Добавить новость
smi24.net
News in English
Февраль
2024

Supporting data for "Pangenome databases improve host removal and mycobacteria classification from clinical metagenomic data"

0
Culture-free real-time sequencing of clinical metagenomic samples promises both rapid pathogen detection and antimicrobial resistance profiling. However, this approach introduces the risk of patient DNA leakage. To mitigate this risk, we need near-comprehensive removal of human DNA sequences at the point of sequencing, typically involving the use of resource-constrained devices. Existing benchmarks have largely focused on the use of standardised databases and largely ignored the computational requirements of depletion pipelines as well as the impact of human genome diversity.
We benchmarked host removal pipelines on simulated and artificial real Illumina and Nanopore metagenomic samples. We found that construction of a custom kraken database containing diverse human genomes results in the best balance of accuracy and computational resource usage. In addition, we benchmarked pipelines using kraken and minimap2 for taxonomic classification of Mycobacterium reads using standard and custom databases. With a database representative of the Mycobacterium genus, both tools obtained improved specificity and sensitivity, compared to the standard databases for classification of Mycobacterium tuberculosis. Computational efficiency of these custom databases was superior to most standard approaches, allowing them to be executed on a laptop device.
Customised pangenome databases provide the best balance of accuracy and computational efficiency when compared to standard databases for the task of human read removal and M. tuberculosis read classification from metagenomic samples. Such databases allow for execution on a laptop, without sacrificing accuracy; an especially important consideration in low-resource settings. We make all customised databases and pipelines freely available.







Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»

В сервисном локомотивном депо «Югра» успешно реорганизован цех по ремонту автотормозного и пневматического оборудования по системе 5S

Стало известно, сколько потратил Лепс на отдых с молодой женой

История одной семьи: результаты конкурса и победители


OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global

The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending


Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.

В МГУ создали ИИ-алгоритм для поиска скрытых форм молекул

Axenix выводит бизнес-аналитику на новый уровень с ИИ-ассистентами в платформе In.Plan

Пьяный курянин избил супругу и чуть не задушил её штанами из-за ревности


'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'



Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


В регионах Центральной России продолжается ведомственная акция «Каникулы с Росгвардией»

Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ

Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году

Врач Конрахин посоветовал взять в аэропорт коврик и подушку


Лицемерная политика многовекторности. "Улыбается всем": Эрдоган в обход Москвы готов дружить с Баку

В Подмосковье отметили вклад сотрудников спецподразделения Росгвардии в патриотическое воспитание молодёжи

Ведущие девелоперы и проектировщики обсудят «дорожные вопросы» в Москве

«Автостат»: Импорт новых легковушек в Россию рухнул на 63 процента


Александр Бублик получил хорошую новость от ATP после завоевания титула

Новак Джокович проводит 900-ю неделю в топ-10 рейтинга ATP

Бублик завоевал шестой в карьере титул на уровне ATP

Теннисистка Мур высказалась о проблемах в антидопинговой системе.


Бесплатный курс и бесплатное обучение дизайну с личным наставником. Веб дизайн, UX дизайн, графический дизайн, дизайн для маркетплейсов

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Невролог Махинов рассказал, как замедлить развитие болезни Альцгеймера

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»


Музыкальные новости

Аранжировка Песен. Аранжировка Музыки. Создание Аранжировок.

Семейная Зарница 2025

Саксофонист Бутман предложил написать джазовый гимн Петербурга

В Петербурге требуют заблокировать сайты, продающие липовые билеты в Мариинку


Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


В регионах Центральной России продолжается ведомственная акция «Каникулы с Росгвардией»

«Роскосмос» показал непогоду над Москвой

Путин поздравил российских школьников с победой на математической олимпиаде

Минниханов в Челнах поблагодарил патриарха Кирилла за участие в духовной жизни Татарстана


25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой

Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы

Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Движение на участке Филевской линии метро остановили из-за ливней


Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.

Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.

Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.

Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой




После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы

«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью


«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи

Пока вы не уснули: открытая поддержка Алиевым Киева и «подзатыльник» Зеленскому от Трампа


Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»


Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов

Юрист Трампа Коул рассказал, как пил водку с Лукашенко в Минске

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»


Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин

Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте


Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

Собянин рассказал, как Москва заботится о природе при строительстве метро

Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году


«Автостат»: Импорт новых легковушек в Россию рухнул на 63 процента

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование

Утром будет сюрприз: в ГАИ объяснили, почему с 23 июля нельзя ставить машину во дворе дома

Путин назвал Ирину Подносову профессионалом высочайшего класса


Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники

Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска

В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома


В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность

Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов


Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»

Утром будет сюрприз: в ГАИ объяснили, почему с 23 июля нельзя ставить машину во дворе дома

В Подмосковье отметили вклад сотрудников спецподразделения Росгвардии в патриотическое воспитание молодёжи

Ливень в Москве стал одним из сильнейших на планете по обилию осадков за сутки














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *