Добавить новость
smi24.net
News in English
Июль
2024

Monitoring emerging pathogens using negative nucleic acid test results from endemic pathogens in pig populations: Application to porcine enteric coronaviruses

0

by Ana Paula Serafini Poeta Silva, Guilherme Arruda Cezar, Edison Sousa Magalhães, Kinath Rupasinghe, Srijita Chandra, Gustavo S. Silva, Marcelo Almeida, Bret Crim, Eric Burrough, Phillip Gauger, Christopher Siepker, Marta Mainenti, Michael Zeller, Rodger G. Main, Mary Thurn, Paulo Fioravante, Cesar Corzo, Albert Rovira, Hemant Naikare, Rob McGaughey, Franco Matias Ferreyra, Jamie Retallick, Jordan Gebhardt, Angela Pillatzki, Jon Greseth, Darren Kersey, Travis Clement, Jane Christopher-Hennings, Melanie Prarat, Ashley Johnson, Dennis Summers, Craig Bowen, Kenitra Hendrix, Joseph Boyle, Daniel Correia Lima Linhares, Giovani Trevisan

This study evaluated the use of endemic enteric coronaviruses polymerase chain reaction (PCR)-negative testing results as an alternative approach to detect the emergence of animal health threats with similar clinical diseases presentation. This retrospective study, conducted in the United States, used PCR-negative testing results from porcine samples tested at six veterinary diagnostic laboratories. As a proof of concept, the database was first searched for transmissible gastroenteritis virus (TGEV) negative submissions between January 1st, 2010, through April 29th, 2013, when the first porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) case was diagnosed. Secondly, TGEV- and PEDV-negative submissions were used to detect the porcine delta coronavirus (PDCoV) emergence in 2014. Lastly, encountered best detection algorithms were implemented to prospectively monitor the 2023 enteric coronavirus-negative submissions. Time series (weekly TGEV-negative counts) and Seasonal Autoregressive-Integrated Moving-Average (SARIMA) were used to control for outliers, trends, and seasonality. The SARIMA’s fitted and residuals were then subjected to anomaly detection algorithms (EARS, EWMA, CUSUM, Farrington) to identify alarms, defined as weeks of higher TGEV-negativity than what was predicted by models preceding the PEDV emergence. The best-performing detection algorithms had the lowest false alarms (number of alarms detected during the baseline) and highest time to detect (number of weeks between the first alarm and PEDV emergence). The best-performing detection algorithms were CUSUM, EWMA, and Farrington flexible using SARIMA fitted values, having a lower false alarm rate and identified alarms 4 to 17 weeks before PEDV and PDCoV emergences. No alarms were identified in the 2023 enteric negative testing results. The negative-based monitoring system functioned in the case of PEDV propagating epidemic and in the presence of a concurrent propagating epidemic with the PDCoV emergence. It demonstrated its applicability as an additional tool for diagnostic data monitoring of emergent pathogens having similar clinical disease as the monitored endemic pathogens.







Новый стандарт прочности: Т-профиль 2 мм от российского производителя

Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»

Как хранили продукты до изобретения холодильника: 5 способов

Российский рэпер сжег кабриолет BMW прямо на сцене


Report: Liverpool decision hands advantage to Man United in midfielder pursuit

Exclusive: Fintech giant Stripe building ‘Tempo’ blockchain with crypto VC Paradigm

3 Terrifying Horror Series To Watch Ahead Of HBO’s ‘It: Welcome to Derry’

AI talent comes at a 30% salary premium: ‘If you try to play catch up later, this is going to cost you even more’


В Орле легковушка врезалась в многоэтажный дом

Грачья Погосян: достойный пример гуманизма и патриотизма (к 55-летию известного благотворителя)

Трансстроймеханизация - лауреат конкурса на лучшую строительную организацию

Платформа «DатаРу Облако» аттестована для работы с государственными данными и информацией повышенной категории


The US Air Force wants to test blowing up Cybertrucks because 'it is likely the type of vehicles used by the enemy may transition to Tesla Cyber trucks'

New study shows that Gen Z is spending way less money on videogames than older gamers

Modders are trying their hardest to add an NVMe SSD to the Switch 2, which is both impressive and something I'm not going to do

Steam for Chromebooks is getting axed in 2026 instead of exiting its 4-year beta


Овочі можусть стати розкішшю для українців


Nexign Interconnect получила сертификат совместимости с российской Java-платформой Axiom JDK

Платформа «DатаРу Облако» аттестована для работы с государственными данными и информацией повышенной категории

Клинический психолог Юлия Тарибо: психологические последствия удаленной работы и способы их преодоления

Директор Росгвардии Герой России генерал армии Виктор Золотов принял участие в заседании Национального антитеррористического комитета


Антиармянские публикации в российском научном журнале «Современная научная мысль»: расследование фонда «Гегард»

Сотрудники Росгвардии пришли на помощь пенсионеру, внезапно потерявшему сознание в кафе на востоке столицы

Грачья Погосян: достойный пример гуманизма и патриотизма (к 55-летию известного благотворителя)

Московский суд взыскал с Басты долг по коммунальным платежам


Дмитриев: Трамп должен исправить ошибки Байдена ради достижения мира

Быстрый старт в прибыльном бизнесе по продаже автозапчастей

"Мосфильм" представил окончательный список фильмов для школы

Приметы и поверья на 13 августа 2025 года


Вероника Кудерметова вышла в третий круг турнира WTA-1000 в США

Вероника Кудерметова в третьем круге турнира WTA: победа в Цинциннати!

В Цинциннати остановили матчи ATP и WTA из-за пожара генератора

Теннисист Медведев проиграл австралийцу Уолтону и выбыл из турнира Цинциннати


CNN: в США обрадовались согласию Путина приехать на Аляску для встречи с Трампом

Быстрый старт в прибыльном бизнесе по продаже автозапчастей

Прогулки по Москве

Татарстан попал в топ-5 регионов по спросу на ипотеку


Музыкальные новости

Александр Розенбаум рассказал о мюзикле «Вальс-Бостон»

Обиды на отца, алкоголизм, ссоры с Влади и дружба с Ефремовым: как живёт Никита Высоцкий

Турагент из Тулы обманула больше 200 желающих поехать на концерты Меладзе и Шуфутинского

Вечер памяти Виктора Цоя пройдет в Пскове 15 августа


Nexign Interconnect получила сертификат совместимости с российской Java-платформой Axiom JDK

Платформа «DатаРу Облако» аттестована для работы с государственными данными и информацией повышенной категории

Директор Росгвардии Герой России генерал армии Виктор Золотов принял участие в заседании Национального антитеррористического комитета

Клинический психолог Юлия Тарибо: психологические последствия удаленной работы и способы их преодоления


«Бежим за Мечту — Ходить»: подростки на протезах пробегут марафон в Екатеринбурге

Рок-фестиваль «Окна Открой» в Петербурге: возвращение звезд и открытие новых талантов

Роднина: «Жить люблю и хочу в Москве. Вы меня перепутали с другим поколением, которое всегда ищет, где лучше»

«Торпедо» и «Спартак» Кострома сразятся за три очка. «Торпедо» Москва — «Спартак» Кострома: прогноз и ставка


В Сети появились кадры ДТП с подростками на самокате, которые врезались в столб

Преимущества франшизы «Автополка»

Baza: Мотоциклист попал в ДТП в Москве из-за нарушившего ПДД водителя

Быстрый старт в прибыльном бизнесе по продаже автозапчастей


Bloomberg: встреча Путина и Трампа означает победу России

Почему Трамп захотел быстро встретиться с Путиным, объяснил Хазин

Bloomberg: встреча Путина и Трампа сама по себе представляет победу Москвы

Почему Трамп сказал, что едет в Россию, если встреча назначена в Аляске




КГ PROGRESS: в Перми работают самые опытные стоматологи в России

Здоровье Бориса Щербакова: обновленные сведения от научно-исследовательского центра имени Склифосовского

Подмосковный травматолог дал советы по выбору рюкзака для первоклассника

Главный врач клиники микрохирургии глаза АйМед Элина Санторо: что делать если лопнул сосуд в глазу


«Будет обмен землей»: Трамп поставил Зеленского на место, вызвав панику в Киеве

Политолог: Алиев пересек красную линию и столкнется с ответом Москвы


«Лето в Москве» в Южном округе объединит спорт, искусство и технологии в ближайшие выходные

На пенсии отоспишься. 13 идей для ночного досуга в Москве — от тенниса до парилки

В День физкультурника героем рубрики «Знай наших» стал военнослужащий Главного управления Росгвардии по г. Москве Кирилл М.

Соревнования по многоборью кинологов-росгвардейцев завершились в Грозном


Лукашенко получил первую золотую монету из белорусского сырья


Собянин рассказал, как проект «Город героев» укрепляет связь времен и поколений

Сергей Собянин. Главное за день

Собянин оценил вклад проектов "Город героев" и "Герой моего района

Собянин объявил об открытии новой детской поликлиники в районе Крюково


Что подготовили в павильонах «Музеона» в рамках форума «Москва 2030»

Орловская область планирует войти в число национальных туристических маршрутов с проектом «Бирюзовое кольцо России»

Площадь возгорания на горе Куцай достигла 650 тысяч квадратных метров

Хватит морщиться: ученые назвали пользу от участившихся московских ливней


Татарстан попал в топ-5 регионов по спросу на ипотеку

Инцидент с ребёнком: СК начал проверку после того, как девочку засосало в трубу бассейна в Москве

CNN: в США обрадовались согласию Путина приехать на Аляску для встречи с Трампом

Новые правила для дачников: запрет на коммерческую деятельность с 1 сентября


Заместитель прокурора Архангельской области и Ненецкого автономного округа Павел Матанцев проверил ход ремонтных работ в школе № 1 г. Нарьян-Мара

Здание морского речного вокзала в Архангельске будет обновлено к концу 2026 года

Пинежский заповедник в Архангельской области получит финансирование на создание новой инфраструктуры для научных и исследовательских работ

Сотрудниками полиции и Росгвардии задержан гражданин, причастный к поджогу релейного шкафа в Архангельской области


Прогноз погоды в Крыму на понедельник

Историко-краеведческая выставка «Древности земли крымской»

Прогноз погоды в Крыму на 12 августа

Прогноз погоды в Крыму на 11 августа


Махачкалинский «Динамо» обыграл «Спартак» по пенальти в матче Кубка России

Температура 28-31 градус и осадки спрогнозированы на юге России

Быстрый старт в прибыльном бизнесе по продаже автозапчастей

Татарстан попал в топ-5 регионов по спросу на ипотеку














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *