Добавить новость
smi24.net
News in English
Май
2024

Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data

0

by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning

Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).







В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

Баскова, Киркорова и Лазарева погнали с экранов: попались на непотребщине

Состоялось открытие фотовыставки «Особенная красота»

Дети играют, родители отдыхают


La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."


Продукты линейки СУБД ЛИНТЕР совместимы с ОС «АльтерОС»

НПС построит новые съезды с Северо-Восточной хорды

В Московской области задержан томский предприниматель, укравший 8,5 млн рублей

Отдых в отеле, джип и частный дом: какие взятки мог получить экс-губернатор Тамбовской области


The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'

Краткая биографическая справка о центральных персонажах Mafia: The Old Country



«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России


Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

Вредоносный код в Firefox: атака на цепочку поставок через NPM-пакеты

Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


МЧС предупредило москвичей о жаре до +30℃

Участник ЛизаАлерт из Бурятии помог спасти мужчину в лесу подмосковья

Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


Медведев сравнил матчи с Опелкой в Нидерландах и США

Фриц пробился в четвертьфинал турнира в Вашингтоне.

Медведев победил У Ибина и вышел в четвертьфинал турнира ATP в Вашингтоне

Теннисистка Саккари спасла жука во время матча на турнире в США


Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом

Время в деталях. Как антиквары Барнаула сохраняют историю

Шаляпин успокоил дочь Бони Анджелину после ее конфликта с мамой

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


Музыкальные новости

Рэпер Баста открыл свой ресторан в Marins Park Hotel Екатеринбург

Баста и Шура снимаются в сериале «Вирус попсы»

Баста трогательно поздравил жену с днём рождения: «Вечная любовь»

Девушка Рая отреагировала на использование ее лица во время выступления Элджея


В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Технологии будущего: MGIMO Ventures объявляет старт четвертого сезона акселерационной программы

«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России


Алгоритмы Яндекс Музыки. Алгоритмы продвижения в Яндекс Музыка.

Будь собой, а не "звездой": "Europarty" от White Queen

«Плюнули в лицо сотням тысяч молдаван»: как Санду готовит тотальный захват власти в Молдове

Губернатор Архангельской области доложил Путину о поддержке новых территорий.


Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

В Москве росгвардейцы оказали помощь пострадавшей в ДТП мотоциклистке (видео)

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено


У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры

В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.


Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая

Штамм коронавируса "стратус" захватил 22% всех вирусных заболеваний в Москве

Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса



Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

Пластический хирург Софья Абдулаева: подтяжка груди нитями - эффективно ли это

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего


Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.

Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве


Сергей Собянин. Главное за день

Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова

Сергей Собянин осмотрел Дом-музей Федора Конюхова

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом


В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России

Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения

Исследование выявило снижение инвестиций в экологически чистую энергетику США.

Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей


Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности

Кара небесная: людей какого типа молния поражает смертельным ударом

Шаляпин успокоил дочь Бони Анджелину после ее конфликта с мамой


В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.


Прогноз погоды в Крыму на 25 июля

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма


Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ

Синоптик Тишковец: череда тропических ливней в Москве завершена

МЧС предупредило москвичей о жаре до +30℃

Участник ЛизаАлерт из Бурятии помог спасти мужчину в лесу подмосковья














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *