Добавить новость
smi24.net
News in English
Май
2024

Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data

0

by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning

Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).







Любовь в сердце и в «Тропикана Парк»

Звезды тогда и сейчас: как выглядят самые красивые женщины Голливуда

Проазербайджанский агент Сергей Марков в оккупированном Шуши восхищается Алиевым, пока тот унижает Россию: намечается новый «иноагент»?

В РФ разработали систему голосового скрининга для диагностики болезни Паркинсона


The founder of Deliciously Ella started a blog when suffering from severe chronic pain. Now, her multimillion-dollar snack empire is going global

Tourism is increasing over prepandemic levels, overwhelming popular destinations

Why Juventus spent 111m this summer for only one new player

OpenAI warns that its new ChatGPT Agent has the ability to aid dangerous bioweapon development


Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

The sun of the North

В Курске потушили пожар в квартире на проспекте Дериглазова

Снижены цены на самый дорогой кроссовер Chery в России


Настройки GameHub и Winlator для игры в Prey (2017) на Android

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game



Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова


Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной

История одной семьи: результаты конкурса и победители

Как быстро систематизировать бизнес: инструменты и сервис ABR PRO

Хаски на Summer Sound – выиграй билеты на Like FM


Бесплатный курс и бесплатное обучение дизайну с личным наставником. Веб дизайн, UX дизайн, графический дизайн, дизайн для маркетплейсов

Операция «Ликвидация»: аналитики F6 помогли заблокировать инфраструктуру киберпреступной группы NyashTeam

Москвич восемь лет ищет любовь с первого взгляда: это судьба или мания

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике


Румынская теннисистка Бегу выиграла турнир в Яссах.

«Саша забрал корону». ATP отреагировал на триумф Александра Бублика

Теннисистка Мур высказалась о проблемах в антидопинговой системе.

Буассон завоевала свой первый титул в WTA


Операция «Ликвидация»: аналитики F6 помогли заблокировать инфраструктуру киберпреступной группы NyashTeam

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике

Мария Шувалова. В столице Татарстана чествовали балетную диву за блистательную «Анюту»

Парк Юрия Лужкова 19 июля стал площадкой фестиваля The BOWL


Музыкальные новости

Семейная Зарница 2025

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Алексей Парамонов о скандале: отмена концерта Валерия Гергиева в Италии

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game


Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби

Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

Летняя школа Русского дома приняла детей из Карабаха

Молодежь Подмосковья приглашают принять участие в конкурсе к 295-летию русского полководца Александра Суворова


Инсайдер Карпов: "Спартак" предложил "Динамо" Мх за Пальцева 250 млн рублей

Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Появилось видео тест-драйва патриарха Кирилла на "КАМАЗе" в Набережных Челнах

Врач Поляков: Киркоров рискует сойти с ума из-за препарата для похудения


Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Москвичей предупредили о задержках наземного транспорта из-за ливня

25 июля пилотажная группа "Звезда" пролетит над пробками на шоссе под Москвой

Сильный ливень заблокировал людей в авто в центре Москвы


Путин отметил успехи российских школьников на математической олимпиаде.

Путин отметил победу синхрониста Мальцева на чемпионате мира в Сингапуре.

Министр юстиции поделился информацией о роли адвокатов в специальной военной операции.

Нам есть чем гордиться: каким будет Национальный центр «Россия» на Краснопресненской набережной




«Я на инвалидном кресле, он на «Тесле»: что случилось с блогером Мариш Мариш

Офтальмолог Кирилл Светлаков: секреты здоровых глаз для тех, кто носит контактные линзы

Собянин: создание 5 центров женского здоровья завершат в этом году

После вспышки инфекции на теплоходе «Леонид Красин» начали расследование


В центре Киева митингуют против реформ Зеленского

«СТРАНА.ua»: Зеленский раскритиковал ЕС за непредоставление обещанной помощи


Движение к победе: в России стартует премия «Мы верим твердо в героев спорта»

В Москве впервые пройдет фестиваль экстремальных видов спорта

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»

Кайрат Бермуканов поддержал Петра Яна перед боем в Абу‑Даби


Посланник Трампа рассказал, как «неформально» договаривался с Лукашенко: после нескольких тостов Минск освободил политзаключенных

Лукашенко призвал белорусских нефтяников «не раскачиваться, а бурить и бурить»

Куда Лукашенко хочет пристроить лишних дипломатов


Собянин: Модернизация двух корпусов ГКБ имени Вересаева завершится в этом году

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве — Сергей Собянин

Собянин: Продолжаем внедрять новый стандарт заботы о женском здоровье в одном месте

Более 800 спортивных площадок обновят и обустроят в Москве - Сергей Собянин


Зарядки для электромобилей «Энергия Москвы» станут платными

Экономист оценил экологический и финансовый ущерб от пластиковых пакетов

Фестиваль «Сады и цветы»: как Москву превращают в городской оазис

Уже 59 орловчан решили побороться за просветительскую награду «Знание. Премия»


Брянские спортсмены победили на Чемпионате России по сверхлегкой авиации

Бесплатный курс и бесплатное обучение дизайну с личным наставником. Веб дизайн, UX дизайн, графический дизайн, дизайн для маркетплейсов

В Можайске благоустроили территорию Кремля

Акция «Каникулы с Росгвардией» продолжается в Чеченской Республике


В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Девочка упала при посадке на теплоход в порту Архангельска

В Башкирии ревнивец ранил жену шампуром и сдался полиции

Центр подготовки личного состава Северо-Западного округа Росгвардии пополнили призывники


В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Поезда в Крым и из Крыма следуют с задержками до пяти часов

Актуальная информация о задержке поездов в Крым и обратно

В Симферополе наградили юных крымчан за отвагу и решительность


Мебель, которой доверяют профессионалы — в "Аверсе"

«Желание посеять панику»: в Варшаве призвали поляков покинуть Россию

Главный редактор канала «Baza» и его коллега задержаны в рамках уголовного дела

Что такое риза Христа и где она лежит в Москве?














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *