Добавить новость
smi24.net
News in English
Март
2024

Supporting data for "Streamlining remote nanopore data access with slow5curl"

0
As adoption of nanopore sequencing technology continues to advance, the need to maintain large volumes of raw current signal data for reanalysis with updated algorithms is a growing challenge. Here we introduce slow5curl, a software package designed to streamline nanopore data sharing, accessibility and reanalysis. Slow5curl allows a user to fetch a specified read or group of reads from a raw nanopore dataset stored on a remote server, such as a public data repository, without downloading the entire file. Slow5curl uses an index to quickly fetch specific reads from a large dataset in SLOW5/BLOW5 format and highly parallelised data access requests to maximise download speeds. Using all public nanopore data from the Human Pangenome Reference Consortium (>22 TB), we demonstrate how Slow5curl can be used to quickly fetch and reanalyse raw signal reads corresponding to a set of target genes from each individual in large cohort dataset (n = 91), minimising the time, egress costs, and local storage requirements for their reanalysis. We provide Slow5curl as a free, open-source package that will reduce frictions in data sharing for the nanopore community.







Московские ученые нашли способ ранней диагностики рака с точностью до 95%

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

5 необычных прыжков с парашютом, от которых захватывает дух

«Это лучшее, что я видела за последнее время». «Тату» вернулись и уже дают концерты. Почему за ними следит вся страна?


Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years

Madeline Brewer Marries Jack Thompson-Roylance in England!

Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault


НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

стела Освободителям Ростова

Первый маршрут теплохода-ресторана открылся из Петербурга в Кронштадт

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры


Первый трейлер Battlefield 6

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok



Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

Подросток расстрелял из травмата охранника железнодорожной станции в Москве

Музей Победы подготовил масштабную программу выходного дня


Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

Рита Дакота заявила, что ей «запретили» петь в России

Дело возбудили против водителя грузовика после ДТП с погибшими под Москвой

Ветераны СВО поделились впечатлениями об «Абилимпиксе» в Казани


Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе

Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати

Рыбакина стала полуфиналисткой турнира в Вашингтоне

Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне


Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Китай и Индия поддержали идею Лаврова о возрождении РИК в преддверии саммита ШОС

Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде


Музыкальные новости

"Это разбило мне сердце": Рита Дакота объявила о завершении концертной деятельности в России

Большинство эпизодов с ним Высоцкий снимался спиной к камере и подсказывал текст роли другу.

Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.

Ресторан рэпера Басты откроют в Красноярске


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

Мигель жестко прошелся по Zivert после успеха ее шоу в Москве: «Идите вы все!»

В «Спартаке» подтвердили интерес к футболисту махачкалинского «Динамо» Пальцеву


В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей

В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.

Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами


«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»

Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса

"Осторожен за свое здоровье": Станкович высказался о усталости после игры с "Балтикой".

Максим Ликсутов: Тренд на здоровье: московские ...

Ликсутов: в Москве увеличивают объем выпуска и ассортимент продуктов для здорового питания


Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"

Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира


«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде



Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником

Сергей Собянин. Главное за день


В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.

В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.


Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

Когда россияне снова смогут покупать дома и машины

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде


В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


Прогноз погоды в Крыму на 26 июля

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

Прогноз погоды в Крыму на субботу

В Севастополе спасли двух охотниц за селфи на Кадыковском карьере


Китай и Индия поддержали идею Лаврова о возрождении РИК в преддверии саммита ШОС

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Когда россияне снова смогут покупать дома и машины

Рита Дакота заявила, что ей «запретили» петь в России














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *