by Bartosz A. Gren, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Joanna I. Sulkowska, Marta Szachniuk
Unlike proteins, RNAs deposited in the Protein Data Bank do not contain topological knots. Recently, admittedly, the first trefoil knot and some lasso-type conformations have been found in experimental RNA structures, but these are still exceptional cases. Meanwhile, algorithms predicting 3D RNA models have happened to form knotted structures not so rarely. Interestingly, machine learning-based predictors seem to be more prone to generate knotted RNA folds than traditional methods. A similar situation is observed for the entanglements of structural elements. In this paper, we analyze all models submitted to the CASP15 competition in the 3D RNA structure prediction category. We show what types of topological knots and structure element entanglements appear in the submitted models and highlight what methods are behind the generation of such conformations. We also study the structural aspect of susceptibility to entanglement. We suggest that predictors take care of an evaluation of RNA models to avoid publishing structures with artifacts, such as unusual entanglements, that result from hallucinations of predictive algorithms.
Сахар на вес золота: как изобретение инсулина изменило медицину
Москва превратится в Таиланд. Климатолог Клименко сделал прогноз на 10 лет
Кабинет Артиста.
Карпин о «Динамо»: «У нас нехватка кадров, так скажем. Говорить про “довольны”, “недовольны” — мне надо командой заниматься. А трансферная кампания — прерогатива клуба. Кто&nbs
Экстремальная погода в Центральной России: +40°C в Москве через 40 лет?
ВЫСШАЯ АКАДЕМИЯ УПРАВЛЕНИЯ МИРОМ: ВСЁ УПОРЯДЧЕННОЕ УПОРЯДОЧЕНО. КЕМ? ПРОГРАММНЫЕ ИНТЕЛЛЕКТЫ МОГУТ ПОМОГАТЬ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!
Новый профессиональны праздник появится в России
Фермерская малина появилась на московских ярмарках
Теннисистка Ярослава Барташевич: Спорт полностью меняет характер
Карпин о «Динамо»: «У нас нехватка кадров, так скажем. Говорить про “довольны”, “недовольны” — мне надо командой заниматься. А трансферная кампания — прерогатива клуба. Кто&nbs
Галактионов подвел итог игры с "Нижним Новгородом"
Спелеолог Алексей Акимов: По годовым кольцам сталактитов можно узнать прошлое Земли
В администрации муниципального образования «Городской округ «Город Нарьян-Мар» выявлены нарушения законодательства о противодействии коррупции
Институт развития Интернета поддержал мультимедийный просветительский проект холдинга «ЕвроМедиа» о героях и событиях, которые сформировали образ Русского Севера и продолжают вдохновлять поколения
Архангельская область. СМИ зовут прокуроров в дорогу
Бизнесмен из Подмосковья пытался испортить деньгами честного нарьянмарца