Добавить новость
smi24.net
News in English
Февраль
2024

Supporting data for "Improved integration of single cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans"

0
Cardiovascular research heavily relies on mouse (Mus musculus) models to study disease mechanisms and to test novel biomarkers and medications. Yet, applying these results to patients remains a major challenge and often results in non-effective drugs. Therefore, it is an open challenge of translational science to develop models with high similarities and predictive value. This requires a comparison of disease models in mice with diseased tissue derived from humans.
To compare the transcriptional signatures at single cell resolution, we implemented an integration pipeline called OrthoIntegrate which uniquely assigns orthologs and therewith merges single cell data (scRNA-SEQ) of different species. The pipeline has been designed to be as easy to use and is fully integrable in the standard Seurat workflow.
We applied OrthoIntegrate on scRNA-SEQ from cardiac tissue of heart failure patients with reduced ejection fraction (HFrEF) and scRNA-SEQ from the mice after chronic infarction, which is a commonly used mouse model to mimic HFrEF. We discovered shared and distinct regulatory pathways between human HFrEF patients and the corresponding mouse model. Overall, 54% of genes were commonly regulated including major changes in cardiomyocyte energy metabolism. However, several regulatory pathways, e.g. angiogenesis, were specifically regulated in humans.
The demonstration of unique pathways occurring in humans indicate limitations on the comparability between mice models and human HFrEF and show that results from the mice model should be validated carefully. OrthoIntegrate is publicly accessible (https://github.com/MarianoRuzJurado/OrthoIntegrate) and can be used to integrate other large data sets to provide a general comparison of models with patients data.







В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона

Подводный праздник в Dhawa Ihuru: погружение за скидками

KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну

Биоревитализация: секрет молодой кожи


Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations

The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global

The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player


Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)

Зима в Ленинградской области

Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.

Roblox запускает AI-проверку возраста: шаг к безопасности или угроза приватности?


Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'



Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Раздвигая горы - к единству и созиданию! Манифест лезгинского народа (письменное обращение, воззвание программного характера)

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной

T7, T4 и T8. Стало известно, когда в России начнутся продажи кроссоверов Tenet

Лицемерная политика многовекторности. "Улыбается всем": Эрдоган в обход Москвы готов дружить с Баку


Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»

Лето сдает позиции: в Москву придут осенние дожди

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода


Рублев прокомментировал вылет с турнира в Лос-Кабосе

Бублик завоевал шестой в карьере титул на уровне ATP

Теннисистка Мур высказалась о проблемах в антидопинговой системе.

Соболенко сохраняет первое место в чемпионской гонке WTA.


Неваляшки, танцы и футбол: фестиваль «Сады и цветы» продолжает изумлять

МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"


Музыкальные новости

Адвокат Багатурия: Ларису Долину могут снова оставить без квартиры

Расторгуев с «Конем» и новый рекорд России. Итоги VK Fest 2025

Полина Гагарина открыла официальную часть VK Fest в Москве

Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения


Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

"Выездные мастер-классы" Межвузовского Чемпионата КВН Санкт-Петербурга

Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!


Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой

Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы


Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной

Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.

Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.

Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой




Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы

«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


В центре Киева митингуют против реформ Зеленского

«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи


В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»


Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте

Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин


Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис

Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов


Лето сдает позиции: в Москву придут осенние дожди

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Неваляшки, танцы и футбол: фестиваль «Сады и цветы» продолжает изумлять

Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"


Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки

В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники


Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов

Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность


Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году

Неваляшки, танцы и футбол: фестиваль «Сады и цветы» продолжает изумлять

Депутат Нилов предложил разрешить мотоциклистам движение по выделенной полосе

Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *