Monte Carlo samplers for efficient network inference
by Zeliha Kilic, Max Schweiger, Camille Moyer, Steve Pressé
Accessing information on an underlying network driving a biological process often involves interrupting the process and collecting snapshot data. When snapshot data are stochastic, the data’s structure necessitates a probabilistic description to infer underlying reaction networks. As an example, we may imagine wanting to learn gene state networks from the type of data collected in single molecule RNA fluorescence
in situ hybridization (RNA-FISH). In the networks we consider, nodes represent network states, and edges represent biochemical reaction rates linking states. Simultaneously estimating the number of nodes and constituent parameters from snapshot data remains a challenging task in part on account of data uncertainty and timescale separations between kinetic parameters mediating the network. While parametric Bayesian methods learn parameters given a network structure (with known node numbers) with rigorously propagated measurement uncertainty, learning the number of nodes and parameters with potentially large timescale separations remain open questions. Here, we propose a Bayesian nonparametric framework and describe a hybrid Bayesian Markov Chain Monte Carlo (MCMC) sampler directly addressing these challenges. In particular, in our hybrid method, Hamiltonian Monte Carlo (HMC) leverages local posterior geometries in inference to explore the parameter space; Adaptive Metropolis Hastings (AMH) learns correlations between plausible parameter sets to efficiently propose probable models; and Parallel Tempering takes into account multiple models simultaneously with tempered information content to augment sampling efficiency. We apply our method to synthetic data mimicking single molecule RNA-FISH, a popular snapshot method in probing transcriptional networks to illustrate the identified challenges inherent to learning dynamical models from these snapshots and how our method addresses them.
118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов
VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта
Гордости Angsana Velavaru
Делегация «ЛокоТех» посетила финал II чемпионата профессионалов ОАО «РЖД» в Екатеринбурге
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей
НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды
Предрассветная Нёнокса...
В Фатеже два человека пострадали в ДТП
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых
Врач Галлямова: сухие шампуни могут навредить коже головы
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты
ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
Еще одно здание ГБУ «Жилищник» появится во Внукове
Увοлeн Γуcмaн, οпοɜοpивший Ροccию. Дaдут инοaгeнтa или пοвыcят?
Потапова не прошла во второй раунд турнира в Вашингтоне.
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе
Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне
ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки
Еще одно здание ГБУ «Жилищник» появится во Внукове
Синоптик Тишковец: череда тропических ливней в Москве завершена
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
Музыкальные новости
Даже Пугачева оценила: Олег Меньшиков показал, как отдыхает в Италии
Концерт проекта «Уличные музыканты» состоялся в ступинском парке
На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей
Оззи Осборн скончался в возрасте 76 лет после продолжительной болезни
В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Роскосмос опубликовал снимок циклона, который обрушился на Москву
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса
Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
В Подмосковье на видео попало, как школьник на питбайке разбился в жестком ДТП
На международном ралли «Шелковый путь – 2025» представили новое моторное масло для мотоциклистов
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Сигналы становятся всё громче. Переговоры - только ширма. Главное решится не в Стамбуле
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая
В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса
Компания КИТ МЕД представляет революционный аппарат SONOQUEEN — первую в мире анатомическую HIFU-технологию для anti-age терапии в России
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Мединский дал неожиданный ответ на предложение Киева о встрече Путина и Зеленского
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
"Зенит" заключил соглашение с американским защитником Рэндольфом
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Сергей Собянин. Главное за день
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Собянин поддержал проведение конкурса «Лучший книжный магазин Москвы»
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
Математика Савватеева возмутило заявление о "лишних" учителях
Отсидевший четыре года за сходство с мошенником не смог доказать невиновность
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Ветеринары напомнили жителям Подмосковья о необходимости вакцинации питомцев
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Дом с аркой отремонтируют в Отрадном
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Бастрыкин поделился информацией о расследовании дела бывшего замминистра обороны Иванова.
Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея