Локомотив» обыгрывает «Краснодар» после первого тайма матча РПЛ
Собянин: еще больше волонтеров смогут получить знак отличия от города
Музыкальные новости
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
«Чем твои генералы лучше студентов?»: как Владимир Высоцкий выступал в Калинине
Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения
AI Певица. Создание AI Певицы. AI Певец. AI Артист.
Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге
Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу
Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде
«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений
AI Певица. Создание AI Певицы. AI Певец. AI Артист.
Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
На Московской столкнулись электровелосипед и легковушка
В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.
Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами
В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей
Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск
«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»
Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса
Ликсутов: в Москве увеличивают объем выпуска и ассортимент продуктов для здорового питания
Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса
Максим Ликсутов: Тренд на здоровье: московские ...
Клиника гнатологии в Москве
Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"
Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира
Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского
"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ
«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений
Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде
Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде
Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах
Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: Строительство детского сада в Очаково-Матвеевском завершится в 2026
Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.
Катар предупредил Европу о возможности прекращения поставок газа.
В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.
"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.
"Динамо" обыграло "Ростов" со счетом 1:0 во втором туре РПЛ
Собянин: еще больше волонтеров смогут получить знак отличия от города
«Локомотив» обыгрывает «Краснодар» после первого тайма матча РПЛ
В Москве арестован подросток, который выстрелил в охранника на железнодорожной станции.
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»
Как пережить аномальную жару в Крыму без вреда для здоровья: пять правил
Прогноз погоды в Крыму на 26 июля
К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
Подмосковье завоевало всё золото на первом командном чемпионате России по гольфу
"Динамо" обыграло "Ростов" со счетом 1:0 во втором туре РПЛ
На фестивале «Поле брани» гости знакомятся с историей Старой Рязани
Собянин: еще больше волонтеров смогут получить знак отличия от города