CoVar: A generalizable machine learning approach to identify the coordinated regulators driving variational gene expression
by Satyaki Roy, Shehzad Z. Sheikh, Terrence S. Furey
Network inference is used to model transcriptional, signaling, and metabolic interactions among genes, proteins, and metabolites that identify biological pathways influencing disease pathogenesis. Advances in machine learning (ML)-based inference models exhibit the predictive capabilities of capturing latent patterns in genomic data. Such models are emerging as an alternative to the statistical models identifying causative factors driving complex diseases. We present CoVar, an ML-based framework that builds upon the properties of existing inference models, to find the central genes driving perturbed gene expression across biological states. Unlike differentially expressed genes (DEGs) that capture changes in individual gene expression across conditions, CoVar focuses on identifying
variational genes that undergo changes in their expression network interaction profiles, providing insights into changes in the regulatory dynamics, such as in disease pathogenesis. Subsequently, it finds
core genes from among the nearest neighbors of these variational genes, which are central to the variational activity and influence the coordinated regulatory processes underlying the observed changes in gene expression. Through the analysis of simulated as well as yeast expression data perturbed by the deletion of the mitochondrial genome, we show that CoVar captures the intrinsic variationality and modularity in the expression data, identifying key driver genes not found through existing differential analysis methodologies.
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло посетят Казань в новой трэвел-игре «Кто куда» на ТНТ
Аделина Панина: как силой мысли заставить человека написать или позвонить
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
Зеленая миссия примет участие в международном экоакселераторе
OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development
The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global
The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending
Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations
Новая модель Hyundai Elantra уже доступна в России: какие изменения произошли
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
Какие зарплаты нужны для получения льготного автокредита в 2025 году
Интересные каналы в Telegram. Лучшие каналы в Telegram.
Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Двоих задержанных сотрудников Telegram-канала Baza отпустили из столичного СК
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Ярко вспыхнула и быстро погасла: судьба певицы Марины Журавлевой
После избиения подростками несовершеннолетнего в Балашихе завели уголовное дело
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова
Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"
Буассон завоевала свой первый титул в WTA
Кудерметова: раньше думала, что Сафина из Казани, её с Маратом все связывают с Татарстаном
Соболенко сохраняет первое место в чемпионской гонке WTA.
Рублев прокомментировал вылет с турнира в Лос-Кабосе
Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"
Где лето? МЧС предупредило москвичей об ухудшении погоды
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
Москва отменяется: героиня шоу «Мама в 16» дала еще один шанс отцу своего ребенка и возвращается в Симферополь
Музыкальные новости
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения
Фестиваль Ruskeala Symphony завершился увертюрой Чайковского и фейерверком
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Аудиосказки про Турбозавров теперь на Яндекс Музыке!
«Компромиссная цифра»: на сколько ЦБ РФ может снизить ключевую ставку 25 июля
Новые Mitsubishi ASX в России теперь предлагают от 2,25 млн рублей
Температура морской воды на крымских пляжах, 20 июля
Юбилейный 10-й VK Fest проходит в Москве
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.
Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.
Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш
Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году
В центре Киева митингуют против реформ Зеленского
«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
KENGURU GAMES в Звенигороде звенели на всю страну
Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных
Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»
Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин
Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин
Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Я слышу голоса: «Т-Технологии» опубликовали ИИ-модель, умеющую троллить мошенников
Неваляшки, танцы и футбол: фестиваль «Сады и цветы» продолжает изумлять
Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"
В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции
Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно
В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность
Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов
Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"
Я слышу голоса: «Т-Технологии» опубликовали ИИ-модель, умеющую троллить мошенников
Депутат Нилов предложил разрешить мотоциклистам движение по выделенной полосе
Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе