Добавить новость
smi24.net
News in English
Апрель
2024

Bayesian approach to assessing population differences in genetic risk of disease with application to prostate cancer

0

by Iain R. Timmins, The PRACTICAL Consortium , Frank Dudbridge

Population differences in risk of disease are common, but the potential genetic basis for these differences is not well understood. A standard approach is to compare genetic risk across populations by testing for mean differences in polygenic scores, but existing studies that use this approach do not account for statistical noise in effect estimates (i.e., the GWAS betas) that arise due to the finite sample size of GWAS training data. Here, we show using Bayesian polygenic score methods that the level of uncertainty in estimates of genetic risk differences across populations is highly dependent on the GWAS training sample size, the polygenicity (number of causal variants), and genetic distance (FST) between the populations considered. We derive a Wald test for formally assessing the difference in genetic risk across populations, which we show to have calibrated type 1 error rates under a simplified assumption that all SNPs are independent, which we achieve in practise using linkage disequilibrium (LD) pruning. We further provide closed-form expressions for assessing the uncertainty in estimates of relative genetic risk across populations under the special case of an infinitesimal genetic architecture. We suggest that for many complex traits and diseases, particularly those with more polygenic architectures, current GWAS sample sizes are insufficient to detect moderate differences in genetic risk across populations, though more substantial differences in relative genetic risk (relative risk > 1.5) can be detected. We show that conventional approaches that do not account for sampling error from the training sample, such as using a simple t-test, have very high type 1 error rates. When applying our approach to prostate cancer, we demonstrate a higher genetic risk in African Ancestry men, with lower risk in men of European followed by East Asian ancestry.







Paul Oakenfold возвращается в Россию: легенда электронной музыки даст концерты в Москве и Петербурге спустя 7 лет

Арбуз, кукуруза и холодные напитки: диетолог Садыков назвал продукты, которые портят ваш сон летом

Состоялось открытие фотовыставки «Особенная красота»

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал


Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur

Félix Auger-Aliassime

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo


Первый маршрут теплохода-ресторана открылся из Петербурга в Кронштадт

В Курской области завершается ремонт трассы "Короча-Губкин-Горшечное-Курск-Борисоглебск"

Отдых в отеле, джип и частный дом: какие взятки мог получить экс-губернатор Тамбовской области

В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки


'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'



Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал


В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Врач Галлямова: сухие шампуни могут навредить коже головы

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД


Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка

«Спартак» и «Балтика» забьют друг другу. «Спартак» — «Балтика»: прогноз и ставка

Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


Медведев пробился в четвертьфинал турнира в Вашингтоне

Александр Бублик получил хорошую новость от ATP после завоевания титула

Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне

Елена Рыбакина вызвала восхищение на старте турнира в Вашингтоне. Видео


Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»

«Спартак» и «Балтика» забьют друг другу. «Спартак» — «Балтика»: прогноз и ставка

Математика Савватеева возмутило заявление о "лишних" учителях

Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном


Музыкальные новости

Фестиваль Ruskeala Symphony завершился увертюрой Чайковского и фейерверком

В сквере Цоя на Зверинской сделали граффити с Оззи Осборном

Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине

Рэпер Баста открыл свой ресторан в Marins Park Hotel Екатеринбург


В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России


Модель Анастасия Решетова перенесла вирус с осложнениями

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

"Зенит" заключил соглашение с американским защитником Рэндольфом


Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы

В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

В Подмосковье на видео попало, как школьник на питбайке разбился в жестком ДТП


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Путин отметил успех российских школьников на олимпиаде по физике.

Сигналы становятся всё громче. Переговоры - только ширма. Главное решится не в Стамбуле

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем


Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса

В Алтайском крае распространяется новый штамм коронавируса

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая



Компания КИТ МЕД представляет революционный аппарат SONOQUEEN — первую в мире анатомическую HIFU-технологию для anti-age терапии в России

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая


Мединский дал неожиданный ответ на предложение Киева о встрече Путина и Зеленского 

Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


"Зенит" заключил соглашение с американским защитником Рэндольфом

"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах


Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве

Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.


Собянин поддержал проведение конкурса «Лучший книжный магазин Москвы»

Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом


Московские студенты начали исследовать влияние климатических изменений на сток рек Ямала

Детеныш краснокнижной боливийской обезьяны появился на свет в Московском зоопарке

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин


Сотрудники органов принудительного исполнения обеспечивают безопасность судебных процессов

Группа Аквилон передала государству первые квартиры

Гарбузов: виртуальный лифт КМЗ станет экспонатом выставки «Та самая Москва»

«Спартак» и «Балтика» забьют друг другу. «Спартак» — «Балтика»: прогноз и ставка


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки


Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма

Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно

Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму


«Спартак» и «Балтика» забьют друг другу. «Спартак» — «Балтика»: прогноз и ставка

Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности

Гарбузов: виртуальный лифт КМЗ станет экспонатом выставки «Та самая Москва»














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *