Simultaneous estimation of genotype error and uncalled deletion rates in whole genome sequence data
by Nobuaki Masaki, Sharon R. Browning, Brian L. Browning
Genotype data include errors that may influence conclusions reached by downstream statistical analyses. Previous studies have estimated genotype error rates from discrepancies in human pedigree data, such as Mendelian inconsistent genotypes or apparent phase violations. However, uncalled deletions, which generally have not been accounted for in these studies, can lead to biased error rate estimates. In this study, we propose a genotype error model that considers both genotype errors and uncalled deletions when calculating the likelihood of the observed genotypes in parent-offspring trios. Using simulations, we show that when there are uncalled deletions, our model produces genotype error rate estimates that are less biased than estimates from a model that does not account for these deletions. We applied our model to SNVs in 77 sequenced White British parent-offspring trios in the UK Biobank. We use the Akaike information criterion to show that our model fits the data better than a model that does not account for uncalled deletions. We estimate the genotype error rate at SNVs with minor allele frequency > 0.001 in these data to be 3.2×10−4(90%CI:[2.8×10−4,6.2×10−4]). We estimate that 77% of the genotype errors at these markers are attributable to uncalled deletions (90%CI:[73%,88%]).
Сеть клиник «Будь Здоров» открыла первый травмпункт сети на базе клиники на Сретенке
5 необычных прыжков с парашютом, от которых захватывает дух
Обложка песни. Обложки альбомов песен. Сделать обложку для песни.
В Ярославле прошёл Слёт молодёжи Северного филиала компании «ЛокоТех-Сервис»
The Great Indian Kapil Show: Raghav Chadha reveals telling Parineeti Chopra to manifest he will never become the PM; says ‘Yeh jo bolti hai wo ulta hota hai’
UFC Abu Dhabi live blog: Shara Bullet vs. Marc-Andre Barriault
Chat log from R20 of 2025: Richmond vs Collingwood
Kolo Muani: Juventus prepare new offer but face Man United and Chelsea threat
Новинки Satechi на российском рынке
Как хакеры обманывают авиацию сегодня
Анекдоты недели и украденное лето
«Если бы у Наруто и AC Shadows был ребёнок»: Разбор англоязычной версии Where Winds Meet
Ninja Party можно предзаказать в мобильных маркетах с релизом в конце июля
Brütal Legend is free in honor of Ozzy Osbourne, but only for 666 minutes
Первый трейлер Battlefield 6
Дорога любви: Жасмин представляет романтичный клип на песню «Ты и я»
Один год в двадцатилетней истории Marins Москва Пражская
Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.
Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти
Рэпер Джиган подарил 14-летней дочери Ариеле сумку за 233 тысячи рублей
Эксперт Водяной объяснил, почему важно обновлять свои данные
Пловец из Москвы скончался во время заплыва по Волге в Нижнем Новгороде
Сбежавший в Дубай блогер Subo обвинён в уходе от налогов и отмывании денег на 50 млн рублей: В России за него отвечают отец и брат
На МКАД авария затруднила движение авто
Блогеру Subo предъявили обвинение в уклонении от уплаты налогов
В Салехарде московские художники нарисуют мурал в честь героев тыла
Сидоренко из России одержал победу и стал чемпионом по настольному теннису на Универсиаде.
Чемпион Универсиады по настольному теннису Сидоренко будет выступать за японский клуб
Калинская пробилась в полуфинал турнира в Вашингтоне.
Теннисист Медведев не прошел в полуфинал турнира ATP в Вашингтоне
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки
Как определить, должен ли предприниматель платить туристический налог
Мэрия закупит новую технику для покоса травы в Ульяновске
На МКАД авария затруднила движение авто
Музыкальные новости
Рэпер Джиган подарил 14-летней дочери Ариеле сумку за 233 тысячи рублей
Владимир Высоцкий в виде цифрового аватара «выступит» в Москве
Сергей Шнуров показал идеальную Россию с помощью Костромы
Большинство эпизодов с ним Высоцкий снимался спиной к камере и подсказывал текст роли другу.
Питчинг Релиза. Отправить релиз на Питчинг.
Адвокат Гаврилова раскрыла, чего добивается семья Тиммы после его смерти
Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве
Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб
Павел Воля примет участие в комедийном сериале «Три сестры» с Ларисой Гузеевой и Павлом Деревянко
Состав тамбовского ФК "Спартак" пополнился двумя новыми игроками
"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался
В Санкт-Петербурге обсудили внедрение ИИ в разработку и оптимальные корпоративные архитектуры
НПС построит два велопешеходных моста через Москву-реку
Где живут и на чем ездят самые аварийные водители России?
На МКАД авария затруднила движение авто
Курс на мечту: «Национальная Лотерея» и РОЛЬФ вручили новый автомобиль победителю розыгрыша в честь запуска «Автомобильной лотереи «РОЛЬФ»
СМИ: Путин на этой неделе отправил США ominous сигнал.
Путин поздравил Жапарова с юбилеем подписания декларации о союзничестве.
Путин в День ВМФ прибыл на территорию Главного Адмиралтейства в Санкт-Петербурге
«Подводная лодка, демонтрированная Путину, произвела шок на Западе»
Приговор экс-руководителю компании по производству вакцин против ковида был смягчен.
Сеть клиник «Будь Здоров» открыла первый травмпункт сети на базе клиники на Сретенке
Кот-массажист получает 80 тысяч рублей: какую работу доверяют животным
Ночные перекусы в отпуске: доктор Садыков о том, как они влияют на микрофлору и вес
Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб
Киевский режим применил все 18 пакетов санкций ЕС
Кто заставил Зеленского предложить России новый раунд переговоров: В Британии показали пальцем
Зеленский настаивает: встреча с Путиным до конца августа с участием Европы
Запад ударил Зеленского по самому больному месту – кошельку: Киев показательно лишили 1,5 миллиардов помощи
Optima Development: Новый сквер и фитнес-клуб
"Спартак" сделал предложение экс-игроку "Зенита" Артуру, но тот отказался
Команда столичного управления МЧС России готовится к участию во Всероссийских соревнованиях по пожарно-спасательному спорту
Росгвардия обеспечила безопасность празднования Дня ВМФ и футбольного матча в Москве
«Беларусь-1»: Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Лукашенко получил приглашения от стран Латинской Америки и Азии для визитов.
Лукашенко дал интервью одному из американских СМИ
Собянин поздравил работников центров госуслуг с профессиональным праздником
Собянин: На территории промзоны «Кирпичные улицы» будет создана социнфраструктура
Собянин в День работника МФЦ поздравил сотрудников центров госуслуг Москвы
Сергей Собянин. Главное за день
Почему технологии ПВВК безопасны и эффективны, химия и экология воды по мнению Алексея Горшкова
В Феодосии ликвидировали пожар на площади
Зачем Минприроды Свердловской области планирует организовать полигон отходов на участке, где идёт поиск питьевой воды?
Александр Михайлов (GSOC): «Безопасность IT-экосистемы — это зона нулевого доверия к подрядчикам»
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки
Как определить, должен ли предприниматель платить туристический налог
Иванова, Исакова и Ильясов превратились в "Циников"
С 1 августа 2025 ЖКХ будет дешевле для всех пенсионеров — вводится полезная льгота
Путин дал указание рассмотреть проблемы онкологии в Архангельской области.
В Архангельске представили киноальманах «Север, я люблю тебя!» по произведениям современных писателей
70 участников СВО в Архангельске показали мотивацию выше госслужащих — Цыбульский
Александр Цыбульский: "С Архангельской области началась история российского флота"
К парню с костылем подошли трое с требованием уступить. Он был готов, но заступилась бабушка по соседству
Прогноз погоды в Крыму на 27 июля
В Крыму из-за дыма от пожара столкнулись девять автомобилей
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки
С 1 августа 2025 ЖКХ будет дешевле для всех пенсионеров — вводится полезная льгота
Мэрия закупит новую технику для покоса травы в Ульяновске
Сергей Собянин назвал инновационные разработки, которые внедрили в Москве
В Севастополе пройдет масштабная выставка картин Александра Дейнеки