Чим је аустроугарска влада упутила ултиматум Србији, започело је у Босни и Херцеговини хапшење и интернирање српског цивилног становништва. У пограничним срезовима према Србији и Црној Гори аустроугарске власти су муњевитом брзином извршиле мобилизацију да би тако предуприједиле било какав покушај отпора или побуне. Затим су почели масовна хапшења и интернирања становништва у унутрашњост или у злогласне логоре широм Монархије. Најпознатији аустроугарски логори за Србе били су Арад, Коморан, Шопроњек (Нежидер), Кечкемет, Туроњ и други широм Монархије, а у Босни Добој, Жегар код Бихаћа и многи мањи логори. Тако је прве концентрационе логоре на тлу Европе формирала Аустро-Угарска 1914. године за Србе, чак и за жене и дјецу. Према непотпуним подацима из 1918/19. године у арадском логору било је 3323 особе из Босне и Херцеговине, осим Сарајева, за које нису достављени подаци, а В. Ћоровић наводи податак о 5500 сужњева од којих је скоро половина помрла у логору. Први транспорт од око 600 Срба: људи, жена и дјеце, већином српских породица претходно експатрираних из Босне и Херцеговине, а које су похватане послије Макензенове офанзиве на Србију и Црну Гору и нешто србијанских војника, отпремљено је у добојски логор 27. децембра 1915. године. До краја рата, само кроз овај логор прошло је преко 45.000 људи, жена и дјеце из Босне и Херцеговине и Србије. Живећи у нељудским условима, интернирано становништво је масовно умирало изложено сваковрсним тортурама, тешким физичким пословима, глади, невремену и заразним болестима. Према подацима које износи В. Ћоровић, само у току једног мјесеца, априла 1916. године, у добојском логору умрло је 643 дјеце, а према забиљешкама свештеника Славка Трнинића у току 1916. и 1917. године у овом логору сахрањено је преко 1000 дјеце испод десет година старости. Према непотпуним и фрагментарним подацима, у Шопроњеку је једно вријеме било преко 8000 логораша, у Бихаћу око 8000, у Требињу преко 2500 и тако даље. Да би што боље очистиле погранични појас од српског живља, аустроугарске власти су један дио становништва депортовале у унутрашњост, а један дио протјерале. По наредби Земаљске владе од 7. октобра 1914. године искључени су из поданства и конфискована је имовина онима који се без дозволе босанске владе налазе у иностранству, а ако су под сумњом да раде против Монархије. Та мјера посебно је погодила све оне који су побјегли из Босне и Херцеговине након офанзиве српске и црногорске војске. Породице тих људи протјериване су преко границе без игдје ишта. Само у требињском крају протјерано је становништво из 952 дома, опљачкано 619 кућа, попаљено 400, а у затворе и логоре отјерано преко 5000 лица. Перо Слијепчевић је израчунао да су за само мјесец дана аустроугарске власти протјерале из Босне и Херцеговине 5260 српских породица и конфисковале им имовину. Све ове мјере имале су и дубљу позадину и сежу још у вријеме од прије окупације Босне и Херцеговине од стране Аустро-Угарске, а коријени су им у настојању аустроугарских власти да дуж Дрине што више ослабе српски етнички елемент, а оснаже католички и муслимански, како би на тај начин и физички раздвојиле српски народ с једне и друге стране Дрине. Рат је аустроугарским властима пружио јединствену прилику за етничко чишћење Подриња и Источне Херцеговине од српског становништва. Осим тога, одлуком да један дио конфисковане имовине Срба може бити подијељен „лојалном“ локалном становништву, доносио је нову међусобну мржњу између православних с једне те муслимана и католика с друге стране. Поред тога, муслиманско становништво дуж Дрине и из Новопозарског санџака, које се борило на страни аустроугарске војске приликом њене офанзиве, бјежало је или је пресељавано по Потјорековим наредбама у унутрашњост из такозване „ратне зоне“, приликом наступања српске и црногорске војске на те просторе. Ратне операције на том простору умножавале су патње цивилног становништва, а поготово што су наступање црногорске војске понегдје пратиле пљачке и паљевине, а понекад и одмазда над заосталим муслиманским становништвом, посебно шуцкорима и њиховим породицама. У почетку је Потјорек био против досељавања муслимана из Новопазарског санџака у Босну и Херцеговину, али је убрзо у томе увидио могућност дефинитивног рјешавања српског питања у Босни и Херцеговини и то насељавањем ових избјеглица на имања протјераних српских породица из Подриња. Да би у потпуности обезглавили и национално дезоријентисали српски народ у Босни и Херцеговини Аустро-Угари су схватили да му, прије свега, морају уништити интелигенцију. Први се на удару нашао национално ангажовани дио интелигенције, на чијем раду су почивала културно-просвјетна, спортска и омладинска удружења као носиоци просвјетног, културног и друштвеног уздизања народа и борбе против свеопште заосталости и сиромаштва. Први су, наравно, били политички експонирани Срби, а посебно припадници средње националне генерације и омладинци. Већ првих дана рата ухапшени су сви они који су на било који начин били политички и национално ангажовани, па чак и муслимани који су се у националном погледу осјећали као Срби. У прво вријеме они су служили као таоци, да би затим некима било суђено на велеиздајничким процесима, а неки су одведени у већ помињане злогласне логоре. Свој живот у злогласном логору у Араду завршио је и идеолог „Народове“ групе Ристо Радуловић. У арадском логору умро је и Авдо Сумбул, секретар „Гајрета“ и један од истакнутих Срба муслимана, као и многи други истакнути појединци. Из истих разлога, страдали су масовно и православни свештеници. Од 343 парохијска свештеника, колико их је тада укупно било, послије атентата 1914. године седморица су стријељана, 56 је оптужено или осуђено, 156 је отпремљено у логоре или узето у таоце, што значи да је више од 65% православних свештеника у БиХ изгубило слободу, а тортура над њима настављена је и у току рата, па је тако ријетко који српски свештеник остао на слободи. Међутим, српска интелектуална и политичка елита у Босни и Херцеговини највише је десеткована серијом велеиздајничких процеса. Најпознатији је био Бањалучки велеиздајнички процес против 156 најугледнијих Срба из Босне и Херцеговине. Процес је трајао од новембра 1915. до априла 1916. године, а на њему је суђено седморици чланова Сабора, 24 професора и учитеља, 21 свештенику, осморици студената, а остали су били трговци, чиновници, и угледни сељаци. Оптужница их је теретила за сарадњу са Народном одбраном чији је циљ био уједињење Босне и Херцеговине са Србијом. Као коловође су оптужени Васиљ Грђић и Саво Љубибратић, а као чланови и повјереници Народне одбране у БиХ, још 121 оптуженик. Посебно је суђено руководству СКПД „Просвјета“ као и руководству осталих српских културних, просвјетних, привредних и спортских организација. Чак 16 оптужених, на челу са Васиљом Грђићем било је осуђено на смрт, 81 на робију, а 51 оптуженик је био ослобођен. Осим овог процеса одржана је и читава серија других велеиздајничких процеса, укупно 17, на којима је суђено различитим генерацијама и различитим социјалним структурама српског народа у Босни и Херцеговини. Серија судских процеса није заобишла ни средњошколску омладину. Први процес одржан је ђацима у Бањој Луци и на њему је суђено 27 ђака, двојици професора и директору школе. У Сарајеву је 1915. године, на казну затвора од 1 до 12 мјесеци, осуђено 8 омладинаца и 2 грађанина из Мостара. У Травнику је одржан највећи процес против школске омладине на коме је 65 омладинаца суђено у предмету против Виктора Рупчића и другова, а у Бихаћу је суђено 40 ђака тузланске гимназије у процесу Тодору Илићу и друговима. У Травнику је, такође, суђено десеторици припадника Српско-муслиманске организације, коју су чинили српски оријентисани ђаци муслиманске вјероисповијести. Групи омладинаца из Требиња суђено је у Тузли. Осим припадницима средње и омладинске генерације Срба у Босни и Херцеговини суђено је и старијој генерацији бораца за црквено школску аутономију, а међу њима и „оцу Босанске Виле“ Николи Кашиковићу и његовим синовима, затим Григорију Јефтановићу, а 1917. године и Војиславу Шоли. Ови процеси, осим практичног обезглављивања српског националног покрета имали су и своју политичку позадину, али и практични циљ да се за избијање рата оптуже српске националне организације из Босне и Херцеговине, а преко њих, доказујући директну везу са Србијом, да се за избијање рата оптужи Србија. Дакле, ово су све били начини на које је Аустро-Угарска монархија проводила своју „цивилизаторску“ мисију у Босни и Херцеговини и на Балкану.
