Добавить новость
smi24.net
News in English
Февраль
2024

Supporting data for "Pangenome databases improve host removal and mycobacteria classification from clinical metagenomic data"

0
Culture-free real-time sequencing of clinical metagenomic samples promises both rapid pathogen detection and antimicrobial resistance profiling. However, this approach introduces the risk of patient DNA leakage. To mitigate this risk, we need near-comprehensive removal of human DNA sequences at the point of sequencing, typically involving the use of resource-constrained devices. Existing benchmarks have largely focused on the use of standardised databases and largely ignored the computational requirements of depletion pipelines as well as the impact of human genome diversity.
We benchmarked host removal pipelines on simulated and artificial real Illumina and Nanopore metagenomic samples. We found that construction of a custom kraken database containing diverse human genomes results in the best balance of accuracy and computational resource usage. In addition, we benchmarked pipelines using kraken and minimap2 for taxonomic classification of Mycobacterium reads using standard and custom databases. With a database representative of the Mycobacterium genus, both tools obtained improved specificity and sensitivity, compared to the standard databases for classification of Mycobacterium tuberculosis. Computational efficiency of these custom databases was superior to most standard approaches, allowing them to be executed on a laptop device.
Customised pangenome databases provide the best balance of accuracy and computational efficiency when compared to standard databases for the task of human read removal and M. tuberculosis read classification from metagenomic samples. Such databases allow for execution on a laptop, without sacrificing accuracy; an especially important consideration in low-resource settings. We make all customised databases and pipelines freely available.







По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Рэпер Баста открыл свой ресторан в Marins Park Hotel Екатеринбург

VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта


Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur


«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Axenix и RightStep стали партнерами в области комплексной цифровизации промышленных предприятий


'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game



В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал


Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей

Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом


Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым

Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео

«Леопарду» по усам: Турция представила новейший основной боевой танк

Обрушившийся потолок забаррикадировал четыре квартиры на востоке Москвы


Новак Джокович проводит 900-ю неделю в топ-10 рейтинга ATP

Алекс де Минор вышел в 1/8 финала турнира ATP-500 в Вашингтоне

Теннисист Медведев: когда я играю хорошо, могу победить любого

Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.


Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности

«Леопарду» по усам: Турция представила новейший основной боевой танк


Музыкальные новости

Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса

Любовь Толкалина: «Ушла от Кончаловского к самому лучшему человеку на Земле — Борису Гребенщикову»

Рэпер Баста открыл свой ресторан в Marins Park Hotel Екатеринбург

Баста и Шура снимаются в сериале «Вирус попсы»


Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

По итогам первого полугодия 2025 года предприятия «ЛокоТех-Сервис» отремонтировали более 1 тыс. секций локомотивов сверх плана и повысили качество сервисного обслуживания

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России


ЦСКА подписал контракт с нападающим Спронгом, выступавшим в НХЛ

Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ

Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД


В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.

"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры


Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве



Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России


Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию


Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом

Сергей Собянин. Главное за день

Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике


Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения

Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России


26-27 июля поезда МЦД-2 в ЮВАО будут ходить с большими интервалами

Блогер Сатир о судах с «Орлом и решкой» из-за Ивлеевой и романе с Кищук

Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский


Прогноз погоды в Крыму на 25 июля

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры


Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео

Блогер Сатир о судах с «Орлом и решкой» из-за Ивлеевой и романе с Кищук

Обрушившийся потолок забаррикадировал четыре квартиры на востоке Москвы

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *