Добавить новость
smi24.net
News in English
Май
2024

Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data

0

by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning

Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).







5 необычных прыжков с парашютом, от которых захватывает дух

Жена Дмитрия Диброва Полина опубликовала первое фото с похудевшим на 20 кг мужем

Сеть клиник «Будь Здоров» открыла первый травмпункт сети на базе клиники на Сретенке

Модель Анастасия Решетова перенесла вирус с осложнениями


Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat

UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault

The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’

Weah’s agent: One Juventus director ‘is creating problems’


«Деловые Линии» сократили сроки авиаперевозок по более чем 4400 направлений по России

Маяк Анива, скала Сивучья, Сахалин

Utrace запускает услугу по валидации IT-систем для фармацевтического рынка

Летний внчер в Кимже...


Quarantine Zone creator reveals 3 reasons the zombie sim went viral on TikTok

Первый трейлер Battlefield 6

Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля

«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet



Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве


Пловец из Москвы погиб во время заплыва на Волге

Фитнес-эксперт Каневский: нехватка терпения может привести к неудаче в похудении

Мужчина умер в поезде, его тело оставили на скамейке до утра

Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года


Воздушный коллапс: челябинцы не могут летать в Москву и обратно

"Аэрофлот" отменил 42 рейса из-за сбоя

Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года

Третий класс пожарной опасности спрогнозировали в лесах Подмосковья до 30 июля


Соболенко — об Уимблдоне-2025: это ужасно, когда твоя жизнь зависит от результата

Калинская поднялась на 17 позиций в обновленном рейтинге WTA

Россиянин Сидоренко выиграл золото Универсиады в настольном теннисе

Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне


Воздушный коллапс: челябинцы не могут летать в Москву и обратно

Продажи билетов из Москвы в Пхеньян стартовали 18 июля, цены начинались от 44,7 тыс. рублей.

Вогнали в нирвану: рок-группы выступили на фестивале "Наши в городе" в Москве

Третий класс пожарной опасности спрогнозировали в лесах Подмосковья до 30 июля


Музыкальные новости

Цискаридзе-Николаев откроет сезон МХТ. Какие еще премьеры обещают театры?

Менеджер Песни. Менеджер Релиза Песни. Менеджер вышедшей песни.

ФОТО ⟩ Певица Таня Михайлова сохраняет оптимизм, несмотря на трудности: в жизни бывают и взлеты, и падения

Келли Осборн вспомнила один из трогательных моментов с Оззи Осборном


Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

Семь воздушных судов 28 июля прилетают во Владивосток вне расписания

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?


Цена ОСАГО оказалась выше средней по стране в 16 регионах России

Тройка от «Балтики»: разгром «Спартака» и лидерство «Локомотива»

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

«Бавария» забирает Диаса, защитник «Спартака» уезжает в Португалию. Трансферы и слухи дня


Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»

В Кот-д'Ивуаре в результате аварии с участием автобуса и самосвала погибли 16 человек.

Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?

На МКАД авария затруднила движение авто


«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»

СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.

«Внезапно»: Запад встревожен новым указом Путина

Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.


Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.



Интерьеры медицинских учреждений заимствуют офисные тренды

Вспомнить прошлое. Врач Романов объяснил появление метастазов через годы

Ночные перекусы в отпуске: доктор Садыков о том, как они влияют на микрофлору и вес

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб


Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем

Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС

Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи

Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы


Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался

Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб

Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту


Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.

«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ

Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ


Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура

Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником


Почему технологии ПВВК безопасны и эффективны, химия и экология воды по мнению Алексея Горшкова

В Феодосии ликвидировали пожар на площади

Александр Михайлов (GSOC): «Безопасность IT-экосистемы — это зона нулевого доверия к подрядчикам»

Самолёт совершил первый прямой авиарейс из Москвы в Пхеньян


В Кузбассе проходят торжества в честь празднования Крещения Руси

Новый роман, скандалы и поддержка оппозиции: что сейчас с Сашей Бортич

Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года

Синоптики предупреждают: в Москве воздух прогреется до +30


В музее-заповеднике «Архангельское» пройдут «Jazzовые сезоны»

70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский

Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.

В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей


В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки

К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству

Прогноз погоды в Крыму на 27 июля

Сколько пассажиров прибывают в Крым летом на поездах ежедневно


Третий класс пожарной опасности спрогнозировали в лесах Подмосковья до 30 июля

Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве

Синоптики предупреждают: в Москве воздух прогреется до +30

Что известно о задержках рейсов в аэропортах РФ 28 июля 2025 года














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *