Bayesian approach to assessing population differences in genetic risk of disease with application to prostate cancer
by Iain R. Timmins, The PRACTICAL Consortium , Frank Dudbridge
Population differences in risk of disease are common, but the potential genetic basis for these differences is not well understood. A standard approach is to compare genetic risk across populations by testing for mean differences in polygenic scores, but existing studies that use this approach do not account for statistical noise in effect estimates (i.e., the GWAS betas) that arise due to the finite sample size of GWAS training data. Here, we show using Bayesian polygenic score methods that the level of uncertainty in estimates of genetic risk differences across populations is highly dependent on the GWAS training sample size, the polygenicity (number of causal variants), and genetic distance
(FST) between the populations considered. We derive a Wald test for formally assessing the difference in genetic risk across populations, which we show to have calibrated type 1 error rates under a simplified assumption that all SNPs are independent, which we achieve in practise using linkage disequilibrium (LD) pruning. We further provide closed-form expressions for assessing the uncertainty in estimates of relative genetic risk across populations under the special case of an infinitesimal genetic architecture. We suggest that for many complex traits and diseases, particularly those with more polygenic architectures, current GWAS sample sizes are insufficient to detect moderate differences in genetic risk across populations, though more substantial differences in relative genetic risk (relative risk > 1.5) can be detected. We show that conventional approaches that do not account for sampling error from the training sample, such as using a simple
t-test, have very high type 1 error rates. When applying our approach to prostate cancer, we demonstrate a higher genetic risk in African Ancestry men, with lower risk in men of European followed by East Asian ancestry.
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло посетят Казань в новой трэвел-игре «Кто куда» на ТНТ
Лео Канделаки и Анжелика Стубайло сыграют в новую трэвел-игру «Кто куда» на ТНТ
Проазербайджанский агент Сергей Марков в оккупированном Шуши восхищается Алиевым, пока тот унижает Россию: намечается новый «иноагент»?
«А у кого нет проблем?»: Филипп Киркоров заговорил про здоровье после полученного ожога
The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global
The Best Story Of Chicago Bulls’ Offseason Just Got A Happy Ending
Why Juventus spent 111m this summer for only one new player
OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development
Roblox запускает AI-проверку возраста: шаг к безопасности или угроза приватности?
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России
Это провал? Как прошёл старт продаж новой Лады Искры в России
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Bungie promises to fix Destiny 2's new metroid-style morph ball as it makes players sick and glitches out on ultrawide monitors
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM
Ярко вспыхнула и быстро погасла: судьба певицы Марины Журавлевой
Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»
Юная шахматистка из Калмыкии вошла в пятерку лучших на международном турнире «Moscow Open»
Синоптик Тишковец: Пик ливней пройден в столичном регионе
МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода
Александр Бублик получил хорошую новость от ATP после завоевания титула
Бублик стал победителем турнира в Гштаде.
Рублев прокомментировал вылет с турнира в Лос-Кабосе
Кудерметова: раньше думала, что Сафина из Казани, её с Маратом все связывают с Татарстаном
Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL
Москва отменяется: героиня шоу «Мама в 16» дала еще один шанс отцу своего ребенка и возвращается в Симферополь
МегаФон увеличил площадь покрытия на 17,4% за полгода
Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»
Музыкальные новости
Баста помог парню сделать предложение девушке на концерте в Екатеринбурге
Отреставрировать стену Цоя на Арбате к сроку не успели, закончат в ближайшие дни
Клипмейкер. Лучший Клипмейкер. Клипмейкер в Москве.
Собчак прокомментировала смерть Оззи Осборна
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Студия Лебедева запустила образовательный проект, в котором заказчики сами создают свой дизайн
Аранжировка Песен. Аранжировка Музыки. Создание Аранжировок.
В Шереметьево, Внуково, Домодедово и Жуковском отменили ограничения на полеты
"Выездные мастер-классы" Межвузовского Чемпионата КВН Санкт-Петербурга
Аэропорт Барнаула сообщил о значительных задержках московских рейсов
Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными
Рискнул на 100 тысяч рублей: инженер из Смоленска купил более 1,7 тысячи лотерейных билетов и выиграл автомобиль от «Национальной Лотереи» и РОЛЬФ на VK Fest
25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой
Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня
Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.
Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.
Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной
Путин выразил соболезнования семье председателя Верховного суда Подносовой
Уже не крепкий орешек: как Брюс Уиллис живет с неизлечимой болезнью
Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году
Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы
После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование
«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи
В центре Киева митингуют против реформ Зеленского
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»
Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби
В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта
Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»
Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных
Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов
Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин
Собянин рассказал, как город заботится о природе при строительстве метро
Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте
Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году
Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис
Россияне рассказали, по каким критериям выбирают квартиру для покупки в 2025 году
Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов
Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»
Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году
Я слышу голоса: «Т-Технологии» опубликовали ИИ-модель, умеющую троллить мошенников
Москва отменяется: героиня шоу «Мама в 16» дала еще один шанс отцу своего ребенка и возвращается в Симферополь
Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"
Республика Алтай вошла в десятку регионов России по развитию ипотеки
Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно
Поезда "Таврия" по-прежнему задерживаются из-за ЧП в Ростовской области
Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов
Депутат Нилов предложил разрешить мотоциклистам движение по выделенной полосе
Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова
Под Тамбовом пройдёт фестиваль авторской песни "Там, под Лысой Горой"
Врач Мескина рассказала о группах риска по заражению бактерией Vibrio на курорте