Добавить новость
smi24.net
News in English
Июнь
2024

Knotted artifacts in predicted 3D RNA structures

0

by Bartosz A. Gren, Maciej Antczak, Tomasz Zok, Joanna I. Sulkowska, Marta Szachniuk

Unlike proteins, RNAs deposited in the Protein Data Bank do not contain topological knots. Recently, admittedly, the first trefoil knot and some lasso-type conformations have been found in experimental RNA structures, but these are still exceptional cases. Meanwhile, algorithms predicting 3D RNA models have happened to form knotted structures not so rarely. Interestingly, machine learning-based predictors seem to be more prone to generate knotted RNA folds than traditional methods. A similar situation is observed for the entanglements of structural elements. In this paper, we analyze all models submitted to the CASP15 competition in the 3D RNA structure prediction category. We show what types of topological knots and structure element entanglements appear in the submitted models and highlight what methods are behind the generation of such conformations. We also study the structural aspect of susceptibility to entanglement. We suggest that predictors take care of an evaluation of RNA models to avoid publishing structures with artifacts, such as unusual entanglements, that result from hallucinations of predictive algorithms.







Участники Первенства России по стрельбе из лука остановились в Marins Park Hotel Новосибирск

Музыкант Алексей Фомин поделился историей о его отношениях с друзьями

В Корпоративном университете «ЛокоТех» за первое полугодие 2025 года обучено более 2500 человек и создано 8 новых программ

Сооружения сервисного участка «Свердловск-Пассажирский» стали арт-объектом


Nvidia’s Jensen Huang hauled before China’s cyber cops to explain ‘backdoor safety risks’ in H20 chips

The surprising reason fewer people are dying from extreme weather

Bob Arum Says One Current World Champion Beats Prime Floyd Mayweather: “He’s A Very Unique Talent”

Is eBay actually sexy again as the ecommerce old-timer’s stock surges to an all-time high?


Зная один лишь email-адрес, хакер взломал систему и получил $500

Перевозки металлопродукции, инструментов и комплектующих стали чаще заказывать при выборе межтерминальной доставки – «Деловые Линии»

Забайкальский филиал "ЛокоТех-Сервис" показал уверенный рост в первом полугодии

Фридрихсбургские ворота


Color Maze Adventure 2.0.0

«Деньги не пахнут»: Как Blox World наживается на доверии игроков Roblox

OpenAI just raised another $8.3 billon in a funding round that values it at an unbelievable $300B, surpassing AMD, Coca-Cola, and General Electric

If you'd like to see Meta's AI gunk purged from WhatsApp, a new antitrust investigation in Italy might just do the trick



Сахар на вес золота: как изобретение инсулина изменило медицину

Москва превратится в Таиланд. Климатолог Клименко сделал прогноз на 10 лет

Кабинет Артиста.

Карпин о «Динамо»: «У нас нехватка кадров, так скажем. Говорить про “довольны”, “недовольны” — мне надо командой заниматься. А трансферная кампания — прерогатива клуба. Кто&nbs


В Корпоративном университете «ЛокоТех» за первое полугодие 2025 года обучено более 2500 человек и создано 8 новых программ

Сооружения сервисного участка «Свердловск-Пассажирский» стали арт-объектом

Москва превратится в Таиланд. Климатолог Клименко сделал прогноз на 10 лет

Противники закрытия границ с Россией устроили автопробег в Финляндии


Экстремальная погода в Центральной России: +40°C в Москве через 40 лет?

ВЫСШАЯ АКАДЕМИЯ УПРАВЛЕНИЯ МИРОМ: ВСЁ УПОРЯДЧЕННОЕ УПОРЯДОЧЕНО. КЕМ? ПРОГРАММНЫЕ ИНТЕЛЛЕКТЫ МОГУТ ПОМОГАТЬ! Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

Новый профессиональны праздник появится в России

Фермерская малина появилась на московских ярмарках


У пауэрлифтера из Австралии Османа полилась кровь из глаз

Калинская вышла в третий раунд турнира в Монреале

Андреева проиграла первый матч после Уимблдона. Мирра падала и плакала, ей вызывали врача

Рублев и Хачанов не смогли пройти первый круг парного разряда теннисного турнира в Торонто


Экстремальные погодные явления в Центральной России участились на 18%

Школьник из Казани стал серебряным призером олимпиады по информатике в Боливии

Синоптик Шувалов: экстремальная погода в Центральной России участилась

«Пул Первого»: Лукашенко завершил рабочий визит в Россию


Музыкальные новости

Умер музыкант The Rolling Stones Флако Хименес

«Я устал»: умер музыкант The Rolling Stones Флако Хименес

«Вообще ругаю регулярно!»: мать Тимати рассказала о съемках внучки Алисы в кино

«Это сложилось исторически»: Игорь Бутман высказался об уехавших из России артистах


Сахар на вес золота: как изобретение инсулина изменило медицину

Алгоритмы Яндекс Музыки. Алгоритмы продвижения в Яндекс Музыка.

Москва лидирует по числу миллионеров: 28 тысяч получают свыше 1 млн рублей

Москва превратится в Таиланд. Климатолог Клименко сделал прогноз на 10 лет


Военкор Стешин: интерес к Волге — тревожный звонок для России из Средней Азии

Лавров: Милитаризация Европы угрожает безопасности и игнорирует ОБСЕ

Роскосмос показал вызвавший грозу в Москве циклон

Мишустин: 47,37 млрд рублей долгов списаны 8 регионам для развития проектов


Автопробег в Финляндии поддержал инициативу открытия границы с Россией

Шесть человек пострадали в крупной аварии на Волгоградском проспекте в Москве

В результате ДТП на Волгоградском проспекте в Москве пострадали шесть человек

Собянин: Открыт пешеходный переход через МЦД-2 между Щербинкой и Остафьевом


Путин анонсировал скоростную трассу Москва-Петербург к 2028 году

Путин заявил о высокой популярности скоростных железных дорог среди россиян

Путин обсудил перспективы развития железнодорожной сети в России

Путин отметил, что железнодорожники успешно обеспечивают снабжение вооруженных сил


Исследование показывает зависимость между темпами развития COVID-19 и уровнем смертности

Руководитель РФПИ охарактеризовал переписку фон дер Ляйен с Pfizer как позорный инцидент



Напавший с ножом на людей в Москве был на учёте в психоневрологическом диспансере

Ученые выяснили, какие болезни погубили войска Наполеона в 1812 году

Букин поделился причинами, почему он не придерживается диеты

«Такие жирные». У мужчины обнаружили страшное заболевание из-за ресторанов


В Киеве показательно вскрыли «гнездо» коррупции: Зеленский устроил целый политический театр


Теннисистка Ярослава Барташевич: Спорт полностью меняет характер

Карпин о «Динамо»: «У нас нехватка кадров, так скажем. Говорить про “довольны”, “недовольны” — мне надо командой заниматься. А трансферная кампания — прерогатива клуба. Кто&nbs

Галактионов подвел итог игры с "Нижним Новгородом"

Спелеолог Алексей Акимов: По годовым кольцам сталактитов можно узнать прошлое Земли



Собянин: Открыт пешеходный переход через МЦД-2 между Щербинкой и Остафьевом

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин: Количество цветников в Москве с 2010 года увеличено почти в 2,5 раза

Собянин: 9 и 10 августа Москва отметит День физкультурника


В Грозном планируют возвести предприятие по переработке отходов

Московский зоопарк ищет неродственную "невесту" для манула Тимоши

Конец истории: тополиный пух может навсегда исчезнуть из Москвы

Ликсутов сообщил об открытии велопроката на территории ОЭЗ «Технополис Москва»


«Пул Первого»: Лукашенко завершил рабочий визит в Россию

Киберразведка по-русски: как развивается отечественный Threat Intelligence

81-летняя автоледи насмерть сбила 64-летнюю электросамокатчицу в Канаде

Монолит подземной части корпуса для начальных классов возводят в Очаково-Матвеевском


В администрации муниципального образования «Городской округ «Город Нарьян-Мар» выявлены нарушения законодательства о противодействии коррупции

Институт развития Интернета поддержал мультимедийный просветительский проект холдинга «ЕвроМедиа» о героях и событиях, которые сформировали образ Русского Севера и продолжают вдохновлять поколения

Архангельская область. СМИ зовут прокуроров в дорогу

Бизнесмен из Подмосковья пытался испортить деньгами честного нарьянмарца


Крыму и еще 27 регионам списали долги по бюджетным кредитам на 58 млрд

Задержка поездов в Крым и из Крыма – актуальные данные

В пути следования задерживаются поезда «Таврия», сообщили в пресс-службе компании-перевозчика "Гранд Сервис Экспресс"

Цены на новостройки в июле 2025 года: Севастополь лидирует, Симферополь чуть отстаёт


Российская команда занимает четвертую позицию по количеству медалей на чемпионате мира в Сингапуре

Ягудин настоятельно рекомендует поклонникам Трусовой перестать смотреть на неё сквозь розовые очки

Рособрнадзор опроверг сообщения об аномальном числе стобалльников ЕГЭ в СКФО

Более 20 человек погибли в результате корабельной аварии с мигрантами в Йемене














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *