Добавить новость
smi24.net
News in English
Апрель
2024

Bayesian approach to assessing population differences in genetic risk of disease with application to prostate cancer

0

by Iain R. Timmins, The PRACTICAL Consortium , Frank Dudbridge

Population differences in risk of disease are common, but the potential genetic basis for these differences is not well understood. A standard approach is to compare genetic risk across populations by testing for mean differences in polygenic scores, but existing studies that use this approach do not account for statistical noise in effect estimates (i.e., the GWAS betas) that arise due to the finite sample size of GWAS training data. Here, we show using Bayesian polygenic score methods that the level of uncertainty in estimates of genetic risk differences across populations is highly dependent on the GWAS training sample size, the polygenicity (number of causal variants), and genetic distance (FST) between the populations considered. We derive a Wald test for formally assessing the difference in genetic risk across populations, which we show to have calibrated type 1 error rates under a simplified assumption that all SNPs are independent, which we achieve in practise using linkage disequilibrium (LD) pruning. We further provide closed-form expressions for assessing the uncertainty in estimates of relative genetic risk across populations under the special case of an infinitesimal genetic architecture. We suggest that for many complex traits and diseases, particularly those with more polygenic architectures, current GWAS sample sizes are insufficient to detect moderate differences in genetic risk across populations, though more substantial differences in relative genetic risk (relative risk > 1.5) can be detected. We show that conventional approaches that do not account for sampling error from the training sample, such as using a simple t-test, have very high type 1 error rates. When applying our approach to prostate cancer, we demonstrate a higher genetic risk in African Ancestry men, with lower risk in men of European followed by East Asian ancestry.







В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Московские ученые нашли способ ранней диагностики рака с точностью до 95%

В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона

118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов


Stanford dropout Sam Altman says college is ‘not working great’ for most people—and predicts major change in the next 18 years

Madeline Brewer Marries Jack Thompson-Roylance in England!

Juventus and Roma weigh up McKennie & Cristante swap

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault


Российское юр. лицо Microsoft подало заявление о банкротстве

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя


Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Первый трейлер Battlefield 6

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country



Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

"НАТО следит за Россией: как медиа рассказывают о воздушной разведке"


В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры

Неадекватный мужчина в нижнем белье вышел на дорогу на северо-западе Москвы

Елена Игоревна Вселенная — писатель, публицист, автор масштабного многотомного проекта «Наследие России»

Ана Каспарян поднимает вопросы Геноцида армян, этнических чисток в Арцахе и роли Израиля в конфликте — в откровенном интервью с Такером Карлсоном. ВИДЕО


да хрен ли им я должен чтоли

Беспилотники ВСУ атаковали 11 регионов России в ночь на 27 июля

В сети появился альтернативный план благоустройства Крылатских холмов

Пассажиры поезда Москва-Адлер пожаловались на нерабочие кондиционеры в жару


Александр Бублик посвятил супруге победу на турнире ATP-250 в Кицбюэле

«Краснодар» — «Локо», UFC и матч Калинской: что посмотреть сегодня

Болбой раздавил спасенного теннисисткой Cаккари жука на турнире WTA-500 в США

Чемпион Универсиады по настольному теннису Сидоренко будет выступать за японский клуб


Виды алопеции и как ее лечить: от паники к плану действий

В сети появился альтернативный план благоустройства Крылатских холмов

чу не человек чтли

Беспилотники ВСУ атаковали 11 регионов России в ночь на 27 июля


Музыкальные новости

Специалист по летучим мышам Слейтер: Осборн тренировался, чтобы откусить голову животному

Дирижер оркестра «Глобалис» признался в желании побеседовать с Паганини

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

Концерт Валерия Гергиева предложили провести в Вероне


«Спартак» разгромно проиграл «Балтике» после двух удалений

Московская область выиграла первый командный чемпионат России по гольфу

Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде


Росгвардия и МЧС провели совместное учение в Москве (видео)

Бывший боец UFC бразилец Баррозу в Мелитополе попросил гражданство России

В мэрии назвали условия присвоения Элджею звания почётного жителя

Сергей Собянин. Главное за день


В центре Москвы крупная авария парализовала движение автомобилей

На Московской столкнулись электровелосипед и легковушка

В Подмосковье в аварии погибли два водителя и ребенок.

"КАМАЗ" одержал выездную победу над "Волгой" в матче Первой лиги.


«Личная боль Путина, а им всё равно»: Военный не сдержался после выходки в Москве. Капитан тремя словами подписал себе «приговор»

Почтовая карточка в честь основателя авиации внутренних войск


Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса



Клиника гнатологии в Москве

Выбрать клинику гнатологии в Москве

Выбор клиники гнатологии в Москве

Профессор Баранова рассказала, кому опасен новый штамм коронавируса


Почему Израилю можно ВСЁ: Аннексия Палестины и молчание мира

Турция заявила о договоренности по возможной встрече Путина и Зеленского


Ni Mash: пловец из Москвы умер во время заплыва на Волге в Нижнем Новгороде

Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

"Локомотив" победил действующего чемпиона РПЛ

Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде



Собянин: Москвичи победили на Международной олимпиаде по биологии в Филиппинах

Сергей Собянин поздравил работников торговли с профессиональным праздником

Собянин рассказал, каким будет новый детский сад в Очаково-Матвеевском

Сергей Собянин. Главное за день


В Крыму потушен лесной пожар на территории три гектара.

Греция обратилась к Евросоюзу с просьбой предоставить шесть самолетов для борьбы с лесными пожарами.

"Зеленая партия" в Тюрингии все чаще дистанцируется от политической активности.

Катар предупредил Европу о возможности прекращения поставок газа.


В сети появился альтернативный план благоустройства Крылатских холмов

Пассажиры поезда Москва-Адлер пожаловались на нерабочие кондиционеры в жару

А.С. ПУШКИН, В.В. ПУТИН, Д.А. МЕДВЕДЕВ; ДА, СДЕРЖИВАНИЕ НАТО ОБОСНОВАННО В ЦЕЛЯХ ВСЕОБЩЕЙ БЕЗОПАСНОСТИ. СЕНСАЦИЯ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

Виды алопеции и как ее лечить: от паники к плану действий


70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P


"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Как пережить аномальную жару в Крыму без вреда для здоровья: пять правил

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

Прогноз погоды в Крыму на 26 июля


Пловец из Москвы умер во время соревнований в Нижнем Новгороде

чу не человек чтли

Сотрудники МЧС спасли мужчину, застрявшего в диване в Татарстане

Пассажиры поезда Москва-Адлер пожаловались на нерабочие кондиционеры в жару














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *