Добавить новость
smi24.net
News in English
Февраль
2024

Supporting data for "Pangenome databases improve host removal and mycobacteria classification from clinical metagenomic data"

0
Culture-free real-time sequencing of clinical metagenomic samples promises both rapid pathogen detection and antimicrobial resistance profiling. However, this approach introduces the risk of patient DNA leakage. To mitigate this risk, we need near-comprehensive removal of human DNA sequences at the point of sequencing, typically involving the use of resource-constrained devices. Existing benchmarks have largely focused on the use of standardised databases and largely ignored the computational requirements of depletion pipelines as well as the impact of human genome diversity.
We benchmarked host removal pipelines on simulated and artificial real Illumina and Nanopore metagenomic samples. We found that construction of a custom kraken database containing diverse human genomes results in the best balance of accuracy and computational resource usage. In addition, we benchmarked pipelines using kraken and minimap2 for taxonomic classification of Mycobacterium reads using standard and custom databases. With a database representative of the Mycobacterium genus, both tools obtained improved specificity and sensitivity, compared to the standard databases for classification of Mycobacterium tuberculosis. Computational efficiency of these custom databases was superior to most standard approaches, allowing them to be executed on a laptop device.
Customised pangenome databases provide the best balance of accuracy and computational efficiency when compared to standard databases for the task of human read removal and M. tuberculosis read classification from metagenomic samples. Such databases allow for execution on a laptop, without sacrificing accuracy; an especially important consideration in low-resource settings. We make all customised databases and pipelines freely available.







Дети играют, родители отдыхают

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

«Ужас, который я пережила, никому не пожелаю!»  Алёна Блин взяла в заложники ловца в новой серии «Погони» на ТНТ


Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years


В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

Летним утром туманы душистые

Возбуждено первое в России уголовное дело о дропперстве


Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes



«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"


Подросток расстрелял из травмата охранника железнодорожной станции в Москве

Музей Победы подготовил масштабную программу выходного дня

Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»

В Ярославской области прошел финал турнира по шахматам на Кубок губернатора


Главные новости дня, 26 июля 2025 года

Дзюба побил рекорд Лоськова по «гол+пас»

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

«Балтика» разгромила «Спартак» в Москве: два удаления и ледяной душ для красно-белых


Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати

Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.

Теннисистка Калинская после победы в США дала послематчевое интервью с собакой

Рахимова обыграла Шарму и вышла в основную сетку турнира WTA в Монреале


«Балтика» разгромила «Спартак» в Москве: два удаления и ледяной душ для красно-белых

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

капучины крестоносцы

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


Музыкальные новости

Пугачева в Юрмале надела все лучшее сразу — стилист поиздевался

Большинство эпизодов с ним Высоцкий снимался спиной к камере и подсказывал текст роли другу.

Sky News: умерший Осборн с 2019 года страдал от травмы позвоночника

Ильназ Бах представил песню, посвященную памяти своего отца


Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками


Патрушев: НАТО хочет военным путём нарушить целостность РФ

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры


Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами

В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.

В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей


Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск

«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



"Осторожен за свое здоровье": Станкович высказался о усталости после игры с "Балтикой".

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса

Ликсутов: в Москве увеличивают объем выпуска и ассортимент продуктов для здорового питания

Клиника гнатологии в Москве


Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"

Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира


Как Москва готовилось к «Олимпиаде-80»

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде



Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником

Собянин: Строительство детского сада в Очаково-Матвеевском завершится в 2026

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском


Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.

В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.


Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Дзюба побил рекорд Лоськова по «гол+пас»

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

«Балтика» разгромила «Спартак» в Москве: два удаления и ледяной душ для красно-белых


В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P


Прогноз погоды в Крыму на 26 июля

Прогноз погоды в Крыму на субботу

В Севастополе спасли двух охотниц за селфи на Кадыковском карьере

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству


Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

Рита Дакота заявила, что ей «запретили» петь в России

Неадекватный мужчина в нижнем белье вышел на дорогу на северо-западе Москвы

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *