Добавить новость
smi24.net
News in English
Февраль
2024

Supporting data for "Improved integration of single cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans"

0
Cardiovascular research heavily relies on mouse (Mus musculus) models to study disease mechanisms and to test novel biomarkers and medications. Yet, applying these results to patients remains a major challenge and often results in non-effective drugs. Therefore, it is an open challenge of translational science to develop models with high similarities and predictive value. This requires a comparison of disease models in mice with diseased tissue derived from humans.
To compare the transcriptional signatures at single cell resolution, we implemented an integration pipeline called OrthoIntegrate which uniquely assigns orthologs and therewith merges single cell data (scRNA-SEQ) of different species. The pipeline has been designed to be as easy to use and is fully integrable in the standard Seurat workflow.
We applied OrthoIntegrate on scRNA-SEQ from cardiac tissue of heart failure patients with reduced ejection fraction (HFrEF) and scRNA-SEQ from the mice after chronic infarction, which is a commonly used mouse model to mimic HFrEF. We discovered shared and distinct regulatory pathways between human HFrEF patients and the corresponding mouse model. Overall, 54% of genes were commonly regulated including major changes in cardiomyocyte energy metabolism. However, several regulatory pathways, e.g. angiogenesis, were specifically regulated in humans.
The demonstration of unique pathways occurring in humans indicate limitations on the comparability between mice models and human HFrEF and show that results from the mice model should be validated carefully. OrthoIntegrate is publicly accessible (https://github.com/MarianoRuzJurado/OrthoIntegrate) and can be used to integrate other large data sets to provide a general comparison of models with patients data.







Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

Лермонтовские места: не только Кавказ

Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО


Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’

Weah’s agent: One Juventus director ‘is creating problems’


В Курской области прокурор требует компенсацию для рабочего, придавленного погрузчиком

Как хакеры обманывают авиацию сегодня

Сунул нос не в своё дело: серийного нюхателя жоп снова поймали в Калифорнии

Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО


Первый трейлер Battlefield 6

«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok



Один год в двадцатилетней истории Marins Москва Пражская

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти

Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.


Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»

Эксперт Водяной объяснил, почему важно обновлять свои данные

Ядерный шантаж

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


Психотерапевт Генварская: изоляция может вызвать ментальные расстройства

Сергей Семак оценил игру Мирлинда Даку в матче с «Зенитом»

Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве

В самарском Сквере Эльдара Рязанова состоится шахматный турнир


Россиянин Сидоренко выиграл соревнования по настольному теннису на Универсиаде‑2025

Россиянка Калинская уступила канадке Фернандес в финале турнира WTA

Боузкова одержала победу на теннисном турнире в Праге

Кудерметова пробилась во второй раунд турнира в Монреале.


Экс-футболист «Зенита» отказался от перехода в «Спартак», пишут СМИ

Сергей Семак оценил игру Мирлинда Даку в матче с «Зенитом»

Самарские рейсы «Аэрофлота» отменили из-за системного сбоя 28 июля: точные рейсы

В самарском Сквере Эльдара Рязанова состоится шахматный турнир


Музыкальные новости

Келли Осборн вспомнила один из трогательных моментов с Оззи Осборном

Концерт Егора Крида перенесли из-за низких продаж билетов

Женился на богачке, стал идеальным отцом: метаморфозы рэпера Басты

Владимир Высоцкий в виде цифрового аватара «выступит» в Москве


Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти

Семь воздушных судов 28 июля прилетают во Владивосток вне расписания

Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?


Юрий Кара: «Даже Харви Вайнштейн хотел заполучить голую Вертинскую»

Группа Аквилон передала государству первые квартиры

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

Законченные «Циники»: Верник вышел в свет с Гухман, Редькин выпустил комикс


На МКАД авария затруднила движение авто

Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?

В Кот-д'Ивуаре в результате аварии с участием автобуса и самосвала погибли 16 человек.


«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина

«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»

Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.

СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.


Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.



Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Сеть клиник «Будь Здоров» открыла первый травмпункт сети на базе клиники на Сретенке

Вспомнить прошлое. Врач Романов объяснил появление метастазов через годы

Ночные перекусы в отпуске: доктор Садыков о том, как они влияют на микрофлору и вес


Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем

Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы

Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС

Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи


Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался


Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.


Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы

Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником


Почему технологии ПВВК безопасны и эффективны, химия и экология воды по мнению Алексея Горшкова

Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян

В Феодосии ликвидировали пожар на площади

Зачем Минприроды Свердловской области планирует организовать полигон отходов на участке, где идёт поиск питьевой воды?


Телеведущая Виктория Лопырева опубликовала фото с матерью

Пробки в Подмосковье оценили в 4 балла утром 28 июля

Самарские рейсы «Аэрофлота» отменили из-за системного сбоя 28 июля: точные рейсы

Психотерапевт Генварская: изоляция может вызвать ментальные расстройства


70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Александр Цыбульский: "С Архангельской области началась история российского флота"


Прогноз погоды в Крыму на 27 июля

В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно


Фитнес-эксперт Каневский: нехватка терпения может привести к неудаче в похудении

УК просят разрешить продавать долги граждан за ЖКУ

В Подмосковье на видео сняли разбитую фуру после жесткого ДТП

Конюхов рассказал, как Татарстан поможет ему исследовать микропластик в океане














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *