KSeF to system, który działa online. Jeśli jednak Ministerstwo Finansów będzie chciało wyłączyć system, aby go zaktualizować albo gdy przytrafi się awaria, to są do tego odpowiednie tryby wystawiania faktur offline. Tylko skąd podatnik ma wiedzieć, że system ma awarię? Tu wychodzi na jaw przewaga komercyjnych programów obsługujących KSeF. Chodź są też sytuacje, których twórcy systemu nie przewidzieli.
