PCB: A pseudotemporal causality-based Bayesian approach to identify EMT-associated regulatory relationships of AS events and RBPs during breast cancer progression
by Liangjie Sun, Yushan Qiu, Wai-Ki Ching, Pu Zhao, Quan Zou
During breast cancer metastasis, the developmental process epithelial-mesenchymal (EM) transition is abnormally activated. Transcriptional regulatory networks controlling EM transition are well-studied; however, alternative RNA splicing also plays a critical regulatory role during this process. Alternative splicing was proved to control the EM transition process, and RNA-binding proteins were determined to regulate alternative splicing. A comprehensive understanding of alternative splicing and the RNA-binding proteins that regulate it during EM transition and their dynamic impact on breast cancer remains largely unknown. To accurately study the dynamic regulatory relationships, time-series data of the EM transition process are essential. However, only cross-sectional data of epithelial and mesenchymal specimens are available. Therefore, we developed a pseudotemporal causality-based Bayesian (PCB) approach to infer the dynamic regulatory relationships between alternative splicing events and RNA-binding proteins. Our study sheds light on facilitating the regulatory network-based approach to identify key RNA-binding proteins or target alternative splicing events for the diagnosis or treatment of cancers. The data and code for PCB are available at: http://hkumath.hku.hk/~wkc/PCB(data+code).zip.
Читайте также:
Вчера 22:00
Вчера 22:00
Вчера 22:00
Вчера 22:00
Американский рэпер Деруло высказал намерение купить жилье в Белоруссии
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Мичков внесен в Книгу знаменитых людей Кунгура, сообщил директор кунгурского музея: «Никаких его трофеев в музее пока нет, к сожалению»
Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Возбуждено первое в России уголовное дело о дропперстве
В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей
Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
ТАСС: главред Baza Трифонов отказался от права не свидетельствовать против себя
Вучич выразил соболезнования из-за крушения Ан-24 в Амурской области
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Главред Baza Трифонов отказался молчать на допросе в СК и заключен под стражу до сентября
Вучич выразил соболезнования из-за крушения Ан-24 в Амурской области
Басманный суд отправил министра имущества Челябинской области Белоусова в СИЗО до сентября
Мужская позиция. SEO спец с ДЦП ищет работу, чтобы обеспечить семью
Новак Джокович проводит 900-ю неделю в топ-10 рейтинга ATP
Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.
Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати
Кудерметова: раньше думала, что Сафина из Казани, её с Маратом все связывают с Татарстаном
МИД РФ заявил о готовности подписать документ о безъядерной зоне в Юго-Восточной Азии
Главред Baza Трифонов отказался молчать на допросе в СК и заключен под стражу до сентября
ТАСС: главред Baza Трифонов отказался от права не свидетельствовать против себя
Мужская позиция. SEO спец с ДЦП ищет работу, чтобы обеспечить семью
Музыкальные новости
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
Аукцион за часть дачи Пугачевой опровергли
Полина Гагарина открыла официальную часть VK Fest в Москве
Баста, Слава и Шура снимутся в новом документальном сериале «Вирус попсы»
Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Появилось видео тест-драйва патриарха Кирилла на "КАМАЗе" в Набережных Челнах
Стратегическое партнерство России и Узбекистана укрепляет газохимическую отрасль обеих стран
2 августа Россия поздравит своих десантников с их Днем уже в 95-й раз
Не забывайте, Ильин день - это день десантника
На международном ралли «Шелковый путь – 2025» представили новое моторное масло для мотоциклистов
В Москве на видео попало, как самокатчица влетела в авто с правоохранителями
Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2
Массовая авария с участием восьми автомобилей произошла в Новой Москве
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
«Убивать русских — работа моей мечты». Путин удивил. Кого отправили на лечение? Главное к утру
Отношения с Трампом не сложились: Путин зол. Ультиматум США вышел боком
Путин отметил успех российских школьников на олимпиаде по физике.
Обнаружен новый штамм коронавируса: он очень заразный и забирает голос
В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Косметолог-эстетист Наталья Рябинова: как правильно использовать масло для губ
В московской больнице оказался князь. Его фамилия известна каждому школьнику
В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Мединский дал неожиданный ответ на предложение Киева о встрече Путина и Зеленского
Axios: закон о НАБУ может спровоцировать Трампа на новую волну критики Киева
«Затрудняет путь в ЕС»: Урсула ждёт от Киева разъяснений по поводу ограничения полномочий НАБУ
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Назначены судейские бригады на матчи 2-ого тура МИР РПЛ
Делегация «ЛокоТех» посетила финал II чемпионата профессионалов ОАО «РЖД» в Екатеринбурге
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Собянин поддержал проведение конкурса «Лучший книжный магазин Москвы»
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Сергей Собянин. Главное за день
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке
Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала
Эксперты Журавлев и Данилин объяснили серию задержаний региональных чиновников за коррупцию
Главред Baza Трифонов отказался молчать на допросе в СК и заключен под стражу до сентября
ТАСС: главред Baza Трифонов отказался от права не свидетельствовать против себя
Вучич выразил соболезнования из-за крушения Ан-24 в Амурской области
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
«После Москвы - Югра?»: мощный циклон, затопивший столицу, надвигается на ХМАО
Минздрав предлагает новый подход к созданию больничных листов.
Испанские ватерполисты завоевали золото на чемпионате мира в Сингапуре
Петербуржцам рассказали о снижении рубля и юаня до минимальных значений