Supporting data for "Improved integration of single cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans"
Cardiovascular research heavily relies on mouse (
Mus musculus) models to study disease mechanisms and to test novel biomarkers and medications. Yet, applying these results to patients remains a major challenge and often results in non-effective drugs. Therefore, it is an open challenge of translational science to develop models with high similarities and predictive value. This requires a comparison of disease models in mice with diseased tissue derived from humans.
To compare the transcriptional signatures at single cell resolution, we implemented an integration pipeline called
OrthoIntegrate which uniquely assigns orthologs and therewith merges single cell data (scRNA-SEQ) of different species. The pipeline has been designed to be as easy to use and is fully integrable in the standard Seurat workflow.
We applied
OrthoIntegrate on scRNA-SEQ from cardiac tissue of heart failure patients with reduced ejection fraction (HFrEF) and scRNA-SEQ from the mice after chronic infarction, which is a commonly used mouse model to mimic HFrEF. We discovered shared and distinct regulatory pathways between human HFrEF patients and the corresponding mouse model. Overall, 54% of genes were commonly regulated including major changes in cardiomyocyte energy metabolism. However, several regulatory pathways, e.g. angiogenesis, were specifically regulated in humans.
The demonstration of unique pathways occurring in humans indicate limitations on the comparability between mice models and human HFrEF and show that results from the mice model should be validated carefully.
OrthoIntegrate is publicly accessible (
https://github.com/MarianoRuzJurado/OrthoIntegrate) and can be used to integrate other large data sets to provide a general comparison of models with patients data.
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
Виниры для исправления прикуса
На банкет – в Fish Point Family Resort
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault
Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat
Weah’s agent: One Juventus director ‘is creating problems’
The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’
В Орловской области в реке утонула женщина
Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве
Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы
Экс-руководителей Ростовского облсуда обвинили в получении взяток
Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok
Первый трейлер Battlefield 6
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
Остался только страх. Пашинян хочет ударить по Москве, но "удавка" сдерживает
Потерянная библиотека, подземный город и бункер Сталина: какие секреты хранит Кремль
Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти
Экс-футболист «Зенита» отказался от перехода в «Спартак», пишут СМИ
Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»
MWM: Германия планирует наносить удары по Москве ракетами Tomahawk США
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве
Уже вовсю скупают: куда поехать зимой на отдых и как сэкономить на путевке
Трамп снова разочарован: Белый дом не может замять скандал с Эпштейном
Прикрыл срам бородой. Голый мигрант бегал и кидался на москвичей: подробности инцидента
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Рахимова обыграла Шарму и вышла в основную сетку турнира WTA в Монреале
Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне
Россиянка Калинская уступила канадке Фернандес в финале турнира WTA
Вы верите, что Станкович доработает до конца сезона?
Новый роман, скандалы и поддержка оппозиции: что сейчас с Сашей Бортич
Соучастники теракта в «Крокусе» готовились взорвать развлекательный комплекс в Каспийске
Симоньян предложила использовать здание дипмиссии Франции в Москве с пользой
Музыкальные новости
Он не любил, когда наполовину: каким был Владимир Высоцкий
Джастин Бибер показал фото с вечеринки по случаю выхода нового альбома и развеял слухи о разводе с женой
Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.
Дирижер оркестра «Глобалис» признался в желании побеседовать с Паганини
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Возобновлены прямые рейсы из Москвы в Пхеньян
Семь воздушных судов 28 июля прилетают во Владивосток вне расписания
Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти
AI Певица. Создание AI Певицы. AI Певец. AI Артист.
Лето в самом разгаре: смоленский филиал «Россети Центр» проводит занятия по электробезопасности в детских лагерях
Meta* нашла себе главного научного сотрудника нового подразделения ИИ
Вучич рассказал о предложении Си Цзиньпина на встрече в Москве
В Кот-д'Ивуаре в результате аварии с участием автобуса и самосвала погибли 16 человек.
НПС построит два велопешеходных моста через Москву-реку
Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»
Канал, о котором мечтали несколько веков...
Путин в День ВМФ прибыл на территорию Главного Адмиралтейства в Санкт-Петербурге
Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.
СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.
«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Подозреваемый в деле бывшего руководителя вакцинного производства подписал контракт с Министерством обороны.
Ночные перекусы в отпуске: доктор Садыков о том, как они влияют на микрофлору и вес
Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным
Экс-директору института вакцин Маковскому смягчили приговор по делу о взятке
Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем
Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи
Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы
Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС
"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался
В САРАТОВЕ ПРОДОЛЖАЕТСЯ МАСШТАБНАЯ ВСЕРОССИЙСКАЯ ВЕДОМСТВЕННАЯ АКЦИЯ «КАНИКУЛЫ С РОСГВАРДИЕЙ»
Росгвардейцы обеспечили безопасность футбольных матчей в Москве
Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту
«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.
Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником
Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве
Зачем Минприроды Свердловской области планирует организовать полигон отходов на участке, где идёт поиск питьевой воды?
В Феодосии ликвидировали пожар на площади
Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян
РИА: глава Минприроды Козлов летит первым авиарейсом Москва - Пхеньян
Новый роман, скандалы и поддержка оппозиции: что сейчас с Сашей Бортич
Рогов ночевал на вокзале из-за безденежья: «Это было отвратительно, унизительно»
Симоньян предложила использовать здание дипмиссии Франции в Москве с пользой
Соучастники теракта в «Крокусе» готовились взорвать развлекательный комплекс в Каспийске
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей
К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству
Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки
Прогноз погоды в Крыму на 27 июля
Велосипедисты со всей России покорили трассы Gran Fondo Russia в Дубне
Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года
Проезд перекрыли из-за обрушения моста в Хабаровском крае
Первый самолет из Москвы успешно приземлился в Пхеньяне.