Добавить новость
smi24.net
News in English
Май
2024

Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data

0

by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning

Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).







VZLET.MEDIA: 25 лет успешного SEO-продвижения в эпоху искусственного интеллекта

Почему новостройки на Северном Кипре — это лучшее решение для жизни и инвестиций

118 лет назад, 25 июля 1907 года, Ставропольская психиатрическая больница приняла первых 47 пациентов

Дети играют, родители отдыхают


Las 'Guerreras del Agua' se dan un baño de bronce en el Mundial de Singapur

La UFC anuncia un mes de octubre mayúsculo

Brit Who Fought Usyk Calls For Daniel Dubois To ‘Leave The Sport’ After Staying Down In Rematch

Adil Rami carga contra Lamine: "No puedo ni verlo, que le den..."


Отдых в отеле, джип и частный дом: какие взятки мог получить экс-губернатор Тамбовской области

В лобовом столкновении кроссовера и грузовика погибли два человека

Возбуждено первое в России уголовное дело о дропперстве

В Челябинске арестован председатель правления банка "Снежинский"


Microsoft warns of 'active attacks' on its government and business server tech, with one cybersecurity expert claiming that they should 'assume that you have been compromised'

Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes

The dairy industry would like Gen Z to drink more milk, so they made a Fortnite diner tycoon game

'I destroyed months of your work in seconds' says AI coding tool after deleting a devs entire database during a code freeze: 'I panicked instead of thinking'



Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


В студии Детского радио прошла церемония гашения почтовой марки

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

Бодрость духа, грация и пластика: памяти Владимира Высоцкого

Оркестр полиции Республики Сербской впервые выступит на фестивале «Спасская башня» в Москве


Сотрудники органов принудительного исполнения обеспечивают безопасность судебных процессов

Ученый Толстых объяснил, что московские ливни вызваны мощным атлантическим циклоном

В Самарской области за полгода открыто 410 вакансий для сисадминов, что на 22% меньше, чем годом ранее

В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург


Россиянин Сидоренко выиграл соревнования по настольному теннису на Универсиаде‑2025

Медведев обыграл У Ибина и вышел в 1/4 финала турнира в Вашингтоне

Винус Уильямс: Если Серена вернется, она даст вам знать

Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.


Οфициaльнο: Ποcлeдний aвиaнοceц Ροccии xοтят οтпpaвить нa мeтaллοлοм

Больше 20 поездов задерживаются из-за падения обломков БПЛА на юге России (Обновлено!)

В Правительстве прошщло совещание по реализации проекта строительства ВСМ Москва – Санкт-Петербург

Игровые терминалы в ТЦ: союз ради будущего


Музыкальные новости

Певец Стас Пьеха признался, что задумался о прожитой жизни из-за ухода Осборна

Владимир Высоцкий в виде цифрового аватара «выступит» в Москве

На концерт классической музыки «Мне дорог Бах…» приглашают псковичей

Врач Шуров: Оззи Осборн мог умереть от паркинсонизма


«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

В депо «Чита» будет установлен первый цифровой весоизмерительный комплекс системы подачи песка под колесные пары локомотива

В Третьяковке на Кадашевской набережной открылся концертный зал

«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России


В Москве завершился сбор с руководителями финансово-экономических подразделений Центрального округа Росгвардии

Okko и ТНТ выпустят драмеди про трёх сестёр «Хай, систерс»

Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.

Адвокат Грачева заявила, что Седокову хотят привлечь к уголовной ответственности


Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

Водитель Audi сбил трех пешеходов, переходивших дорогу на западе Москвы

На МКАД в Москве произошло массовое ДТП, движение затруднено

В столичном главке Росгвардии проведён смотр спецтехники


Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

У Путина есть роскошный подарок для Китая: США схватились за голову, узнав о нем

Соболезнования в связи с авиакатастрофой в Амурской области выразили зарубежные лидеры

В сентябре Путину будет представлена обновленная программа строительства кораблей для ВМФ.


Депздрав Москвы оценил ситуацию с распространением нового штамма коронавируса

Депздрав Москвы: новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Депздрав: новый штамм коронавируса «стратус» фиксируют в Москве с мая



Фитнес-марафоны на паузе: суд продлил домашний арест блогеру Лерчек

Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

Новый штамм коронавируса "стратус" фиксируют в Москве с мая

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.


Британский журналист: Зеленский - мелкий жулик и крыса, которому «недолго осталось» в этом мире


«Каникулы с Росгвардией» проходят в регионах Центральной России

Пять земельных участков для размещения НКО доступны на городских торгах

Две трети россиян считают, что спортсмены зарабатывают слишком много

"Монсон о спортсменах, которые меняют гражданство в сложный период для России"


Лукашенко посоветовал не злить его и не допускать падежа в животноводстве

Лукашенко поделился мнением о самой идеальной профессии.

Лукашенко заявил, что в Белоруссии «на всякий случай» готовятся к войне

Лукашенко с иронией отнесся к санкциям, запрещающим ему въезд в Эстонию


Сергей Собянин поздравил москвича — победителя международной олимпиады по физике

Собянин: Около 10 тыс. москвичей начали переселение по реновации этим летом

Сергей Собянин. Главное за день

Мэр Москвы: Улучшим транспортную доступность Южного и Северного Бутова


6 лет вместе. В Москве пройдет выставка, посвященная пандам Жуи и Диндин

В центре внимания: CorpSoft24 вошел в рейтинг крупнейших ИТ-компаний России

Москвичи теперь должны платить за зарядку своих электромобилей

Бурмистров: лисы могут появляться на улицах Москвы в период расселения


Как мы в Fix Price автоматизировали создание рекламных видео

Несколько автомобилей столкнулись на внешней стороне 92-го км МКАД

Οфициaльнο: Ποcлeдний aвиaнοceц Ροccии xοтят οтпpaвить нa мeтaллοлοм

Еще одно здание ГБУ «Жилищник» появится во Внукове


В Нарьян-Маре из-за холодов возобновили подачу отопления в дома

В Архангельске началось обучение бойцов СВО, сообщил Цыбульский.

Настольный термотрансферный принтер штрих-кодов iDPRT iE4P

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский


В Симферополе на базе «Клинического госпиталя для ветеранов войн» функционирует гериатрический центр для пожилых людей с возрастными нарушениями

Россияне выбирают Крым для отдыха с детьми – названы города-лидеры

"Россия дала мне возможность быть счастливым": Джефф Монсон в Крыму

Лавандовое поле горит в Симферопольском районе Крыма


Движeниe нa Зaпοpοжьe: pοccийcκиe вοйcκa ɜaшли в Ϲтeпнοгοpcκ

Сразу до +35 градусов: синоптики рассказали, когда снова вернется жара. Ждать осталось недолго

Обломки сбитых дронов повредили контактную сеть на станциях в двух регионах РФ

Сотрудники органов принудительного исполнения обеспечивают безопасность судебных процессов














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *