Добавить новость
smi24.net
News in English
Ноябрь
2023

Time-optimized protein NMR assignment with an integrative deep learning approach using AlphaFold and chemical shift prediction | Science Advances

0

Abstract

Chemical shift assignment is vital for nuclear magnetic resonance (NMR)–based studies of protein structures, dynamics, and interactions, providing crucial atomic-level insight. However, obtaining chemical shift assignments is labor intensive and requires extensive measurement time. To address this limitation, we previously proposed ARTINA, a deep learning method for automatic assignment of two-dimensional (2D)–4D NMR spectra. Here, we present an integrative approach that combines ARTINA with AlphaFold and UCBShift, enabling chemical shift assignment with reduced experimental data, increased accuracy, and enhanced robustness for larger systems, as presented in a comprehensive study with more than 5000 automated assignment calculations on 89 proteins. We demonstrate that five 3D spectra yield more accurate assignments (92.59%) than pure ARTINA runs using all experimentally available NMR data (on average 10 3D spectra per protein, 91.37%), considerably reducing the required measurement time. We also showcase automated assignments of only 15 N-labeled samples, and report improved assignment accuracy in larger synthetic systems of up to 500 residues.







Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM

Биоревитализация: секрет молодой кожи

История одной семьи: результаты конкурса и победители

Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом


The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global

The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development


Методы стеганографии становятся популярнее: когда картинка может стать угрозой ИБ

Новая модель Hyundai Elantra уже доступна в России: какие изменения произошли

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России


Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'



Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM

Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)

Двоих задержанных сотрудников Telegram-канала Baza отпустили из столичного СК

Ярко вспыхнула и быстро погасла: судьба певицы Марины Журавлевой


Лето сдает позиции: в Москву придут осенние дожди

Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"


Андреева сохранила пятое место в рейтинге WTA, Александрова вошла в Топ‑15

Румынская теннисистка Бегу выиграла турнир в Яссах.

Потапова не прошла во второй раунд турнира в Вашингтоне.

Рублев вместе с чешской теннисисткой заявился в микст на US Open


Неваляшки, танцы и футбол: фестиваль «Сады и цветы» продолжает изумлять

МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода

После избиения подростками несовершеннолетнего в Балашихе завели уголовное дело

Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе


Музыкальные новости

Таджикистан на «Интервидении» представит Фаррух Хасанов, спевший с Бастой

В сказке были: Джиган на сеновале, IOWA с картины Шагала

Композитор Юрий Лоза заявил, что ненавидит навязчивых соседей

Надежда Бабкина высказалась о «вражде» с Надеждой Кадышевой


Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

В сервисном локомотивном депо «Югра» успешно реорганизован цех по ремонту автотормозного и пневматического оборудования по системе 5S

Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения

Овечкин раздал автографы на "коробке" своего детства в Москве


Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня

Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы


Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой

Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной

Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.




Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году

«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


В центре Киева митингуют против реформ Зеленского

«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи


Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта

KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»

Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов


Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин

Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году


Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов

Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году

Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис


МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода

Москва отменяется: героиня шоу «Мама в 16» дала еще один шанс отцу своего ребенка и возвращается в Симферополь

Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе

Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"


В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки


Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность


Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"

Где лето? МЧС предупредило москвичей об ухудшении погоды

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

После избиения подростками несовершеннолетнего в Балашихе завели уголовное дело














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *