Добавить новость
smi24.net
News in English
Март
2024

Supporting data for "Streamlining remote nanopore data access with slow5curl"

0
As adoption of nanopore sequencing technology continues to advance, the need to maintain large volumes of raw current signal data for reanalysis with updated algorithms is a growing challenge. Here we introduce slow5curl, a software package designed to streamline nanopore data sharing, accessibility and reanalysis. Slow5curl allows a user to fetch a specified read or group of reads from a raw nanopore dataset stored on a remote server, such as a public data repository, without downloading the entire file. Slow5curl uses an index to quickly fetch specific reads from a large dataset in SLOW5/BLOW5 format and highly parallelised data access requests to maximise download speeds. Using all public nanopore data from the Human Pangenome Reference Consortium (>22 TB), we demonstrate how Slow5curl can be used to quickly fetch and reanalyse raw signal reads corresponding to a set of target genes from each individual in large cohort dataset (n = 91), minimising the time, egress costs, and local storage requirements for their reanalysis. We provide Slow5curl as a free, open-source package that will reduce frictions in data sharing for the nanopore community.







Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."

La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur


Летний Петербург. Сад--трасформер на Московской площади.

В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей

Axenix и RightStep стали партнерами в области комплексной цифровизации промышленных предприятий

В Фатеже два человека пострадали в ДТП


The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country



В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии


Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой

Дом с аркой отремонтируют в Отрадном

Участник ЛизаАлерт из Бурятии помог спасти мужчину в лесу подмосковья

Прогноз погоды на сегодня, 25 июля


Медведев обыграл У Ибина и вышел в 1/4 финала турнира в Вашингтоне

Болбой раздавил спасенного теннисисткой Cаккари жука на турнире WTA-500 в США

«Следующая остановка — Монреаль!» Потапова полетела в Канаду для участия в «тысячнике»

Медведев сравнил матчи с Опелкой в Нидерландах и США


Дом с аркой отремонтируют в Отрадном

ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых


Музыкальные новости

«Стал таким, каким должен быть мужчина в 45»: Баста об ошибках молодости

Полина Гагарина открыла официальную часть VK Fest в Москве

Алексей Учитель снимает фильм о композиторе Дмитрии Шостаковиче

Даже Пугачева оценила: Олег Меньшиков показал, как отдыхает в Италии


В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest

Ростовский-на-Дону ЭРЗ ввёл в эксплуатацию новый прошивной станок

«Спартак» - «Балтика»: прогноз + статистика встреч

«Плюнули в лицо сотням тысяч молдаван»: как Санду готовит тотальный захват власти в Молдове


В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники

Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы


"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая



Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много

"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах


Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.


Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом

Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике

Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова


Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин

Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России


Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея

Члены семьи Евгения Гинера могли потерять более 1 млрд в финансовой пирамиде

«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой

ВДНХ приглашает волонтёров для помощи посетителям выставки


В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Прогноз погоды в Крыму на 25 июля


«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой

Трагедия для всей России: наша любимая актриса из "Служебного романа" скончалась на 82-м году жизни

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *