Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data
by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning
Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта
В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива
«Это лучшее, что я видела за последнее время». «Тату» вернулись и уже дают концерты. Почему за ними следит вся страна?
Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch
Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."
Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur
La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Продукты линейки СУБД ЛИНТЕР совместимы с ОС «АльтерОС»
Специалисты Нацпроектстроя надвигают путепровод СБВ над путями МЦД-2
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'
Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country
Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'
The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
ДельтаЛизинг продолжает раскрывать секреты успеха российских предпринимателей
Время в деталях. Как антиквары Барнаула сохраняют историю
Шаляпин успокоил дочь Бони Анджелину после ее конфликта с мамой
Работа над качеством: цифровой аудитор внедрен на горячей линии московских судов
МЧС предупредило москвичей о жаре до +30℃
Камбоджа и Таиланд столкнулись в 12 приграничных зонах.
Солнечная погода и до 29 градусов тепла ожидаются в Москве 25 июля
Бастрыкин поделился информацией о регистрации уклонистов от военной службы.
Теннисистка Саккари спасла жука во время матча на турнире в США
Винус Уильямс — самая возрастная победительница матча WTA с 2004 года
Винус Уильямс получила wild card на турнир категории WTA 1000 в Цинциннати
Мирра Андреева из России удерживает пятую позицию в рейтинге WTA.
В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург
Михаил Ефремов разъехался с женой на фоне новостей о разводе
В Ярославской области регистрировалось три групповых очага кори
Синоптик Тишковец: череда тропических ливней в Москве завершена
Музыкальные новости
На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей
Баста, Слава и Шура снимутся в новом документальном сериале «Вирус попсы»
Продюсер рассказал, почему заменил Shaman в опере «Князь Владимир»
Кажетта Ахметжанова: 5 камней для усиления женской энергии
«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России
Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве
В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Квалификационные испытания на право ношения знака отличия полицейского спецназа Росгвардии завершились в Подмосковье (видео)
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
«Единая Россия» заключила договор с Российским экспортным центром
На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено
В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)
В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники
Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД
В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве
Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса
Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это
Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек
Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире
"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"
«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России
Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много
Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах
Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию
Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне
Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве
Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.
Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом
Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова
Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова
Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике
6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин
Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.
Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения
Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей
Синоптик Тишковец: череда тропических ливней в Москве завершена
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
Первая победа «Динамо» в сезоне? «Динамо» — «Ростов»: прогноз и ставка
Рекордный массовый женский нетворкинг: событие от «Мир Бизнес Мам»
В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.
В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P
Прогноз погоды в Крыму на 25 июля
Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры
В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями
Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма
Компания «Титан-СМ» переходит на маркировку «Честный знак»
Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего
В Краснодарском крае останавливаются 12 поездов.
"Ультиматум Трампа: потенциальные последствия для Путина"