Improve the model of disease subtype heterogeneity by leveraging external summary data
by Sheng Fu, Mark P. Purdue, Han Zhang, Jing Qin, Lei Song, Sonja I. Berndt, Kai Yu
Researchers are often interested in understanding the disease subtype heterogeneity by testing whether a risk exposure has the same level of effect on different disease subtypes. The polytomous logistic regression (PLR) model provides a flexible tool for such an evaluation. Disease subtype heterogeneity can also be investigated with a case-only study that uses a case-case comparison procedure to directly assess the difference between risk effects on two disease subtypes. Motivated by a large consortium project on the genetic basis of non-Hodgkin lymphoma (NHL) subtypes, we develop PolyGIM, a procedure to fit the PLR model by integrating individual-level data with summary data extracted from multiple studies under different designs. The summary data consist of coefficient estimates from working logistic regression models established by external studies. Examples of the working model include the case-case comparison model and the case-control comparison model, which compares the control group with a subtype group or a broad disease group formed by merging several subtypes. PolyGIM efficiently evaluates risk effects and provides a powerful test for disease subtype heterogeneity in situations when only summary data, instead of individual-level data, is available from external studies due to various informatics and privacy constraints. We investigate the theoretic properties of PolyGIM and use simulation studies to demonstrate its advantages. Using data from eight genome-wide association studies within the NHL consortium, we apply it to study the effect of the polygenic risk score defined by a lymphoid malignancy on the risks of four NHL subtypes. These results show that PolyGIM can be a valuable tool for pooling data from multiple sources for a more coherent evaluation of disease subtype heterogeneity.
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО
Жена Дмитрия Диброва Полина опубликовала первое фото с похудевшим на 20 кг мужем
Лермонтовские места: не только Кавказ
Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood
Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat
Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap
The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка
Юный мотоциклист попал в больницу в результате аварии в центре Орла
Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Первый трейлер Battlefield 6
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet
Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает
Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Потерянная библиотека, подземный город и бункер Сталина: какие секреты хранит Кремль
Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»
MWM: Германия планирует наносить удары по Москве ракетами Tomahawk США
Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде
Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге
Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве
В Салехарде московские художники нарисуют мурал в честь героев тыла
Почему ситуация под Купянском вяжет по рукам и ногам, тормозя ход всей СВО
Николай Стариков: 453 года назад произошла Битва при Молодях
Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе
Калинская пробилась в полуфинал турнира в Вашингтоне.
Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне
Кудерметова пробилась во второй раунд турнира в Монреале.
В Салехарде московские художники нарисуют мурал в честь героев тыла
Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве
Климатолог Терешонок рассказал о глобальных изменениях климата в Москве
Почему ситуация под Купянском вяжет по рукам и ногам, тормозя ход всей СВО
Музыкальные новости
В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя
Генеральный подрядчик АО "АБЗ-Дорстрой" приступил к монтажу металлоконструкций навеса конечного остановочного пункта "Балканский".
«За Оззи»: Джонни Депп сыграл песню Black Sabbath и почтил память легенды рока
Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.
Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
Семь воздушных судов 28 июля прилетают во Владивосток вне расписания
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
Путин: пять бригад морской пехоты в ближайшее время преобразуют в дивизии
«Ужас, который я пережила, никому не пожелаю!» Алёна Блин взяла в заложники ловца в новой серии «Погони» на ТНТ
Кабинет Артиста. Яндекс кабинет артиста.
Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»
Канал, о котором мечтали несколько веков...
ДТП произошло на внешней стороне 26-го километра МКАД
Движение в поселке Восточный ограничили из-за пожара
Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.
«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина
Путин в День ВМФ прибыл на территорию Главного Адмиралтейства в Санкт-Петербурге
«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным
Пьяный сантехник устроил дебош в столичной студии косметологии из-за жалобы
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Экс-директору института вакцин Маковскому смягчили приговор по делу о взятке
Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи
Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС
Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы
Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем
В САРАТОВЕ ПРОДОЛЖАЕТСЯ МАСШТАБНАЯ ВСЕРОССИЙСКАЯ ВЕДОМСТВЕННАЯ АКЦИЯ «КАНИКУЛЫ С РОСГВАРДИЕЙ»
Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве
"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался
Росгвардейцы обеспечили безопасность футбольных матчей в Москве
«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.
Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура
Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве
Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником
Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы
В Феодосии ликвидировали пожар на площади
Сняла скальп и утопила на глазах зрителей: как и почему косатка Тиликум начала убивать
Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян
РИА: глава Минприроды Козлов летит первым авиарейсом Москва - Пхеньян
Николай Стариков: 453 года назад произошла Битва при Молодях
Почему ситуация под Купянском вяжет по рукам и ногам, тормозя ход всей СВО
Первый прямой рейс из Москвы приземлился в Пхеньяне
Трамп снова разочарован: Белый дом не может замять скандал с Эпштейном
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»
В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей
Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки
Прогноз погоды в Крыму на 27 июля
Мужчина умер в поезде, его тело оставили на скамейке до утра
Политик опроверг слухи о блокировке WhatsApp в России с 1 августа
Первый прямой рейс из Москвы приземлился в Пхеньяне
Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем