Согласно п. 1.8 ст. 284 НК РФ налогоплательщик – резидент ТОР имеет право выбора, как применять льготную ставку: 1) ко всей налоговой базе (общий режим). Это возможно, если доходы от деятельности по соглашению об осуществлении деятельности на ТОР составляют не менее 90% от всех доходов, учитываемых для налога на прибыль. При этом резидент обязан вести раздельный учет доходов по деятельности в рамках ТОР и по иной деятельности; 2) к отдельной налоговой базе (раздельный режим). Компания может применять льготную ставку только к доходам, полученным от деятельности, предусмотренной соглашением о ТОР. Для этого также обязательно ведение раздельного учета доходов и расходов по каждому соглашению о ТОР и по иной деятельности.