Добавить новость
smi24.net
News in English
Июль
2023

Monte Carlo samplers for efficient network inference

0

by Zeliha Kilic, Max Schweiger, Camille Moyer, Steve Pressé

Accessing information on an underlying network driving a biological process often involves interrupting the process and collecting snapshot data. When snapshot data are stochastic, the data’s structure necessitates a probabilistic description to infer underlying reaction networks. As an example, we may imagine wanting to learn gene state networks from the type of data collected in single molecule RNA fluorescence in situ hybridization (RNA-FISH). In the networks we consider, nodes represent network states, and edges represent biochemical reaction rates linking states. Simultaneously estimating the number of nodes and constituent parameters from snapshot data remains a challenging task in part on account of data uncertainty and timescale separations between kinetic parameters mediating the network. While parametric Bayesian methods learn parameters given a network structure (with known node numbers) with rigorously propagated measurement uncertainty, learning the number of nodes and parameters with potentially large timescale separations remain open questions. Here, we propose a Bayesian nonparametric framework and describe a hybrid Bayesian Markov Chain Monte Carlo (MCMC) sampler directly addressing these challenges. In particular, in our hybrid method, Hamiltonian Monte Carlo (HMC) leverages local posterior geometries in inference to explore the parameter space; Adaptive Metropolis Hastings (AMH) learns correlations between plausible parameter sets to efficiently propose probable models; and Parallel Tempering takes into account multiple models simultaneously with tempered information content to augment sampling efficiency. We apply our method to synthetic data mimicking single molecule RNA-FISH, a popular snapshot method in probing transcriptional networks to illustrate the identified challenges inherent to learning dynamical models from these snapshots and how our method addresses them.







Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

Гордости Angsana Velavaru

Почему новостройки на Северном Кипре — это лучшее решение для жизни и инвестиций

VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта


Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur

La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."


Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека

Продукты линейки СУБД ЛИНТЕР совместимы с ОС «АльтерОС»


The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes



Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии


История СССР в объективе легендарного Дмитрия Бальтерманца

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

В Ростовской области обломки БПЛА привели к задержке 10 пассажирских поездов


Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка

Прогноз погоды на сегодня, 25 июля


Медведев обыграл У Ибина и вышел в 1/4 финала турнира в Вашингтоне

Медведев сравнил матчи с Опелкой в Нидерландах и США

Теннисист Медведев: когда я играю хорошо, могу победить любого

Винус Уильямс — самая возрастная победительница матча WTA с 2004 года


Врач Соловьева: прокрастинация может быть симптомом депрессии

В МЧС предупредили москвичей о жаре +30 градусов 25 июля

Путин призвал жёстко пресекать вмешательство извне: «Суверенитет и ценности — под защитой»

Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни


Музыкальные новости

Оззи Осборна убила коварная болезнь

Где похоронен Владимир Высоцкий

Наталья Фриске показала дочь в костюме врача и поведала о своем самочувствии

Певец Стас Пьеха признался, что задумался о прожитой жизни из-за ухода Осборна


В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Стратегическое партнерство России и Узбекистана укрепляет газохимическую отрасль обеих стран

Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса

По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания


На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники

Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы


"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.


Обнаружен новый штамм коронавируса: он очень заразный и забирает голос

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая



Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах


Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.

Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве


Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом

Сергей Собянин. Главное за день

Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике


Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала

Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин

Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке


Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни

В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург

Польша радуется новым запасам нефти и газа, но есть одна важная проблема.

В Ярославской области регистрировалось три групповых очага кори


70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры

Прогноз погоды в Крыму на 25 июля


Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург

Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка

Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *