Добавить новость
smi24.net
News in English
Ноябрь
2023

BayFlux: A Bayesian method to quantify metabolic Fluxes and their uncertainty at the genome scale

0

by Tyler W. H. Backman, Christina Schenk, Tijana Radivojevic, David Ando, Jahnavi Singh, Jeffrey J. Czajka, Zak Costello, Jay D. Keasling, Yinjie Tang, Elena Akhmatskaya, Hector Garcia Martin

Metabolic fluxes, the number of metabolites traversing each biochemical reaction in a cell per unit time, are crucial for assessing and understanding cell function. 13C Metabolic Flux Analysis (13C MFA) is considered to be the gold standard for measuring metabolic fluxes. 13C MFA typically works by leveraging extracellular exchange fluxes as well as data from 13C labeling experiments to calculate the flux profile which best fit the data for a small, central carbon, metabolic model. However, the nonlinear nature of the 13C MFA fitting procedure means that several flux profiles fit the experimental data within the experimental error, and traditional optimization methods offer only a partial or skewed picture, especially in “non-gaussian” situations where multiple very distinct flux regions fit the data equally well. Here, we present a method for flux space sampling through Bayesian inference (BayFlux), that identifies the full distribution of fluxes compatible with experimental data for a comprehensive genome-scale model. This Bayesian approach allows us to accurately quantify uncertainty in calculated fluxes. We also find that, surprisingly, the genome-scale model of metabolism produces narrower flux distributions (reduced uncertainty) than the small core metabolic models traditionally used in 13C MFA. The different results for some reactions when using genome-scale models vs core metabolic models advise caution in assuming strong inferences from 13C MFA since the results may depend significantly on the completeness of the model used. Based on BayFlux, we developed and evaluated novel methods (P-13C MOMA and P-13C ROOM) to predict the biological results of a gene knockout, that improve on the traditional MOMA and ROOM methods by quantifying prediction uncertainty.







В районе Перово идёт набор в ансамбль народных танцев

Бизнесу усиливают защиту: двойной канал связи для безопасности

Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Психолог Зберовский заявил, что расставание может помочь преодолеть зависимость


First confirmed death during Trump ICE raid is a farmworkers at a California cannabis facility

Son Of British Boxing Legend Retires From The Sport Aged Just 24: “Won’t Be Fighting Again”

Dow futures sink as Trump keeps pushing tariffs while White House suggests Powell’s job could be at risk

ICE is 'supercharging detention' with 'flagrantly unlawful' policy: lawyers


Каршеринг BelkaCar запустил новый сезон проекта «Умные путешествия»

Чилим на позитиве...

The sun of the North

«Мне ничего не будет»: кавказцы устроили стрельбу возле ЗАГСа в Санкт-Петербурге


MMORPG Lord Nine: Infinite Class выпустят в Юго-Восточной Азии 31 июля

The Expanse RPG's developers are 'humbled' by comparisons to BioWare's heyday, but don't expect it to be a straight Mass Effect clone: 'We make our story a little bit differently'

Those shadow giants in the distance in Elden Ring Nightreign are over 2 miles tall⁠—almost as big as the Erdtree⁠—and nobody even mentions them in the game

Гайд на Fuqiu из Etheria Restart: навыки, PvE-билд, расклад в PvP и дубликаты



Вот билет на контент, на эксплойт билетов нет

Пора пригласить певца A.SERGIO для участия в теле- и радиопрограммах, подкастах и шоу!

Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Косметолог Наталья Рябинова: в чем разница между эстетическим и медицинским трихологом


«Сила в команде»: судебные приставы Кузбасса приняли участие во всероссийских хоккейных соревнованиях среди силовиков

Вторичное жилье начало дешеветь

Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Участники «Активного гражданина» выбрали лучшую заправку для окрошки


Красные арки, синяя подсветка. В Москве строят новые пешеходные мосты

Дептранс: на Замоскворецкой линии московского метро восстановили движение

Эквадор выдал россиянина, подозреваемого в мошенничестве.

Посол Акира Муто: Япония будет приветствовать возможную встречу Путина и Трампа


«Гордимся!»: Рустам Минниханов отметил успех Вероники Кудерметовой на Уимблдоне

Подмосковный теннисист стал бронзовым призером юниорского Уимблдона

Кудерметова завоевала свой первый титул Уимблдона в парном разряде.

Медведев стал обладателем Кубка короля в Испании.


Татарстан вошел в число лидеров по количеству заявок на конкурс брендов «Знай наших»

В Видном арестовали мать мальчика, которого отчим избил битой

Из трёх музеев Томской области томичи отправили по почте 500 «тёплых открыток»

Замоскворецкая линия метро: отсутствие движения между «Белорусской» и «Театральной»


Музыкальные новости

Мать Тимати призналась, что каждый день видится с его беременной невестой

Самые знаковые песни группы Queen

Беременная фанатка разочаровалась в Басте: жена рэпера не стала молчать

В Петербурге назвали имена лауреатов конкурса вокалистов Елены Образцовой


Косметолог Наталья Рябинова: в чем разница между эстетическим и медицинским трихологом

Пора пригласить певца A.SERGIO для участия в теле- и радиопрограммах, подкастах и шоу!

Росгвардейцы из Чеченской Республики стали победителями и призерами чемпионата Северо-Кавказского округа Росгвардии по комплексному единоборству

Вот билет на контент, на эксплойт билетов нет


«Россети Центр» поддерживают научные инициативы будущих энергетиков

Парный заряд: Тодоренко с Родригезом, Шакира в «Разочарованных»

«Искуситель», «Актриса» и «Пиковая дама»: топ 3 спектаклей сентября

Конкурс юных певцов Елены Образцовой объявил победителей


КАМАЗ-4280 начал тестовую эксплуатацию на маршруте в Подмосковье

В Москве мужчина ограбил магазин на АЗС, угрожая пистолетом

Красные арки, синяя подсветка. В Москве строят новые пешеходные мосты

Вскрытие без последствий – сервис «Спас-замков»


Посол Акира Муто: Япония будет приветствовать возможную встречу Путина и Трампа

В США сделали смелое заявление в отношении Путина.

"Пока Путин не заметит это безобразие": Пономарев резко высказался о легионерах в РПЛ

Путин отметил успех школьников на Международной химической олимпиаде.




Травмированного на репетиции в цирке Москвы акробата выписали из больницы

Клинический психолог Юлия Тарибо: каким типам личностей сложно было вместе

Врач-трихолог Мадина Осман: как часто можно делать пересадку волос

Косметолог Наталья Рябинова: в чем разница между эстетическим и медицинским трихологом


ВСУ атаковали дронами женщин под Сумами: Били за надпись "Мы русские"


Раскрыто расписание Олимпийских игр 2028 года в Лос-Анджелесе.

«Турбозавры» поучаствовали в Дне московского транспорта

Росгвардейцы из Чеченской Республики стали победителями и призерами чемпионата Северо-Кавказского округа Росгвардии по комплексному единоборству

"Пока Путин не заметит это безобразие": Пономарев резко высказался о легионерах в РПЛ


Лукашенко предложил Петербургу ремонтировать всю белорусскую технику

Лукашенко заявил о необходимости проверки чиновников за манипуляции с ценами.

Петербургская делегация провела переговоры с президентом Беларуси в Минске

Лукашенко встретился в Минске с делегацией Петербурга для обсуждения сотрудничества


Сергей Собянин: роботы и электромашины на страже московских улиц

Сергей Собянин: В Москве появятся три новых пешеходных моста к 2027 году


РЭО проведет акселератор для экоцентров на базе Плехановского университета

Позднякова: температура в Москве останется выше климатической нормы

РЭО запускает акселератор для экологических центров на базе Плехановского университета

ГК «АСНА» внедрила систему продвинутой аналитики «Дельта BI»


Андрей Воробьев рассказал об открытии новых школ в Подмосковье к 1 сентября

«Динамо» ведёт переговоры о переходе Рубенса из «Атлетико Минейро»

Москва прощается с жарой: жителей столицы предупредили о ливнях и грозах

«Союз-Аполлон» — вторая встреча над Эльбой. А можем повторить?


Алтайский край оказался в числе регионов-аутсайдеров по доступности вторичного жилья

Защищённый планшет Saotron RT-W11J на базе ОС Windows10

Беспроводной сканер штрих-кодов SAOTRON P05i промышленного класса

Фестиваль духовых оркестров пройдет в трех городах Поморья по случаю Дня ВМФ


Десятки улиц Симферополя остались без света 14 июля

Феодосия получила 150 миллионов на ремонты дворов - где начнут работы

Симферополь частично остался без света утром 14 июля

Под Симферополем горят десятки гектаров леса


«Союз-Аполлон» — вторая встреча над Эльбой. А можем повторить?

«Ηичeгο οб Apмeнии бeɜ Apмeнии» – Зaпaд οбeщaeт Εpeвaну тο жe, чтο и κοгдa-тο Κиeву

Экс-жена Сафонова Анастасия требует от вратаря 4 млн рублей судебных издержек

В Москве мужчина ограбил магазин на АЗС, угрожая пистолетом














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *