Improve the model of disease subtype heterogeneity by leveraging external summary data
by Sheng Fu, Mark P. Purdue, Han Zhang, Jing Qin, Lei Song, Sonja I. Berndt, Kai Yu
Researchers are often interested in understanding the disease subtype heterogeneity by testing whether a risk exposure has the same level of effect on different disease subtypes. The polytomous logistic regression (PLR) model provides a flexible tool for such an evaluation. Disease subtype heterogeneity can also be investigated with a case-only study that uses a case-case comparison procedure to directly assess the difference between risk effects on two disease subtypes. Motivated by a large consortium project on the genetic basis of non-Hodgkin lymphoma (NHL) subtypes, we develop PolyGIM, a procedure to fit the PLR model by integrating individual-level data with summary data extracted from multiple studies under different designs. The summary data consist of coefficient estimates from working logistic regression models established by external studies. Examples of the working model include the case-case comparison model and the case-control comparison model, which compares the control group with a subtype group or a broad disease group formed by merging several subtypes. PolyGIM efficiently evaluates risk effects and provides a powerful test for disease subtype heterogeneity in situations when only summary data, instead of individual-level data, is available from external studies due to various informatics and privacy constraints. We investigate the theoretic properties of PolyGIM and use simulation studies to demonstrate its advantages. Using data from eight genome-wide association studies within the NHL consortium, we apply it to study the effect of the polygenic risk score defined by a lymphoid malignancy on the risks of four NHL subtypes. These results show that PolyGIM can be a valuable tool for pooling data from multiple sources for a more coherent evaluation of disease subtype heterogeneity.
Почему новостройки на Северном Кипре — это лучшее решение для жизни и инвестиций
На банкет – в Fish Point Family Resort
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Axenix и RightStep стали партнерами в области комплексной цифровизации промышленных предприятий
Navicon представляет комплексную систему для интегрированного управления данными
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
На Крымском мосту восстановили движение автотранспорта
Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом
Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни
Михаил Ефремов разъехался с женой на фоне новостей о разводе
Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати
Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.
Кудерметова поделилась впечатлениями от посещения чемпионского бала Уимблдона
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
На Крымском мосту восстановили движение автотранспорта
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Музыкальные новости
Оззи Осборна убила коварная болезнь
Алексей Учитель снимает фильм о композиторе Дмитрии Шостаковиче
Баста, Слава и Шура снимутся в новом документальном сериале «Вирус попсы»
В Петербурге требуют заблокировать сайты, продающие липовые билеты в Мариинку
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
РОСГВАРДИЯ ОБЕСПЕЧИЛА ПРАВОПОРЯДОК НА ФУТБОЛЬНОМ МАТЧЕ РПЛ В ГРОЗНОМ
«Плюнули в лицо сотням тысяч молдаван»: как Санду готовит тотальный захват власти в Молдове
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Okko и ТНТ выпустят драмеди про трёх сестёр «Хай, систерс»
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Сергей Собянин. Главное за день
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
Михаил Ефремов разъехался с женой на фоне новостей о разводе
Пир на Волге и новый штамм ковида: главные новости Ярославля за 24 июля
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
В центре Балаклавы изменят дорожное движение – причины и сроки
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
Пир на Волге и новый штамм ковида: главные новости Ярославля за 24 июля
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
На Крымском мосту восстановили движение автотранспорта
Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни