Variantes de COVID: ¿Cómo usar la inteligencia artificial para predecir la próxima cepa?
Esta startup dice que puede modelar mutaciones para ayudar a desarrollar mejores vacunas y tratamientos.
Mientras las farmacéuticas luchan contra las mutaciones del coronavirus, una startup en Massachusetts asegura que puede ayudarlas utilizando inteligencia artificial para predecir futuras variantes.
Apriori Bio modela las formas en que un virus puede cambiar y predice cómo se comportará. La compañía dice que aprovechan esa información para diseñar vacunas y tratamientos “a prueba de variantes” que puedan combatir las cepas, y brindar una advertencia temprana a los gobiernos para guiar la salud pública.
Después de perfeccionar su tecnología, llamada Octavia, durante más de dos años, la startup nace formalmente con 50 millones de dólares aportados por Flagship Pioneering Inc., la incubadora detrás de Moderna Inc.
Charlamos con Lovisa Afzelius, experta en química computacional que se desempeña como directora ejecutiva de Apriori.
¿Qué problema pretende resolver Apriori?
En este momento, el virus está en el asiento del conductor. Las enfermedades infecciosas han ejercido una enorme presión sobre la humanidad durante muchísimos años, y casi parecemos aceptar esa dinámica de poder. Nosotros deberíamos estar en el asiento del conductor. Tenemos que estar preparados.
¿Por qué es tan difícil predecir cómo cambiará un virus?
Si comparas el SARS-CoV-2 original con ómicron, hay 30 mutaciones. Si haces todas las permutaciones teóricas de variantes potenciales, terminas con la cantidad de átomos en el universo. Si bien muchos han tratado de predecir la próxima variante, es casi imposible. La inteligencia artificial puede ayudar.
¿Qué hace su sistema?
Nos permite observar cualquier secuencia y determinar su perfil de amenaza. Esa información se puede usar como una advertencia temprana y para responder preguntas como “¿Deberíamos imponer confinamientos?” o “Si estás vacunado, ¿puede esta variante escapar a su protección?”. También podemos usarla para observar a las personas que tienen cáncer o enfermedades autoinmunes o VIH, y comprender su nivel de riesgo actual o qué terapia podrían necesitar.
¿Cómo llega Octavia a esas conclusiones?
Observamos el virus e identificamos cepas a lo largo de los años para ver cómo está evolucionando. Aislamos una proteína clave y la usamos para crear bibliotecas de millones de variantes sintéticas. El sistema puede probar cómo cada variante se une a los anticuerpos generados como respuesta a una infección o una vacuna, o aquellos que se administran a través de medicamentos. Estas pruebas crean miles de millones de puntos de datos y aplicamos técnicas de aprendizaje automático para construir modelos.
¿Qué es una variante sintética? ¿Y quién lleva a cabo las pruebas?
Es un virus inventado. Tenemos un equipo computacional integrado con un equipo experimental.
¿Qué tan rápido puede Octavia evaluar una variante?
Octavia evalúa el riesgo de una nueva variante del SARS-CoV-2 en segundos. Se inserta la secuencia de la nueva variante, y la máquina devuelve instantáneamente una evaluación de qué tan bien podría expresarse y unirse al receptor humano, así como su escape previsto de los anticuerpos. Si la secuencia está fuera del espacio del modelo actual, generamos más datos para expandir el modelo.
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