موزه کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد در جنب گنجینه نسخ خطی، در طبقه چهارم کتابخانه واقع شده است. این موزه در ۲۵ آذر ۱۳۹۷ گشایش یافت. در این موزه برخی آثار و اشیا به جای مانده از تاریخ کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد گردآوری شده و تصاویر برخی شخصیتها برروی دیوارها و برخی اسناد در ویترینها به نمایش داده شده است.
