Добавить новость
smi24.net
News in English
Июль
2024

Monitoring emerging pathogens using negative nucleic acid test results from endemic pathogens in pig populations: Application to porcine enteric coronaviruses

0

by Ana Paula Serafini Poeta Silva, Guilherme Arruda Cezar, Edison Sousa Magalhães, Kinath Rupasinghe, Srijita Chandra, Gustavo S. Silva, Marcelo Almeida, Bret Crim, Eric Burrough, Phillip Gauger, Christopher Siepker, Marta Mainenti, Michael Zeller, Rodger G. Main, Mary Thurn, Paulo Fioravante, Cesar Corzo, Albert Rovira, Hemant Naikare, Rob McGaughey, Franco Matias Ferreyra, Jamie Retallick, Jordan Gebhardt, Angela Pillatzki, Jon Greseth, Darren Kersey, Travis Clement, Jane Christopher-Hennings, Melanie Prarat, Ashley Johnson, Dennis Summers, Craig Bowen, Kenitra Hendrix, Joseph Boyle, Daniel Correia Lima Linhares, Giovani Trevisan

This study evaluated the use of endemic enteric coronaviruses polymerase chain reaction (PCR)-negative testing results as an alternative approach to detect the emergence of animal health threats with similar clinical diseases presentation. This retrospective study, conducted in the United States, used PCR-negative testing results from porcine samples tested at six veterinary diagnostic laboratories. As a proof of concept, the database was first searched for transmissible gastroenteritis virus (TGEV) negative submissions between January 1st, 2010, through April 29th, 2013, when the first porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) case was diagnosed. Secondly, TGEV- and PEDV-negative submissions were used to detect the porcine delta coronavirus (PDCoV) emergence in 2014. Lastly, encountered best detection algorithms were implemented to prospectively monitor the 2023 enteric coronavirus-negative submissions. Time series (weekly TGEV-negative counts) and Seasonal Autoregressive-Integrated Moving-Average (SARIMA) were used to control for outliers, trends, and seasonality. The SARIMA’s fitted and residuals were then subjected to anomaly detection algorithms (EARS, EWMA, CUSUM, Farrington) to identify alarms, defined as weeks of higher TGEV-negativity than what was predicted by models preceding the PEDV emergence. The best-performing detection algorithms had the lowest false alarms (number of alarms detected during the baseline) and highest time to detect (number of weeks between the first alarm and PEDV emergence). The best-performing detection algorithms were CUSUM, EWMA, and Farrington flexible using SARIMA fitted values, having a lower false alarm rate and identified alarms 4 to 17 weeks before PEDV and PDCoV emergences. No alarms were identified in the 2023 enteric negative testing results. The negative-based monitoring system functioned in the case of PEDV propagating epidemic and in the presence of a concurrent propagating epidemic with the PDCoV emergence. It demonstrated its applicability as an additional tool for diagnostic data monitoring of emergent pathogens having similar clinical disease as the monitored endemic pathogens.







Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»

Героическое участие армян в СВО. Часть шестнадцатая

TRENDBOOKS.AI – первая в России нейросетевая платформа для предиктивной тренд-аналитики в моде и дизайне

Косметолог-эстетист Наталья Рябинова: самые эффективные способы борьбы с веснушками


Cameroon star has said yes to Man Utd transfer but Red Devils face hurdle

OpenAI launches GPT-5, its most powerful AI yet—will it be enough to stay ahead in today’s ruthless AI race? 

Report: AC Milan’s Christian Pulisic set to team up with $87 million Manchester United star

Man Utd have agreed deal with AC Milan for £40m star's exit, await player decision - report


Стражи курортов

#вкимжевсегдахорошо

НПС завершил проходку подземного перехода под МЦД-3

Антиармянские публикации в российском научном журнале «Современная научная мысль»: расследование фонда «Гегард»


Mafia: The Old Country получила положительные оценки в Steam

The US Air Force wants to test blowing up Cybertrucks because 'it is likely the type of vehicles used by the enemy may transition to Tesla Cyber trucks'

Находи идеальные места для персонажей-фигурок в «Is This Seat Taken?»

Modders are trying their hardest to add an NVMe SSD to the Switch 2, which is both impressive and something I'm not going to do


Овочі можусть стати розкішшю для українців


Сотрудники Росгвардии пришли на помощь пенсионеру, внезапно потерявшему сознание в кафе на востоке столицы

В регионах центральной России росгвардейцы отметили День физкультурника

Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»

Чемпионат по самбо столичного главка Росгвардии завершился в Москве


В столичном главке Росгвардии подвели итоги за неделю

Антиармянские публикации в российском научном журнале «Современная научная мысль»: расследование фонда «Гегард»

"Динамо" Карпина упустило победу над "Сочи" в конце матча

Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»


Аренда аккаунта IronSource: как обойти строгую модерацию и запустить рекламу

В Ульяновск прибудет ковчег с мощами святой Матроны Московской

«Желтый» уровень опасности из-за грозы с дождем объявлен в столичном регионе

Дмитриев: 15 августа неоконы и другие подстрекатели войны не будут улыбаться


Хачанов поднялся до 12-й позиции в мировом рейтинге ATP

Павлюченкова уступила 94-й ракетке мира на турнире WTA в Цинциннати

Самсонова проиграла Таунсенд на турнире в Цинциннати

Вероника Кудерметова вышла в третий круг турнира WTA-1000 в США


Лендруш Егикян: человек, который сохраняет высокую миссию быть армянином вдали от Родины

Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»

Чемпионат по самбо столичного главка Росгвардии завершился в Москве

CHANGAN представил свои автомобили на XII Всероссийском чемпионате по пахоте в Санкт-Петербурге


Музыкальные новости

Обиды на отца, алкоголизм, ссоры с Влади и дружба с Ефремовым: как живёт Никита Высоцкий

«Я принципиально не написала его имя!» Марина Кравец отказалась петь песню Натана в шоу «Большой хит» на ТНТ

Трамвай «Славянка» получил первые тяговые подстанции

Песня заслуженного работника культуры Крыма Натальи Прокопенко удостоена приза зрительских симпатий на фестивале в Москве


Чемпионат по самбо столичного главка Росгвардии завершился в Москве

В регионах центральной России росгвардейцы отметили День физкультурника

Сотрудники Росгвардии пришли на помощь пенсионеру, внезапно потерявшему сознание в кафе на востоке столицы

Семейное приключение на «Кораблике Детского радио»


Рок-фестиваль «Окна Открой» в Петербурге: возвращение звезд и открытие новых талантов

Охранник из аэропорта Внуково стал моделью

Custom Clinic - это клиника в центре Санкт-Петербурга, где решают проблему выпадения волос комплексно и эффективно

Процесс сошел с рельсов // Верховный суд определил пересмотреть дело о наезде Kia на трамвай


У Крымского моста скопилась очередь из 1,1 тысячи автомобилей

Российский рэпер сжег кабриолет BMW прямо на сцене

Кино на Белой даче: какие фильмы чеховский музей покажет в августе

На юго-западе Москвы трактор без водителя раздавил ковшом такси и попал на видео


Путин обратился с приветствием к участникам форума «Машук»

Российские акции демонстрируют уверенный рост на фоне ожиданий встречи Путина и Трампа

Медиа сообщили о предполагаемой локации встречи Путина и Трампа на Аляске

Bloomberg сообщает, что ЕС хочет провести переговоры с Трампом до встречи с Путиным




Столичные росгвардейцы приняли участие в забеге, посвященном Дню физкультурника

В регионах центральной России росгвардейцы отметили День физкультурника

Уровень медицины в Некрасовке растет

Custom Clinic - это клиника в центре Санкт-Петербурга, где решают проблему выпадения волос комплексно и эффективно



Чемпионат по самбо столичного главка Росгвардии завершился в Москве

Охрану общественного порядка и безопасность на футбольных матчах в Москве обеспечила Росгвардия

Столичные росгвардейцы приняли участие в забеге, посвященном Дню физкультурника

В регионах центральной России росгвардейцы отметили День физкультурника


Интервью Лукашенко на "Беларусь 1" стало примером пропагандистской одержимости

В Минске считают, что интервью Лукашенко превратили в пропагандистский опус


Собянин заявил об уничтожении пятого БПЛА, который летел на Москву

Собянин: Окончен основной этап благоустройства набережной в Покровском-Стрешневе

Собянин: сбиты ещё три беспилотника, летевших на Москву

Собянин: с 2011 года в Москве привели в порядок более 90 км набережных


Преимущества применения озона для очистки воды

Было-стало. Какая улица вела на Москву, а привела в заповедник

США предостерегают о возможной крупной чрезвычайной ситуации

Новости: в Колорадо из-за масштабного лесного пожара эвакуировали исправительное учреждение


Премьера песни «Птицы любви» — посвящение дочери, которая всегда будет рядом

CHANGAN представил свои автомобили на XII Всероссийском чемпионате по пахоте в Санкт-Петербурге

СК «Двадцать первый век» застраховала Управление делами Правительства Ленинградской области

CHANGAN представил свои автомобили на XII Всероссийском чемпионате по пахоте в Санкт-Петербурге


В Алтайском крае не будут проводить проверку на предмет чрезмерного роста тарифов на ЖКУ

Сотрудниками полиции и Росгвардии задержан гражданин, причастный к поджогу релейного шкафа в Архангельской области

без заголовка

Полицейский погиб при задержании поджигателя релейного шкафа под Архангельском


Историко-краеведческая выставка «Древности земли крымской»

Прогноз погоды в Крыму на 10 августа

Когда достроят больницу скорой помощи и онкодиспансер в Севастополе

Прогноз погоды в Крыму на понедельник


CHANGAN представил свои автомобили на XII Всероссийском чемпионате по пахоте в Санкт-Петербурге

CHANGAN представил свои автомобили на XII Всероссийском чемпионате по пахоте в Санкт-Петербурге

Сотрудники Росгвардии пришли на помощь пенсионеру, внезапно потерявшему сознание в кафе на востоке столицы

Чудо-колонка Детского радио: малыш будет в восторге!














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *