Добавить новость
smi24.net
News in English
Июль
2023

Monte Carlo samplers for efficient network inference

0

by Zeliha Kilic, Max Schweiger, Camille Moyer, Steve Pressé

Accessing information on an underlying network driving a biological process often involves interrupting the process and collecting snapshot data. When snapshot data are stochastic, the data’s structure necessitates a probabilistic description to infer underlying reaction networks. As an example, we may imagine wanting to learn gene state networks from the type of data collected in single molecule RNA fluorescence in situ hybridization (RNA-FISH). In the networks we consider, nodes represent network states, and edges represent biochemical reaction rates linking states. Simultaneously estimating the number of nodes and constituent parameters from snapshot data remains a challenging task in part on account of data uncertainty and timescale separations between kinetic parameters mediating the network. While parametric Bayesian methods learn parameters given a network structure (with known node numbers) with rigorously propagated measurement uncertainty, learning the number of nodes and parameters with potentially large timescale separations remain open questions. Here, we propose a Bayesian nonparametric framework and describe a hybrid Bayesian Markov Chain Monte Carlo (MCMC) sampler directly addressing these challenges. In particular, in our hybrid method, Hamiltonian Monte Carlo (HMC) leverages local posterior geometries in inference to explore the parameter space; Adaptive Metropolis Hastings (AMH) learns correlations between plausible parameter sets to efficiently propose probable models; and Parallel Tempering takes into account multiple models simultaneously with tempered information content to augment sampling efficiency. We apply our method to synthetic data mimicking single molecule RNA-FISH, a popular snapshot method in probing transcriptional networks to illustrate the identified challenges inherent to learning dynamical models from these snapshots and how our method addresses them.







Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

Как начать петь. Как начать петь песни. Как начать петь с нуля

Модель Анастасия Решетова перенесла вирус с осложнениями

В Ярославле прошёл Слёт молодёжи Северного филиала компании «ЛокоТех-Сервис»


UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

Weah’s agent: One Juventus director ‘is creating problems’

Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat

Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood


Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве


Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Fretless — The Wrath of Riffson — музыка спасёт мир. Рецензия

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet



Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Александр Михайлов (GSOC): «Безопасность IT-экосистемы — это зона нулевого доверия к подрядчикам»

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве


В Петрозаводске жених пришел на свадьбу в костюме Дарта Вейдера

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве


Прошла испытания система дистанционной передачи данных для корректировки навигационных карт

Как определить, должен ли предприниматель платить туристический налог

«Аэрофлот» отменил 42 рейса из-за сбоя в работе информационных систем

В Подмосковье питбайкеру едва не отрезало голову натянутой на дороге проволокой


Калинская поднялась на 17 позиций в обновленном рейтинге WTA

Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе

Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне

Россиянка Калинская уступила канадке Фернандес в финале турнира WTA


Ядерный шантаж

УК просят разрешить продавать долги граждан за ЖКУ

Телеведущая Виктория Лопырева опубликовала фото с матерью

На МКАД авария затруднила движение авто


Музыкальные новости

Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.

«Молодежь любит так же, как мы»: Баста рассказал о смыслах своего мюзикла

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

Ротация на Интернет Радио. Ротация песни на Интернет радио.


Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Александр Михайлов (GSOC): «Безопасность IT-экосистемы — это зона нулевого доверия к подрядчикам»

Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?


Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

"Локомотив" обыграл "Краснодар" со счетом 2:1 во втором туре РПЛ

Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает

Тройка от «Балтики»: разгром «Спартака» и лидерство «Локомотива»


На МКАД авария затруднила движение авто

НПС построит два велопешеходных моста через Москву-реку

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?

Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»


«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина

СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.

Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.

Путин в День ВМФ прибыл на территорию Главного Адмиралтейства в Санкт-Петербурге


Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.



Сеть клиник «Будь Здоров» открыла первый травмпункт сети на базе клиники на Сретенке

Клиника гнатологии – лечение ВНЧС и восстановление прикуса

Вспомнить прошлое. Врач Романов объяснил появление метастазов через годы

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб


Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС

Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем

Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы

Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи


Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

Чемпионат по военно-спортивному многоборью среди росгвардейцев завершился в Грозном

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб


Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.

«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ


Сергей Собянин. Главное за день

Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура

Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве

Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы


В Феодосии ликвидировали пожар на площади

Почему технологии ПВВК безопасны и эффективны, химия и экология воды по мнению Алексея Горшкова

Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян

Александр Михайлов (GSOC): «Безопасность IT-экосистемы — это зона нулевого доверия к подрядчикам»


Телеведущая Виктория Лопырева опубликовала фото с матерью

В Подмосковье питбайкеру едва не отрезало голову натянутой на дороге проволокой

Температура морской воды на крымских пляжах, 28 июля

Прошла испытания система дистанционной передачи данных для корректировки навигационных карт


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

Александр Цыбульский: "С Архангельской области началась история российского флота"


В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки

В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей

Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно

Прогноз погоды в Крыму на 27 июля


Как определить, должен ли предприниматель платить туристический налог

В Петрозаводске жених пришел на свадьбу в костюме Дарта Вейдера

В Подмосковье питбайкеру едва не отрезало голову натянутой на дороге проволокой

Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *