Добавить новость
smi24.net
News in English
Апрель
2024

Bayesian approach to assessing population differences in genetic risk of disease with application to prostate cancer

0

by Iain R. Timmins, The PRACTICAL Consortium , Frank Dudbridge

Population differences in risk of disease are common, but the potential genetic basis for these differences is not well understood. A standard approach is to compare genetic risk across populations by testing for mean differences in polygenic scores, but existing studies that use this approach do not account for statistical noise in effect estimates (i.e., the GWAS betas) that arise due to the finite sample size of GWAS training data. Here, we show using Bayesian polygenic score methods that the level of uncertainty in estimates of genetic risk differences across populations is highly dependent on the GWAS training sample size, the polygenicity (number of causal variants), and genetic distance (FST) between the populations considered. We derive a Wald test for formally assessing the difference in genetic risk across populations, which we show to have calibrated type 1 error rates under a simplified assumption that all SNPs are independent, which we achieve in practise using linkage disequilibrium (LD) pruning. We further provide closed-form expressions for assessing the uncertainty in estimates of relative genetic risk across populations under the special case of an infinitesimal genetic architecture. We suggest that for many complex traits and diseases, particularly those with more polygenic architectures, current GWAS sample sizes are insufficient to detect moderate differences in genetic risk across populations, though more substantial differences in relative genetic risk (relative risk > 1.5) can be detected. We show that conventional approaches that do not account for sampling error from the training sample, such as using a simple t-test, have very high type 1 error rates. When applying our approach to prostate cancer, we demonstrate a higher genetic risk in African Ancestry men, with lower risk in men of European followed by East Asian ancestry.







На банкет – в Fish Point Family Resort

Дети играют, родители отдыхают

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Гордости Angsana Velavaru


La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years


Дивеево ..

Axenix и RightStep стали партнерами в области комплексной цифровизации промышленных предприятий

В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека

Компания MONT расширила ИБ-портфель отечественной системой exploitDog


Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'



«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива


Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Reuters: Россия скоро ужесточит экспорт бензина

Директор по коммуникациям ЦСКА: «Верде в ближайшее время должен вылететь в Москву для прохождения медосмотра»

Никто не пришел на похороны Егоровой, которая 21 год встречалась с Мироновым

«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой


Елена Рыбакина вызвала восхищение на старте турнира в Вашингтоне. Видео

Болбой раздавил спасенного теннисисткой Cаккари жука на турнире WTA-500 в США

Винус Уильямс — самая возрастная победительница матча WTA с 2004 года

Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе


Мужская позиция. SEO спец с ДЦП ищет работу, чтобы обеспечить семью

Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео

Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ

Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов


Музыкальные новости

Продюсер рассказал, почему заменил Shaman в опере «Князь Владимир»

VK Fest Санкт-Петербург: Детская сцена от PICCOLO и Radio Kids FM вновь покорила сердца юных зрителей!

Менеджер Артиста. Менеджер по работе с артистами.

На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей


Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива


Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса

РОСГВАРДИЯ ОБЕСПЕЧИЛА ПРАВОПОРЯДОК НА ФУТБОЛЬНОМ МАТЧЕ РПЛ В ГРОЗНОМ

Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса

Квалификационные испытания на право ношения знака отличия полицейского спецназа Росгвардии завершились в Подмосковье (видео)


Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники


В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"

Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры


Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая



Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много

"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах


Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве


Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике

Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова

Сергей Собянин. Главное за день

Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова


Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения

Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России

6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин


«Был пар и вибрация»: пассажиры жаловались на состояние Ан-24 перед катастрофой

Метеорологи объяснили, когда дожди отступят окончательно и стоит ли ждать солнца - новый прогноз

Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ

Жизнь в стиле хлебо-rock. Музыкант с необычными пристрастиями дает алтайскому селу лепешек и зрелищ


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома


Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры


Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов

Мужская позиция. SEO спец с ДЦП ищет работу, чтобы обеспечить семью

Погода продолжит преподносить неприятные сюрпризы: синоптики обновили прогноз на август-2025

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *