Monte Carlo samplers for efficient network inference
by Zeliha Kilic, Max Schweiger, Camille Moyer, Steve Pressé
Accessing information on an underlying network driving a biological process often involves interrupting the process and collecting snapshot data. When snapshot data are stochastic, the data’s structure necessitates a probabilistic description to infer underlying reaction networks. As an example, we may imagine wanting to learn gene state networks from the type of data collected in single molecule RNA fluorescence
in situ hybridization (RNA-FISH). In the networks we consider, nodes represent network states, and edges represent biochemical reaction rates linking states. Simultaneously estimating the number of nodes and constituent parameters from snapshot data remains a challenging task in part on account of data uncertainty and timescale separations between kinetic parameters mediating the network. While parametric Bayesian methods learn parameters given a network structure (with known node numbers) with rigorously propagated measurement uncertainty, learning the number of nodes and parameters with potentially large timescale separations remain open questions. Here, we propose a Bayesian nonparametric framework and describe a hybrid Bayesian Markov Chain Monte Carlo (MCMC) sampler directly addressing these challenges. In particular, in our hybrid method, Hamiltonian Monte Carlo (HMC) leverages local posterior geometries in inference to explore the parameter space; Adaptive Metropolis Hastings (AMH) learns correlations between plausible parameter sets to efficiently propose probable models; and Parallel Tempering takes into account multiple models simultaneously with tempered information content to augment sampling efficiency. We apply our method to synthetic data mimicking single molecule RNA-FISH, a popular snapshot method in probing transcriptional networks to illustrate the identified challenges inherent to learning dynamical models from these snapshots and how our method addresses them.
Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»
Подводный праздник в Dhawa Ihuru: погружение за скидками
Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»
Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»
Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations
The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development
В Курске погиб 36-летний мотоциклист
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
«ЭР-Телеком Холдинг» автоматизировал кадровое делопроизводство с помощью HRlink и сэкономил более 50 млн рублей
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors
Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Новое оборудование Dekree: грохоты с высокой пропускной способностью
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
«Режиссер не должен быть безразличным — и он давал нам такой пример»
Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы
Движение на участке Филевской линии метро остановили из-за ливней
Вплетенные в ландшафт: смогут ли «зеленые» фасады стать распространенной практикой?
Тропический ливень топит столичный ТЦ «Кунцево Плаза»
Круизные компании сообщают об изменении маршрутов теплоходов из-за аварии на Городецком гидроузле
Андреева сохранила пятое место в рейтинге WTA, Александрова вошла в Топ‑15
Буассон завоевала свой первый титул в WTA
Соболенко сохраняет первое место в чемпионской гонке WTA.
Румынская теннисистка Бегу выиграла турнир в Яссах.
СК: в Москве задержали главреда Telegram-канала Baza Глеба Трифонова
Осквернение мемориала и кража продуктов. Литовский националист получил 23 года.
Тропический ливень топит столичный ТЦ «Кунцево Плаза»
Вплетенные в ландшафт: смогут ли «зеленые» фасады стать распространенной практикой?
Музыкальные новости
Рилсмейкер. Услуги Рилсмейкера. Рилсмейкер в Москве. Стоимость работы Рилсмейкера.
Симфония Linkin Park, та самая пила. 8 идей, куда сходить на этой неделе в Барнауле
Ответы на вопросы. РУВИКИ устроила встречу со знаниями на VK Fest
Провести свой КОНЦЕРТ. Провести концерт в Москве.
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Аэропорт Барнаула сообщил о значительных задержках московских рейсов
Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.
В Шереметьево начали бесплатно раздавать матрасы ожидающим рейсов
Аранжировка Песен. Аранжировка Музыки. Создание Аранжировок.
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы
Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.
Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.
Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш
Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы
Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи
Пока вы не уснули: открытая поддержка Алиевым Киева и «подзатыльник» Зеленскому от Трампа
В центре Киева митингуют против реформ Зеленского
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну
Юрист Трампа Коул рассказал, как пил водку с Лукашенко в Минске
Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»
Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных
Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов
Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин
Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро
Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис
Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году
Тропический ливень топит столичный ТЦ «Кунцево Плаза»
«Желание посеять панику»: в Варшаве призвали поляков покинуть Россию
Движение на участке Филевской линии метро остановили из-за ливней
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники
В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции
В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность
Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Тропический ливень топит столичный ТЦ «Кунцево Плаза»
Сбер пригласил на работу золотых медалистов Всероссийской олимпиады
Осквернение мемориала и кража продуктов. Литовский националист получил 23 года.