Monte Carlo samplers for efficient network inference
by Zeliha Kilic, Max Schweiger, Camille Moyer, Steve Pressé
Accessing information on an underlying network driving a biological process often involves interrupting the process and collecting snapshot data. When snapshot data are stochastic, the data’s structure necessitates a probabilistic description to infer underlying reaction networks. As an example, we may imagine wanting to learn gene state networks from the type of data collected in single molecule RNA fluorescence
in situ hybridization (RNA-FISH). In the networks we consider, nodes represent network states, and edges represent biochemical reaction rates linking states. Simultaneously estimating the number of nodes and constituent parameters from snapshot data remains a challenging task in part on account of data uncertainty and timescale separations between kinetic parameters mediating the network. While parametric Bayesian methods learn parameters given a network structure (with known node numbers) with rigorously propagated measurement uncertainty, learning the number of nodes and parameters with potentially large timescale separations remain open questions. Here, we propose a Bayesian nonparametric framework and describe a hybrid Bayesian Markov Chain Monte Carlo (MCMC) sampler directly addressing these challenges. In particular, in our hybrid method, Hamiltonian Monte Carlo (HMC) leverages local posterior geometries in inference to explore the parameter space; Adaptive Metropolis Hastings (AMH) learns correlations between plausible parameter sets to efficiently propose probable models; and Parallel Tempering takes into account multiple models simultaneously with tempered information content to augment sampling efficiency. We apply our method to synthetic data mimicking single molecule RNA-FISH, a popular snapshot method in probing transcriptional networks to illustrate the identified challenges inherent to learning dynamical models from these snapshots and how our method addresses them.
VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
Рэпер Баста открыл свой ресторан в Marins Park Hotel Екатеринбург
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
«Спартак» и «Балтика» забьют друг другу. «Спартак» — «Балтика»: прогноз и ставка
Шаляпин успокоил дочь Бони Анджелину после ее конфликта с мамой
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург
После ареста иномарки в Подмосковье должник погасил задолженность по алиментным платежам
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.
Врач Галлямова: сухие шампуни могут навредить коже головы
Теннисистка Саккари спасла жука во время матча на турнире в США
Алькарас рассказал, считает ли Синнера своим другом после поражения в финале Уимблдона
Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати
Мальцев и Платонова взяли серебро ЧМ, Бублик вышел в полуфинал Кицбюэля. Главное к утру
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
После ареста иномарки в Подмосковье должник погасил задолженность по алиментным платежам
Музыкальные новости
Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.
Врач Шуров: Оззи Осборн мог умереть от паркинсонизма
Высоцкий снова на сцене: цифровой аватар легендарного барда выступит в Москве
Ростовский-на-Дону ЭРЗ ввёл в эксплуатацию новый прошивной станок
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Кабинет Артиста. Яндекс кабинет артиста.
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
Губернатор Архангельской области доложил Путину о поддержке новых территорий.
Отношения с Трампом не сложились: Путин зол. Ультиматум США вышел боком
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
Врач Галлямова: сухие шампуни могут навредить коже головы
Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее
В Ярославской области регистрировалось три групповых очага кори
Больше 20 поездов задерживаются из-за падения обломков БПЛА на юге России (Обновлено!)
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург