Добавить новость
smi24.net
News in English
Апрель
2024

Bayesian approach to assessing population differences in genetic risk of disease with application to prostate cancer

0

by Iain R. Timmins, The PRACTICAL Consortium , Frank Dudbridge

Population differences in risk of disease are common, but the potential genetic basis for these differences is not well understood. A standard approach is to compare genetic risk across populations by testing for mean differences in polygenic scores, but existing studies that use this approach do not account for statistical noise in effect estimates (i.e., the GWAS betas) that arise due to the finite sample size of GWAS training data. Here, we show using Bayesian polygenic score methods that the level of uncertainty in estimates of genetic risk differences across populations is highly dependent on the GWAS training sample size, the polygenicity (number of causal variants), and genetic distance (FST) between the populations considered. We derive a Wald test for formally assessing the difference in genetic risk across populations, which we show to have calibrated type 1 error rates under a simplified assumption that all SNPs are independent, which we achieve in practise using linkage disequilibrium (LD) pruning. We further provide closed-form expressions for assessing the uncertainty in estimates of relative genetic risk across populations under the special case of an infinitesimal genetic architecture. We suggest that for many complex traits and diseases, particularly those with more polygenic architectures, current GWAS sample sizes are insufficient to detect moderate differences in genetic risk across populations, though more substantial differences in relative genetic risk (relative risk > 1.5) can be detected. We show that conventional approaches that do not account for sampling error from the training sample, such as using a simple t-test, have very high type 1 error rates. When applying our approach to prostate cancer, we demonstrate a higher genetic risk in African Ancestry men, with lower risk in men of European followed by East Asian ancestry.







На банкет – в Fish Point Family Resort

Нагорный Карабах - сторона конфликта в переговорном процессе в рамках Минской группы ОБСЕ. ВИДЕО

Мичков внесен в Книгу знаменитых людей Кунгура, сообщил директор кунгурского музея: «Никаких его трофеев в музее пока нет, к сожалению»

Московские ученые нашли способ ранней диагностики рака с точностью до 95%


Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Madeline Brewer Marries Jack Thompson-Roylance in England!

Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years


Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

Первый маршрут теплохода-ресторана открылся из Петербурга в Кронштадт

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка


Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Первый трейлер Battlefield 6

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes



Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"


"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

«Динамо» победило «Ростов» в первом матче под руководством Карпина

В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры

Главные новости дня, 26 июля 2025 года


Гаджиев: Баку ждет от Москвы признания ответственности за крушение самолета AZAL

Футбольный клуб «Ростов» уступил «Динамо» в матче со счетом 1:0

Новые дома, спорткомплекс и гостиницу возведут в Зябликове по программе КРТ

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


Александр Бублик выиграл 2-й подряд турнир ATP

Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе

Теннисист Медведев: когда я играю хорошо, могу победить любого

Соболенко — об Уимблдоне-2025: это ужасно, когда твоя жизнь зависит от результата


Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

Когда россияне снова смогут покупать дома и машины

Баку ждёт, что Москва возьмёт на себя ответственность за крушение самолёта в Казахстане

Музей Победы подготовил масштабную программу выходного дня


Музыкальные новости

Симона Юнусова честно высказалась о популярности своего сына Тимати

В сквере Цоя на Зверинской сделали граффити с Оззи Осборном

Концерт «Шуман. Шуберт. Шопен» покажут на портале мэра Москвы вечером 23 июля

Распродавал дома оставил миллионный долг — что достанется родственникам Оззи Осборна и почему он избавлялся от недвижимости в США


Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Уникальная возможность пройти эстетические процедуры с большими скидками

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге


Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Невозможное возможно: две подопечные фонда «Жизнь в Движении» с ограниченными возможностями покорят вершину Эльбруса


В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

На Московской столкнулись электровелосипед и легковушка

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.

Подмосковные власти ужесточили контроль за платными дорогами


«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»

Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



Клиника гнатологии в Москве

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса

Максим Ликсутов: Тренд на здоровье: московские ...

"Осторожен за свое здоровье": Станкович высказался о усталости после игры с "Балтикой".


Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира

Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского

Киев — часть России. Официально: О чём забыли Зеленский и Алиев, сговорившись о "деоккупации"


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде



Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником

Собянин: Строительство детского сада в Очаково-Матвеевском завершится в 2026


Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

В стране, любимой российскими туристами, срочно установили новые правила.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.


Музей Победы подготовил масштабную программу выходного дня

Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

Прикольные поздравления с Днем торговли звучат 27 июля 2025 года

В Оричевском районе проходит традиционный фестиваль «Истобенский огурец»


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

В Севастополе спасли двух охотниц за селфи на Кадыковском карьере

Прогноз погоды в Крыму на субботу

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму


Тело мужчины извлекли из-под завалов дома в Саратове после взрыва газа

Тренер "Динамо" Карпин рассказал, как обыграл "Ростов" в матче второго тура РПЛ

Новые дома, спорткомплекс и гостиницу возведут в Зябликове по программе КРТ

Футбольный клуб «Ростов» уступил «Динамо» в матче со счетом 1:0














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *