این تبادل با مشکلاتی نیز همراه بود. در یکی از روزها، طرف عراقی به جای هزار نفر، ۹۹۹ نفر را تحویل داد و مدعی شد یکی از اسرا نافرمانی کرده است. طرف ایرانی نیز متقابلا یکی از اسرای عراقی را پیاده کرد تا تبادل متوقف شود؛ تا زمانی که آزاده ایرانی بازگردانده شد.
