Добавить новость
smi24.net
News in English
Ноябрь
2024

Evaluation of Bayesian Linear Regression models for gene set prioritization in complex diseases

0

by Tahereh Gholipourshahraki, Zhonghao Bai, Merina Shrestha, Astrid Hjelholt, Sile Hu, Mads Kjolby, Palle Duun Rohde, Peter Sørensen

Genome-wide association studies (GWAS) provide valuable insights into the genetic architecture of complex traits, yet interpreting their results remains challenging due to the polygenic nature of most traits. Gene set analysis offers a solution by aggregating genetic variants into biologically relevant pathways, enhancing the detection of coordinated effects across multiple genes. In this study, we present and evaluate a gene set prioritization approach utilizing Bayesian Linear Regression (BLR) models to uncover shared genetic components among different phenotypes and facilitate biological interpretation. Through extensive simulations and analyses of real traits, we demonstrate the efficacy of the BLR model in prioritizing pathways for complex traits. Simulation studies reveal insights into the model’s performance under various scenarios, highlighting the impact of factors such as the number of causal genes, proportions of causal variants, heritability, and disease prevalence. Comparative analyses with MAGMA (Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation) demonstrate BLR’s superior performance, especially in highly overlapped gene sets. Application of both single-trait and multi-trait BLR models to real data, specifically GWAS summary data for type 2 diabetes (T2D) and related phenotypes, identifies significant associations with T2D-related pathways. Furthermore, comparison between single- and multi-trait BLR analyses highlights the superior performance of the multi-trait approach in identifying associated pathways, showcasing increased statistical power when analyzing multiple traits jointly. Additionally, enrichment analysis with integrated data from various public resources supports our results, confirming significant enrichment of diabetes-related genes within the top T2D pathways resulting from the multi-trait analysis. The BLR model’s ability to handle diverse genomic features, perform regularization, conduct variable selection, and integrate information from multiple traits, genders, and ancestries demonstrates its utility in understanding the genetic architecture of complex traits. Our study provides insights into the potential of the BLR model to prioritize gene sets, offering a flexible framework applicable to various datasets. This model presents opportunities for advancing personalized medicine by exploring the genetic underpinnings of multifactorial traits.







Домашний риф Dhawa Ihuru признан одним из лучших на Мальдивах

Группа компаний «ДИАКОН» запустила новый логистический центр в наукограде Пущино Московской области

Группа компаний «ДИАКОН» провела успешную ежегодную конференцию для партнеров в Москве

Анимационная программа нового пляжа «Изумрудный»


Dow futures sink as Trump keeps pushing tariffs while White House suggests Powell’s job could be at risk

Son Of British Boxing Legend Retires From The Sport Aged Just 24: “Won’t Be Fighting Again”

First confirmed death during Trump ICE raid is a farmworkers at a California cannabis facility

Trump's cuts force Texas food banks to ration supplies for flood survivors


Чилим на позитиве...

Победили лучшие – выиграли все! В Санкт-Петербурге состоялся Международный конкурс «Мастер — Золотые руки 2025»

Беспроводной сканер штрих-кодов Heroje S-H29W

Ольга Романив: как вести себя с мужчиной, который нравится


The Expanse RPG's developers are 'humbled' by comparisons to BioWare's heyday, but don't expect it to be a straight Mass Effect clone: 'We make our story a little bit differently'

I've swapped modern live service games for a browser game that's been running since 2009

Those shadow giants in the distance in Elden Ring Nightreign are over 2 miles tall⁠—almost as big as the Erdtree⁠—and nobody even mentions them in the game

Гайд на Fuqiu из Etheria Restart: навыки, PvE-билд, расклад в PvP и дубликаты



Росгвардейцы из Чеченской Республики стали победителями и призерами чемпионата Северо-Кавказского округа Росгвардии по комплексному единоборству

Косметолог Наталья Рябинова: в чем разница между эстетическим и медицинским трихологом

Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Ольга Романив: как вести себя с мужчиной, который нравится


Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Бельский уверен в правильности курса на снижение автотрафика в центре города

МК: в Москве на крыше поезда нашли сгоревшего 14-летнего зацепера

«Сила в команде»: судебные приставы Кузбасса приняли участие во всероссийских хоккейных соревнованиях среди силовиков


Апелляция: Экс-замминистра обороны Иванов и растрата 3,9 млрд рублей

АвтоВАЗ отгружает Lada Iskra дилерам. Цены объявят на этой неделе

Проверить стыковку и показать «разрядку»: полвека назад началась советско-американская миссия «Союз» — «Аполлон»

В Подмосковье за один вечер молнии три раза ударили в дома


Теннистка Кудерметова впервые в карьере выиграла Уимблдон в парном разряде

Российская теннисистка Вероника Кудерметова выиграла Уимблдон в парном разряде, а итальянец Янник Синнер – в одиночном

Минниханов о победе Кудерметовой на Уимблдоне: мы гордимся!

Медведев стал обладателем Кубка короля в Испании.


«Сила в команде»: судебные приставы Кузбасса приняли участие во всероссийских хоккейных соревнованиях среди силовиков

Многим рискует: юрист сказал, как сидит «золотой» экс-полковник Захарченко

Из трёх музеев Томской области томичи отправили по почте 500 «тёплых открыток»

Проверить стыковку и показать «разрядку»: полвека назад началась советско-американская миссия «Союз» — «Аполлон»


Музыкальные новости

Алгоритмы Яндекс Музыки. Алгоритмы продвижения в Яндекс Музыка.

Сестра Жанны Фриске Наталья рассказала о причине развода с мужем

Мясной ресторан «Frank by Баста» открылся в Афимолле

Юрий Лоза предрек Кристине Орбакайте крах карьеры в Европе


Росгвардейцы из Чеченской Республики стали победителями и призерами чемпионата Северо-Кавказского округа Росгвардии по комплексному единоборству

Врач-офтальмолог Элина Санторо: как выбрать идеальные солнцезащитные очки

Вот билет на контент, на эксплойт билетов нет

Ольга Романив: как вести себя с мужчиной, который нравится


Алгоритмы Яндекс Музыки. Алгоритмы продвижения в Яндекс Музыка.

Энергетики смоленского филиала «Россети Центр» провели познавательное мероприятие для детей «Как подружиться с электричеством?»

В НОВОМ ОТЧЕТЕ LG ОБ УСТОЙЧИВОМ РАЗВИТИИ ОТМЕЧЕН ПРОГРЕСС В ДОСТИЖЕНИИ ЭКОЛОГИЧЕСКИХ ЦЕЛЕЙ 2030 ГОДА

«Она пошла встречаться с подружками в Москве»: новый сериал от Бони и ее дочери


КАМАЗ-4280 начал тестовую эксплуатацию на маршруте в Подмосковье

Красные арки, синяя подсветка. В Москве строят новые пешеходные мосты

В Москве мужчина ограбил магазин на АЗС, угрожая пистолетом

Вскрытие без последствий – сервис «Спас-замков»


Посол Акира Муто: Япония будет приветствовать возможную встречу Путина и Трампа

В США сделали смелое заявление в отношении Путина.

Путин отметил успех школьников на Международной химической олимпиаде.

"Пока Путин не заметит это безобразие": Пономарев резко высказался о легионерах в РПЛ




Травмированного на репетиции в цирке Москвы акробата выписали из больницы

Косметолог Наталья Рябинова: в чем разница между эстетическим и медицинским трихологом

Врач-трихолог Мадина Осман: как часто можно делать пересадку волос

Клинический психолог Юлия Тарибо: каким типам личностей сложно было вместе


ВСУ атаковали дронами женщин под Сумами: Били за надпись "Мы русские"


Раскрыто расписание Олимпийских игр 2028 года в Лос-Анджелесе.

"Пока Путин не заметит это безобразие": Пономарев резко высказался о легионерах в РПЛ

Росгвардейцы из Чеченской Республики стали победителями и призерами чемпионата Северо-Кавказского округа Росгвардии по комплексному единоборству

Травмированного на репетиции в цирке Москвы акробата выписали из больницы


Петербургская делегация провела переговоры с президентом Беларуси в Минске

Лукашенко предложил Петербургу ремонтировать всю белорусскую технику

Лукашенко встретился в Минске с делегацией Петербурга для обсуждения сотрудничества

Лукашенко заявил о необходимости проверки чиновников за манипуляции с ценами.


Сергей Собянин: роботы и электромашины на страже московских улиц

Сергей Собянин: В Москве появятся три новых пешеходных моста к 2027 году

Собянин встретился с новоселами дома по реновации в Хорошево-Мневниках


Позднякова: температура в Москве останется выше климатической нормы

ГК «АСНА» внедрила систему продвинутой аналитики «Дельта BI»

РЭО проведет акселератор для экоцентров на базе Плехановского университета

Губернатор Андрей Бочаров принимает участие в образовательной программе Сбера


Проверить стыковку и показать «разрядку»: полвека назад началась советско-американская миссия «Союз» — «Аполлон»

Многим рискует: юрист сказал, как сидит «золотой» экс-полковник Захарченко

(НЕ)СЕКРЕТНУЮ СЛУЖБУ США ПОДОЗРЕВАЮТ В ПОСТАНОВКЕ СЦЕНЫ ПОКУШЕНИЯ НА ТРАМПА. СЕНСАЦИЯ! Новости. В.В. Путин, Дональд Трамп. Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

Жители Прикамья активно покупают билеты на транспорт в отделениях Почты России


Фестиваль духовых оркестров пройдет в трех городах Поморья по случаю Дня ВМФ

Защищённый планшет Saotron RT-W11J на базе ОС Windows10

В городе Барнауле стартовал третий этап смотра-конкурса на звание "Лучшее звено газодымозащитной службы" среди Главных управлений МЧС России

Беспроводной сканер штрих-кодов SAOTRON P05i промышленного класса


Десятки улиц Симферополя остались без света 14 июля

Под Симферополем горят десятки гектаров леса

Феодосия получила 150 миллионов на ремонты дворов - где начнут работы

Симферополь частично остался без света утром 14 июля


Юрист Хаминский назвал возможных наследников режиссёра Юрия Мороза

(НЕ)СЕКРЕТНУЮ СЛУЖБУ США ПОДОЗРЕВАЮТ В ПОСТАНОВКЕ СЦЕНЫ ПОКУШЕНИЯ НА ТРАМПА. СЕНСАЦИЯ! Новости. В.В. Путин, Дональд Трамп. Россия, США, Европа могут улучшить отношения и здоровье общества!

«Союз-Аполлон» — вторая встреча над Эльбой. А можем повторить?

МВД: мошенники крадут аккаунты «Госуслуг» под предлогом поступления в вуз














СМИ24.net — правдивые новости, непрерывно 24/7 на русском языке с ежеминутным обновлением *