Towards self-describing and FAIR bulk formats for biomedical data
by Michael Lukowski, Andrew Prokhorenkov, Robert L. Grossman
We introduce a self-describing serialized format for bulk biomedical data called the Portable Format for Biomedical (PFB) data. The Portable Format for Biomedical data is based upon Avro and encapsulates a data model, a data dictionary, the data itself, and pointers to third party controlled vocabularies. In general, each data element in the data dictionary is associated with a third party controlled vocabulary to make it easier for applications to harmonize two or more PFB files. We also introduce an open source software development kit (SDK) called PyPFB for creating, exploring and modifying PFB files. We describe experimental studies showing the performance improvements when importing and exporting bulk biomedical data in the PFB format versus using JSON and SQL formats.
Аукцион за часть дачи Пугачевой опровергли
5 необычных прыжков с парашютом, от которых захватывает дух
Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО
Коллекция Chanel couture осень-зима 2025
UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault
Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood
Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat
Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap
В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека
Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО
Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка
В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя
Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Потерянная библиотека, подземный город и бункер Сталина: какие секреты хранит Кремль
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
В Салехарде московские художники нарисуют мурал в честь героев тыла
Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»
Педагоги из Китая, Монголии, Таиланда и Узбекистана получили сертификаты Иркутского политеха
Простой, убытки и паника: что случилось на Городецком гидроузле на Волге
Торжественную встречу первого прямого рейса из Москвы устроили в аэропорту Пхеньяна
В Ростове полиция пресекла очередную лекцию Либертарианской партии
В Пхеньяне совершил посадку первый прямой авиарейс из Москвы
Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным
Теннисистка Калинская после победы в США дала послематчевое интервью с собакой
Рахимова обыграла Шарму и вышла в основную сетку турнира WTA в Монреале
Александр Бублик посвятил супруге победу на турнире ATP-250 в Кицбюэле
Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне
Жизнь после улицы: как работает система помощи бездомным животным в России
Пока вы спали:. Для снижения американских пошлин с 30% до 15 % Еврокомиссия пообещала США полностью заместить нефть и газ из России на американский СПГ и ядерное топливо, заявила глава ЕК фон дер Ляйен
Простой, убытки и паника: что случилось на Городецком гидроузле на Волге
Во Всероссийском молодёжном форуме принимает участие лидер камчатской партийной молодёжи ЛДПР
Музыкальные новости
«За Оззи»: Джонни Депп сыграл песню Black Sabbath и почтил память легенды рока
Волосы попортились: что стало с Волочковой после Мальдив
Как начать петь. Как начать петь песни. Как начать петь с нуля
Будь собой, а не "звездой": "Europarty" от White Queen
Потерянная библиотека, подземный город и бункер Сталина: какие секреты хранит Кремль
Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания
Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу
Законченные «Циники»: Верник вышел в свет с Гухман, Редькин выпустил комикс
Тройка от «Балтики»: разгром «Спартака» и лидерство «Локомотива»
В Кот-д'Ивуаре в результате аварии с участием автобуса и самосвала погибли 16 человек.
На МКАД движение транспорта затруднено из-за ДТП
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Движение в поселке Восточный ограничили из-за пожара
Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.
«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»
СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.
«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса
Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным
Резидент ОЭЗ «Технополис Москва» начал производить препарат для лечения хронической болезни почек
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Подозреваемый в деле бывшего руководителя вакцинного производства подписал контракт с Министерством обороны.
Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи
Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы
Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС
Пловец из Москвы умер во время соревнований в Нижнем Новгороде
В САРАТОВЕ ПРОДОЛЖАЕТСЯ МАСШТАБНАЯ ВСЕРОССИЙСКАЯ ВЕДОМСТВЕННАЯ АКЦИЯ «КАНИКУЛЫ С РОСГВАРДИЕЙ»
27 июля 2012 года открылись XXX летние Олимпийские игры в Лондоне
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.
Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Собянин: 90 процентов москвичей живут в пешей доступности от зеленых территорий
Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы
Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура
Сергей Собянин. Главное за день
Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Москвичей предупредили об аномальной жаре 28–30 июля
Сняла скальп и утопила на глазах зрителей: как и почему косатка Тиликум начала убивать
Марка Эйдельштейна рассматривают на роль Юрия Левитана в байопике о дикторе
Пока вы спали:. Для снижения американских пошлин с 30% до 15 % Еврокомиссия пообещала США полностью заместить нефть и газ из России на американский СПГ и ядерное топливо, заявила глава ЕК фон дер Ляйен
Самолет Embraer совершил аварийную посадку в Махачкале после сигнала бедствия
Простой, убытки и паника: что случилось на Городецком гидроузле на Волге
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»
В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей
Прогноз погоды в Крыму на 27 июля
К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству
Губернатор Севастополя поздравил моряков с Днем ВМФ
Крымский мост: информация об очередях на утро воскресенья
Психолог Бурлакова: отцы влияют на характер и самооценку ребенка
"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался
Торжественную встречу первого прямого рейса из Москвы устроили в аэропорту Пхеньяна
Калина потерпела третье поражение в финале турнира WTA за свою карьеру.
