CoVar: A generalizable machine learning approach to identify the coordinated regulators driving variational gene expression
by Satyaki Roy, Shehzad Z. Sheikh, Terrence S. Furey
Network inference is used to model transcriptional, signaling, and metabolic interactions among genes, proteins, and metabolites that identify biological pathways influencing disease pathogenesis. Advances in machine learning (ML)-based inference models exhibit the predictive capabilities of capturing latent patterns in genomic data. Such models are emerging as an alternative to the statistical models identifying causative factors driving complex diseases. We present CoVar, an ML-based framework that builds upon the properties of existing inference models, to find the central genes driving perturbed gene expression across biological states. Unlike differentially expressed genes (DEGs) that capture changes in individual gene expression across conditions, CoVar focuses on identifying
variational genes that undergo changes in their expression network interaction profiles, providing insights into changes in the regulatory dynamics, such as in disease pathogenesis. Subsequently, it finds
core genes from among the nearest neighbors of these variational genes, which are central to the variational activity and influence the coordinated regulatory processes underlying the observed changes in gene expression. Through the analysis of simulated as well as yeast expression data perturbed by the deletion of the mitochondrial genome, we show that CoVar captures the intrinsic variationality and modularity in the expression data, identifying key driver genes not found through existing differential analysis methodologies.
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Paul Oakenfold возвращается в Россию: легенда электронной музыки даст концерты в Москве и Петербурге спустя 7 лет
Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом
Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России
Летний Петербург. Сад--трасформер на Московской площади.
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Врач Щетинина: натуральные соки могут навредить здоровью пожилых
История СССР в объективе легендарного Дмитрия Бальтерманца
В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки
Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов
В МЧС предупредили москвичей о жаре +30 градусов 25 июля
Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»
Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея
Алекс де Минор вышел в 1/8 финала турнира ATP-500 в Вашингтоне
Теннисист Медведев: когда я играю хорошо, могу победить любого
Россиянин Сидоренко выиграл соревнования по настольному теннису на Универсиаде‑2025
Елена Рыбакина вызвала восхищение на старте турнира в Вашингтоне. Видео
В МЧС предупредили москвичей о жаре +30 градусов 25 июля
Премьер Австралии reaffirmed commitment to the establishment of two states.
Омбудсмен обращается к МВД с просьбой расследовать бывшего члена совета директоров "Альфа-банка"
Польша радуется новым запасам нефти и газа, но есть одна важная проблема.
Музыкальные новости
Кабинет Артиста. Яндекс кабинет артиста.
«Много врагов»: Юрий Антонов объяснил ситуацию с блокировкой счетов
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Евродепутат высказался о срыве концерта Гергиева в Италии.
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Локомотивное депо "Белогорск" повышает эффективность мойки деталей локомотивов
ЦСКА подписал контракт с нападающим Спронгом, выступавшим в НХЛ
Бастрыкин поставил на контроль дело об избиении мужчиной ребенка в Подмосковье
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"
У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
Омбудсмен обращается к МВД с просьбой расследовать бывшего члена совета директоров "Альфа-банка"
Οфициaльнο: Ποcлeдний aвиaнοceц Ροccии xοтят οтпpaвить нa мeтaллοлοм
Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ
Премьер Австралии reaffirmed commitment to the establishment of two states.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
ТАСС: суд арестовал счета основателя «Русагро» Мошковича почти на 3 млрд рублей
Математика Савватеева возмутило заявление о "лишних" учителях
Автоэксперт Олег Мосеев: автопарк России на 71,3% состоит из машин старше 10 лет
Сотрудники Волоколамского ОВО – филиала ФГКУ «УВО ВНГ России по Московской области» приняли участие в памятных мероприятиях, посвященных Дню ветерана боевых действий.